雍正年間，四阿哥弘曆和皇后烏拉那拉氏的侄女烏拉那拉青櫻青梅竹馬，友情甚篤。青櫻在三阿哥弘時的選秀上落選，弘曆竊喜，希望青櫻來參加自己隨後的選秀。青櫻試探之下，弘曆只說不會選青櫻，青櫻也賭氣拒絕弘曆邀約。選秀當日，各秀女一一出列行禮，唯獨不見青櫻。弘曆在養母熹貴妃鈕祜祿氏的催促下，磨磨蹭蹭走到熹貴妃屬意的秀女富察琅嬅面前，卻遲遲不願交出給嫡福晉的如意。這時青櫻姍姍來遲，弘曆大喜，收回如意，把它塞進青櫻手中。青櫻被選為嫡福晉。與此同時在養心殿，雍正因三阿哥與其養母烏拉那拉氏結黨營私，大發雷霆。雍正最終將弘時逐出宗室，將皇后禁足景仁宮，並到绛雪軒否決了弘曆的親事，將青櫻驅逐出宮。弘曆不惜賭上前程，主動向皇阿瑪爭取，表明對青櫻的心意。雍正允許青櫻成為弘曆的側福晉，並封弘曆為寶親王。
雍正駕崩，弘曆承襲大統，年號乾隆。先帝遺言沒有交代如何處置禁足景仁宮的烏拉那拉皇后，引起太后之爭，皇帝一時也很為難。而青櫻也被姑母逼問皇帝何時放她出去，尊為母后皇太后。青櫻深感姑母爭鬥之心不休，向皇帝提議讓姑母去行宮頤養天年，暫時不給名份，只以太后規制供養，一來可對朝廷紛爭有所回應，二來也可避開紫禁城裡兩宮太后並立的不寧。皇帝覺得是個折衷的辦法。太后得知皇帝安排行宮之事，對青櫻不滿，找來青櫻施壓，並給青櫻兩個選擇，姑母死或青櫻死。青櫻以姑母與先帝同穴而葬為條件，答應先帝喪儀結束後服毒自盡。先帝喪儀將畢，皇帝召見青櫻，青櫻憶及二人初見，心中已是與皇帝訣別，但言語中並未說出真相。入夜，青櫻終於去景仁宮最後一次探望姑母。
青櫻的姑母看穿鈕祜禄氏的手段，決定自己赴死以保全青櫻。臨終前，姑母叮囑青櫻一定要成為皇后，延續家族榮光，烏拉那拉家一定不能再出第二個棄婦，並教導青櫻不要記恨太后，反要把太后當成助力。青櫻震驚地看著彌留的姑母，懵懂答應。皇帝得知烏拉那拉氏暴斃，甚為意外。又得知太后曾去過景仁宮，對烏拉那拉氏之死有所懷疑，老臣張廷玉等也主張徹查。青櫻卻當著皇帝、太后、張廷玉的面，作證親眼目睹姑母憂憤暴斃，此事方且作罷。太后對青櫻的乖巧感到滿意，青櫻說只有自己活著，才能隨時為太后作證，太后審視著與先前有所不同的青櫻，開口讓青櫻好好活下去。但皇帝還是對太后心懷不滿，命人以翻修慈寧宮為由，安排太后暫時與太妃同住壽康宮。皇帝登基，太后發現自己被安置在壽康宮，意外又不快。
皇帝開始暗中與太后較勁。而青櫻明白皇帝掛念自己，有意借皇帝太后之間的僵局，解除自己的困境。青櫻找來為她留在潛邸的好姐妹海蘭相助，二人偷梁換柱，青櫻偷走出潛邸面聖，求皇帝恭請太后移宮。皇帝依青櫻之言，終請太后移宮慈寧宮。太后這才召見青櫻，撤回對青櫻的變相禁足，允許其入宮。青櫻遂請太后為自己改名，太后為青櫻改名「如懿」。晞月請琅嬅將還未分派宮室的海蘭安排在在自己的咸福宮，防範如懿和海蘭聯手。皇帝最終與琅嬅商議如懿的位份及宮室，琅嬅看似好意，實則有意將如懿安排在偏遠破舊的延禧宮，位份也只是嫻妃，低於地位本在如懿之下卻已封貴妃的晞月。太后看著皇帝最後為六宮定下的封號，向貼身侍女福珈表示，六宮紛爭這才正式開場。
畫師郎世寧給帝后畫像，如懿私下與郎世寧聊天，聽到西方都是一夫一妻，如若情斷女子也可離開丈夫，有所觸動。她向皇帝提及，皇帝卻讓如懿勿亂想，要恪守綱常倫理，如懿賭氣離開。琅嬅見皇帝與如懿爭吵，安排其他嬪妃侍奉。但皇帝無論與誰在一起卻都心不在焉，心裡始終掛念如懿。兩個人心意相通地畫了對方的畫像，彼此看到後和好如初。皇帝與如懿感情好，卻引起太后不快，提醒皇帝雨露均沾。皇帝被逼暫時冷落如懿。轉眼入冬，琅嬅再要求後宮節儉，不用昂貴衣料，冬日炭火份例和擷芳殿伺候皇子公主的奴才也都減半。嬪妃們心有不快，卻都不敢明說。而皇帝終於忍不住到延禧宮看望如懿。皇帝讓如懿為自己暫且忍耐，並送如懿「慎讚徽音」四字，說明其中暗藏二人因音定情的情意，讓王欽安排做成牌匾，懸掛在延禧宮。
阿箬在內務府炫耀，提到匾額中暗藏皇帝對如懿的情意，被正巧來內務府的素練聽到。琅嬅得知，將消息透露給晞月，晞月果然跑去找皇帝，讓他賜牌匾給自己和皇后。正巧皇上在聽南府琵琶演奏，晞月獨奏一曲，炫技一番後向皇帝撒嬌。皇帝最後同意亦給皇后和晞月賜字做匾，卻不只送二人，而是全宮都送。到了夜晚，皇帝還招了先前看上的琵琶伎白蕊姬侍寢。得知皇帝納了個琵琶伎，並連夜封為玫答應，滿宮驚詫。晞月為蕊姬之事煩悶，得知海蘭陪如懿禮佛，罰海蘭深冬在戶外縫製經幡。如懿得知晞月剋扣海蘭炭火，從自己的份例裡撥給海蘭，並叮囑三寶必須送去常在位份可用的黑炭。蕊姬侍寢多日後，終於去向皇后及眾嬪妃請安，神情頗為傲慢。之後又在御花園與晞月爭執，被譏諷之下反擊，暗刺晞月人老珠黃。晞月大怒，命下人給蕊姬掌嘴，場面一片混亂。
晞月發現如懿悄悄送炭接濟海蘭，心生不滿，又被請安的海蘭撞見自己偷穿華服，更是不快。嘉貴人金玉妍提議晞月可以趁機教訓海蘭。晞月以海蘭偷用她的紅蘿炭、害她寒症發作為由，深夜在咸福宮教訓海蘭。如懿得知後火速趕去營救，與晞月對峙，海蘭也在爭辯之際昏厥。惢心見情況不妙，跑去養心殿稟報皇上，卻被大太監王欽攔在門外。李玉悄悄向皇帝通傳，皇帝跟琅嬅立即趕到咸福宮。晞月向皇帝狀告海蘭偷炭，並指責如懿大鬧咸福宮。皇帝卻並未深究，反說如懿接濟海蘭炭火是自己的安排，並囑咐過如懿不得聲張，免惹是非。如懿明白皇上在暗中幫自己和海蘭，即刻順應皇上的說法。晞月仍是不依不饒。皇帝遂下令把叛主的海蘭宮女香雲亂棍打死，並讓海蘭搬去延禧宮與如懿同住，避免與晞月衝突，還讓晞月靜養三個月，不必伴駕，晞月大驚失色。
蕊姬自被晞月掌嘴之後，臉上的傷非但沒有好轉，反而開始潰爛。琅嬅安排蕊姬面聖說明情況，皇帝派人叫了如懿一併到養心殿。太醫檢查蕊姬的消腫藥膏後，發現裡面摻加了有毒的白花丹粉末。每個妃嬪從內務府領的香包裡都有白花丹，而唯一觸碰過蕊姬藥膏的妃嬪只有如懿，蕊姬和琅嬅一時都將矛頭指向如懿。此時海蘭拖著病體趕到養心殿，力證藥膏中的白花丹不可能是如懿所為。海蘭成功為如懿洗清冤屈。皇帝對琅嬅輕易懷疑如懿不滿，將白花丹一事交給如懿去查，琅嬅心中不安。而王欽則不滿咸福宮事件中李玉越過自己報信，罰李玉跪瓦片，如懿撞見後讓李玉來延禧宮，親自給李玉上藥，如懿感謝李玉相助，李玉也更心向如懿。
皇帝探望蕊姬。皇帝走後，蕊姬為自己的苦肉計成功而得意。如懿復寵，皇上還給如懿送了北方少見的江南綠梅，阿箬又得意洋洋，如懿再次提點阿箬收斂。新年伊始，如懿給了阿箬和惢心每人兩件衣服，卻被阿箬獨佔三件。如懿同皇帝皇后以及全宮嬪妃、皇子公主向太后請安。太后與眾皇孫享天倫之樂，卻發現唯獨大阿哥永璜消瘦，又得了風寒。太后指責皇后再節省也不能剋扣皇嗣居住的擷芳殿。琅嬅誠惶誠恐認錯，皇帝只好請太后教導琅嬅後宮事務。如懿派惢心去擷芳殿給綠筠的三阿哥永璋送點心。惢心遇到無人看管的大阿哥，見大阿哥衣衫沾了泥灰油漬，又似沒吃飽的樣子，便偷偷分了點心給大阿哥吃。此舉被晞月的丫鬟茉心看到，以為如懿有心拉攏，便勸膝下無子的晞月領養大阿哥，母憑子貴，也免得被如懿佔了先機。晞月聽了進去。
皇帝來延禧宮親自給如懿賀壽，如懿感念皇帝情意的同時，藉口請皇帝成全自己一個心願，冒險求皇帝追封生母李金桂為太嬪，葬入先帝妃陵，以慰皇帝心中遺憾。但這件事始終是皇家秘辛和皇帝心裡的隱秘傷疤。聽到如懿說出生母名字，皇帝果然動怒，奪門而出。如懿再度失寵，勢利眼的內務府不僅剋扣延禧宮月銀，還發來腐爛的綢缎。阿箬不服，對著內務府總管太監秦立大吼大罵。如懿卻不焦不躁，拿出私房錢填補。皇帝雖然冷落如懿，心中卻在意她的提議，拖延數月，還是求太后恩准追封已故卻無名分的先帝嬪妃。太后心知肚明，成全了皇帝，但心中對如懿不滿。晞月領養大阿哥心切，拉著皇帝去尚書房探望。皇帝發現永璜衣服骯髒，手臂有傷，管事的李嬤嬤不但不知，反而數落阿哥，皇帝頗為動怒。
皇帝決定為永璜另擇養母。皇帝召來皇后、晞月和如懿，讓永璜自己在三人中選一個。永璜最終選了如懿做自己的養母。皇上允許永璜跟隨如懿。如懿收養永璜，晞月嫉恨，琅嬅也深感不安。如懿心疼永璜，對永璜真心實意，永璜改口叫如懿「母親」，如懿動容，只願兩母子能夠相互取暖。皇帝來探望如懿，也向如懿坦承追封生母之事的心思，二人彼此依偎，看著熟睡的永璜，仿如一家三口般溫馨。琅嬅忌憚如懿和大阿哥在皇帝面前受寵，金玉妍勸皇后把自己的宮女蓮心許配給皇帝身邊的大太監王欽，以便隨時了解聖意。琅嬅早知王欽此番心思，一直有所猶豫，但鑑於眼下局面，加之王欽親自向琅嬅求娶蓮心，琅嬅還是去求了皇帝給王欽和蓮心賜婚。永璜為尚書房師傅偏心永璉不快，如懿帶永璜到御花園散步，在開解他的時候，卻聽到園中傳來哭聲。
如懿發現原來亭中哭聲來自琅嬅的丫鬟蓮心。因被許配給王欽，蓮心心中悲苦，暗自落淚。阿箬語出譏諷，如懿教訓阿箬不得取笑蓮心。阿箬介紹菜餚伶牙俐齒，獲得皇帝誇讚，她的阿瑪在朝中治水有方，又被皇帝誇獎，阿箬倍加得意。蕊姬懷上皇帝登基後的第一胎，皇帝很快晉升其為貴人，太后也各種賞賜，叮囑蕊姬好好安胎。後宮各人對此則是各有心思。蓮心與王欽婚期終至，蓮心痛哭著被王欽接走，如懿仍為蓮心的婚事不安，當晚更好似聽到廡房方向傳來蓮心的驚呼聲。蓮心婚後即刻回來當差，眾嬪妃當面向蓮心道喜，背後議論起廡房的叫聲又語帶譏笑。如懿和海蘭聽不下去，先行離開。蓮心追上如懿，送還如懿遺落在長春宮的手帕，阿箬當面卻對蓮心譏諷更甚，如懿喝止不及，被晞月撞見。晞月表示要好好教訓阿箬。
晞月下令掌嘴阿箬，並罰她跪在雨中六個時辰。如懿求情，也被晞月以管教不嚴為由，一併罰抄經書一百遍。晞月收到如懿抄寫的經文，存心刁難，要如懿黎明前再抄百遍。蕊姬與晞月依舊衝突不斷。蕊姬頭暈氣悶，還是一直吃御膳房送的魚蝦，只因生育過的綠筠在玉妍提點下說起魚蝦有利胎兒，要生個白胖的貴子給自己爭氣。晞月對蕊姬也是嫉恨難平，茉心提起小祿子為報恩曾悄悄獻計。晞月開始暗中安排，在蕊姬常吃的魚蝦中做手腳。蕊姬孕中不適越來越嚴重，但眾人都以為是第一胎的正常反應，還紛紛推測她懷的是男胎，蕊姬暗喜。如懿探視蕊姬後回宮，卻偶遇蓮心投湖自殺。自戕在宮中是大罪，蓮心急忙以失足落水解釋。
如懿察覺出蓮心不妥，細問緣由，才知道王欽喪心病狂，夜夜羞辱折磨蓮心。如懿決定施以援手，讓蓮心忍耐，等待時機。蕊姬早產臨盆，皇帝、皇后、如懿紛紛趕到永和宮。可是蕊姬誕下的小阿哥卻身形有異，不久便死去。皇帝心生忌諱，皇后封鎖消息，以休養為由將蕊姬禁足宮中。王欽捧著死嬰出去埋葬，撞到晞月。晞月看到孩子受驚，答應不會聲張。白蕊姬產後月餘，皇帝都未曾探望她，皇帝自己也鬱鬱寡歡，太后寬慰皇帝，並試圖為蕊姬說話。這時傳來喜訊，琅嬅侍女出身的儀貴人黃綺瑩懷孕，皇帝稍感安慰。此時宮中流言紛紛，蕊姬聽聞兒子是妖孽，憂心皇帝嫌棄自己，假裝自縊引皇帝來永和宮。晞月趁機進言成全蕊姬一死，免得其不祥，殃及他人和大清祥瑞。皇帝不許晞月胡言。
皇帝還是將蕊姬移至安華殿清淨心思，太后探望蕊姬。皇帝對鬼胎流言散播一事很是氣憤，下令徹查。而暗中晞月已命負責調查的王欽誣陷如懿。王欽找來一群太監作偽證，說流言傳自延禧宮。如懿自願禁足，等皇帝查清真相，還她清白。如懿禁足，晞月得意，再動撫養大阿哥的心思，琅嬅也感不快。此時如懿已暗中安排李玉和蓮心幫手調查，並設下陷阱對付王欽。王欽晚上回家，喝了蓮心下了葯的茶，又一連吃了幾顆壯陽葯，興致大發，蓮心卻突然提議玩捉迷藏。王欽一臉淫笑，發酒瘋似地追出屋來。神智模糊間，王欽把延禧宮門口看熱鬧的晞月當成蓮心，又抓又摸。晞月震怒，請皇帝來主持公道。如懿請皇帝、晞月進屋審查。太醫鑒定王欽屋中的藥丸乃宮中禁藥，蓮心又供出每日王欽吃了葯，便對自己打罵凌辱之事。眾人震驚不已。
蓮心細數自己所受的折磨和屈辱，並說出流言之事實乃王欽所為。皇帝將王欽賜死，並解除王欽與蓮心的婚配。晞月失寵，讓父親高斌寫信幫自己求情，也讓皇帝更了解晞月背後的心思。晞月聰明反被聰明誤。經過蕊姬一事，皇帝和太后對黃綺瑩這一胎都更為看重。玉妍提議將黃綺瑩居住的景陽宮重新粉刷，琅嬅和太后也都認為是好主意。皇帝則讓如懿協理六宮，一同照顧黃綺瑩。琅嬅受挫，更為不安，打算若黃綺瑩生子，便親自撫養，好讓自己的永璉日後多個幫手，同時對永璉的要求也更為嚴格。誰知永璉日夜苦讀，染上風寒，更引致哮喘復發，若不好好調養，恐有性命之憂，即使精心養育，只怕也是能文不能武。琅嬅備受打擊，一時未將永璉生病之事告訴皇帝。如懿探望黃綺瑩，卻趕上景陽宮遇蛇，黃綺瑩被床前的毒蛇嚇得連連驚叫，如懿及時趕到。
如懿面對毒蛇，強自鎮定，命太監取來雄黃粉潑蛇，再用鉗挑出。皇上與琅嬅玉妍聞訊趕來。失寵的晞月得知黃綺瑩宮裡鬧蛇，擔心旁人疑心是自己宮裡喜歡玩蛇的太監雙喜所為，讓雙喜把蛇都扔了。如懿深覺景陽宮鬧蛇事有蹊蹺，調查之下發現粉刷景陽宮的油漆被摻入會引毒蛇的蛇莓汁。如懿告知皇帝，皇帝囑託如懿照顧好有孕的儀貴人。皇帝也憂心永璉的病情，與琅嬅的關係有所緩和。琅嬅趁機請求皇帝將儀貴人日後的孩子交由自己撫養，以盡嫡母之心，皇帝應允。如懿對黃綺瑩的日常起居膳食慎之又慎，還是未能防備黃綺瑩用了被做手腳的炭盆，又吃了被做手腳的魚蝦。為黃綺瑩日常診治的許太醫也被人收買，對黃綺瑩出現的諸多身體不適強行解釋，敷衍了事。很快，黃綺瑩體內毒性發作，胎死腹中。
宮中龍胎連連不保，太醫更稟報儀貴人之胎有異，乃中毒夭折，皇帝開始徹查。晞月緊張，決定讓如懿頂罪。此時玉妍發現自己有孕，先悄悄瞞下喜訊。琅嬅將皇帝、太后、眾嬪妃等都請至長春宮，開始審理儀貴人龍胎夭折一案。與此同時，素練從如懿的妝台里搜出一盒朱砂，呈至長春宮。琅嬅和皇帝都在搜出的朱砂盒上聞到只有如懿一人使用的沉水香，同時小祿子、小福子、小安子三人也都咬定，是如懿指使他們對兩個龍胎下手。如懿驚詫難解，皇帝亦不信。琅嬅再叫來如懿的貼身侍女阿箬。誰想阿箬非但沒有忠心護主，反而咬定如懿為奪嫡對兩個龍胎下手，並詛咒染病的二阿哥，就連油彩里的蛇莓也賴在如懿頭上。皇帝從圓明園找來與生母相識、幼時侍奉過自己的心腹毓瑚嬤嬤暗中調查。毓瑚查出有人想讓阿箬死在慎刑司。
琅嬅將阿箬送到皇帝面前，詢問如何安排。皇帝將阿箬收作御前宮女，阿箬乘機上位。蕊姬認定如懿害死自己孩子，衝到延禧宮鞭打如懿。玉妍將此事告知黃綺瑩，教唆黃綺瑩也向如懿報仇。黃綺瑩手持髮簪闖入延禧宮要刺殺如懿，被海蘭擋下。海蘭將兩宗行刺事件告知皇帝，皇帝派人看守延禧宮，但並未處置蕊姬和黃綺瑩。玉妍告知皇帝自己有喜。晞月聽說玉妍有孕已無法再下手，對自己的心魔也感到恐懼。而黃綺瑩刺殺如懿不遂，小產後身體太弱，很快死去。阿箬派人以御膳房的名義給延禧宮送了一盤毒糕點，想毒死如懿，被太后侍女福珈截下。太后勸皇帝儘快發落如懿，否則如懿有性命之憂，並給皇帝看了福珈攔下的毒糕點。太后建議將如懿打入冷宮，安撫人心，反而可保住她性命。
皇帝將大阿哥交給蘇綠筠撫養，將如懿打入冷宮。惢心陪如懿入冷宮。海蘭、綠筠赶來相送，哭成淚人。與此同時，玉妍、蕊姬、阿箬等則在琅嬅主持下行冊封禮，禮樂喧鳴。李玉將如懿、惢心送至破敗不堪的冷宮，叮囑二人千萬保重身體，千般不捨地拜別。入住冷宮的第一天夜裡，如懿和惢心就被院子裡其他廢妃們驚醒。廢妃大都瘋瘋癲癲，唯獨一位氣質高貴、神色清冷，雖兩鬢斑白，實則三十五歲而已。她是先帝的吉太嬪，26歲時被太后害入冷宮。聽聞如懿是先皇后烏拉那拉氏的侄女，好奇如懿能在冷宮熬多久。冷宮中的食物難以下咽，唯獨吉太嬪的那一份乾乾淨淨 ，如懿好奇。吉太嬪讓如懿不必多看，冷宮和宮裡其他地方一樣，也可以想辦法送銀兩給管伙食的馬公公，讓他安排，如懿動了心思。阿箬獲封常在後頻頻侍寢，獲大量賞賜，開始遭後宮中人嫉妒。
海蘭偷偷到冷宮隔門探望如懿，如懿看出海蘭受委屈，讓海蘭學會自保。在凌雲徹幫助下，如懿和惢心的日子比剛入冷宮時稍好了些，如懿還向凌雲徹要花籽，準備種花。海蘭在御花園放風箏，給如懿報平安時巧遇皇帝，皇帝讓海蘭折幾枝淩霄花枝送給如懿。如懿和惢心只在冷宮住了半年，就開始渾身風濕痛。惢心托凌雲徹去太醫院找自己的同鄉江與彬看能否醫治。江與彬答應設法偷偷進入冷宮。二阿哥哮喘復發，皇后心急如焚，碰到正在放風箏的海蘭。皇后遷怒海蘭，罰她在雨中跪兩個時辰。阿箬更撕破海蘭身上與如懿同款的香囊，扔在地上。海蘭伸手去撿，手又被琅嬅踩住，海蘭痛哭不已。海蘭跪足時辰，卻推開侍女，跌跌撞撞走入雨中。
海蘭回宮途中在安華殿廊下避雨，卻無意中聽見安華殿內的晞月同侍女說起，陷害如懿進冷宮的事，乃晞月與琅嬅二人所為。虛弱加上震驚，海蘭在雨中昏倒。海蘭得知皇帝為了準備重陽節要送給太后的絲被，經常去繡房監督。海蘭伺機到繡房指點秀女刺繡，被皇上看到。皇帝對海蘭舊情復燃，海蘭復寵侍寢。二阿哥病情日重，更不慎吸入秋日蘆花夭折。皇帝和皇后悲痛欲絕。如懿得到消息也很詫異，海蘭只是提醒如懿不要忘了琅嬅和晞月害她入冷宮之仇。如懿讓海蘭不要行事莽撞。海蘭在冷宮附近給二阿哥偷偷燒紙。一片燒了一半的人偶紙錢被璟瑟撿到交給晞月。晞月懷疑如懿燒紙詛咒二阿哥，收好人偶紙錢打算擇機除掉如懿。而對二阿哥的薨逝，身懷皇帝登基後第一子的玉妍，則是滿心歡喜。
玉妍誕下皇上登基後的第一子。皇上欣喜，賞賜啟祥宮上下，卻沒再看過二阿哥死後搬回綠筠處的永璜和永璋。海蘭建議綠筠帶兩個皇子去啟祥宮探望，一示寬厚，若能遇皇上也能加深感情。綠筠卻只帶了親生子永璋。果然遇到皇帝，皇帝高興之餘晉升綠筠為妃。綠筠感激海蘭。在鐘粹宮伺候大阿哥的嬿婉看蘇綠筠對兩個皇子不公平，替大阿哥委屈，永璜反而不在意。皇帝在御花園再遇嬿婉，對嬿婉有所注目，並提點嬿婉「歡娛在今夕，嬿婉及良時」。凌雲徹因失戀情緒低落，借酒消愁。太醫江與彬終於混入冷宮，與惢心含淚重逢，並開始為如懿和惢心診治風濕、調養身體。嬿婉剛回鐘粹宮，就被綠筠調去花房。阿箬侍寢後發現皇帝仍藏著如懿早年繡的青櫻紅荔手帕，心知皇帝心中仍未放下如懿。琅嬅大病初癒，晞月拿著人偶紙錢，狀告如懿偷偷下咒，導致二阿哥夭折。
如懿夜裡遭毒蛇襲擊，幸好凌雲徹及時趕來相救，檢查時還發現樓上的瓦片被人掀開，推斷是有人故意放蛇。次日江與彬來冷宮診治，又發現如懿和惢心的食物被人做過手腳，全是大寒之物，以致風濕嚴重。如懿沒想到自己進了冷宮，外頭的人仍不放過她。晞月得知如懿獲救，數落手下玩蛇的太監雙喜無能。阿箬也是憤恨不平。茉心從馬公公處得知，是凌雲徹救了如懿，派人教訓。如懿知凌雲徹因自己捱打而愧疚，同時也察覺打人者話中蹊蹺。皇帝知冷宮鬧蛇之事，讓毓瑚更小心保護如懿。而太后自蕊姬產下死胎后，就有意再培養新人，將太常寺少卿陸士隆之女陸沐萍送給皇帝。如懿的阿瑪那爾布巡視河堤時，落水而亡。中元節前，如懿又收到以海蘭名義送來的宮中禁燒的紙錢。如懿感覺事有蹊蹺。
中元節，太后請了大師進宮做法事。而如懿在冷宮也燒起了紙錢。太后身邊的太監成翰稟報太后，如懿燒紙錢衝撞太后法事，對太后下咒。太后氣勢洶洶趕到冷宮，卻發現如懿燒的不是紙錢，而是為太后祝禱的六字真言。太后正要離去，吉太嬪卻忽然衝出來行刺太后。如懿奮不顧身擋在太后身前，凌雲徹也及時趕到踢飛匕首。太后得救，賜死了曾有舊怨的吉太嬪，並讓如懿惜命，以待來日。這一切皇帝都通過毓瑚了如指掌。太后和皇帝也都察覺了是琅嬅幕後指使，琅嬅惶恐。海蘭懷上龍胎，不敢聲張，滿了三個月才敢告訴皇帝。江與彬為如懿診脈，當年入潛邸時琅嬅送給如懿和晞月一人一隻的蓮花鐲脫落，摔裂后掉出幾粒小黑丸。江與彬發現小黑丸時零陵香，長期使用會使女子不孕。 如懿這才明白自己多年來為何一直無喜。
在重陽節合宮家宴上，琅嬅委婉向太后致歉示好，太后點撥琅嬅一番後方接受，同時向皇帝送上了第二位新人葉赫那拉意歡。意歡相貌清麗，心思不俗，皇上封為舒貴人。晚宴後，皇帝與眾嬪妃共賞晞月敬獻的煙花，卻傳來冷宮失火的消息，皇帝顯得心焦。凌雲徹再次捨身救出如懿。皇帝趕到時，看到狼狽不堪的如懿，給她披上自己的龍袍，二人卻未有多言。如懿將皇帝龍袍洗淨，托江與彬交還皇帝。皇帝為如懿連自己一身衣物都不願留下而傷感，海蘭解釋如懿可能是怕睹物思人，也許是自哀棄妃身份，令皇帝更難逃避心中對如懿的情感。為了幫助如懿離開冷宮，海蘭還向江與彬要了朱砂，自己服下，很快出現同當年白蕊姬、黃綺瑩同樣的中毒症狀。眾人開始懷疑當年是否阿箬栽贓，兇手另有其人。皇帝也下令毓瑚重啟調查，並向敬事房問起了「嫻妃」的綠頭牌。
冷宮裡的如懿突然中了砒霜之毒，好在及時發現，被救了回來。皇帝去冷宮探望，如懿仍在昏迷。皇帝下旨，等如懿身體康復，即接「嫻妃」回宮。如懿復位。阿箬眼看如懿就要出冷宮，心虛地跪在養心殿外求皇帝寬恕。皇帝根本不理。雪後初霽，如懿康復，離開冷宮的日子也終於到了。曾經送如懿進冷宮的李玉，再來接如懿回宮，如懿一個人走上自幼同皇上玩耍過的城牆，仔細看了看紫禁城，才回到皇帝為其新安排的翊坤宮。而此時的皇帝，正在翊坤宮裡等待如懿回來。皇帝送如懿親自研磨的綠梅粉，又親手給如懿塗凍瘡藥。可如懿對皇帝仍有芥蒂與隔閡，如懿告訴皇帝自己在意的從來不是身外華物，而是絕境里也不會放開她的手。皇帝讓如懿再相信自己。如懿沒有正面回答，而是向皇帝為凌雲徹求了恩典，以謝救命之恩。皇帝答應。
如懿再拜見太后，太后猜出如懿自演苦肉計，如懿也坦然承認，太后沒有深究的意思，讓如懿今後好好自處。入夜，如懿沐浴、更衣，神色自若，確是與從前的如懿完全不同了。此時的阿箬深恐如懿報復，夜裡噩夢連連，白天坐立不安，還被眾妃甚至丫鬟們譏諷。立冬家宴時，連皇帝也祝賀如懿沉冤得雪，對阿箬語帶譏諷。可皇帝卻並沒有立刻查處阿箬，反而突然升其為嬪。當夜阿箬侍寢，一如既往和衣跪在龍床前。原來一直以來，皇帝只給她表面風光，暗地裡卻從來沒碰過她，留下阿箬只是為了翻案。皇帝質問阿箬當年誣陷如懿是受誰指使，阿箬因阿瑪受制於高斌，咬死不認。而海蘭食量已大得驚人，如懿感到不安，讓江與彬為海蘭診治。江太醫這才發現海蘭的安胎藥被人做了手腳，導致胎兒過大，母體虛弱。
毓瑚依皇帝交代，安排了凌雲徹到坤寧宮當侍衛。如懿再去見皇帝，得知皇帝這幾年對自己的想念，對皇帝的芥蒂終於消散。此時嬿婉在花房當差受苦，凌雲徹偶然遇到，心有不忍，嬿婉又訴苦道歉一番，凌雲徹便去求如懿把嬿婉調離花房。如懿雖不看好嬿婉，但還是答應幫忙想辦法。嬿婉和凌雲徹復合。阿箬的阿瑪桂鐸防洪時因公隕命，毓瑚的調查也已有進展，皇帝終於處置阿箬。合宮春宴之上，皇帝送眾嬪妃東海明珠，唯獨送給阿箬一盒朱砂。皇帝質問起當年的真相，阿箬難以解釋。但在晞月等人的暗中威脅下，又難於說出背後緣由，只能一邊喊冤，一邊自己攬下當年所有罪責。但毓瑚經過暗中查訪，已經發覺晞月可能牽涉其中，皇帝認為還未到時機處置晞月，便下旨把阿箬毒啞，並且將她貶為庶人，交給如懿發落。
如懿見到被毒啞的阿箬，知道自己已經問不出真相。阿箬得知兩個弟弟安好后，在冷宮身穿紅衣上吊自盡。海蘭臨盆難產，一直在旁照顧的江與彬被金玉妍叫去給玉氏使者看病，臨時由許太醫和李太醫給海蘭接生。如懿見到海蘭的狀況，心感憂慮，讓惢心去找皇帝請齊汝。海蘭幾經艱辛生下一子，卻因催產葯過猛傷及母體，產後大出血而陷入昏迷。好在齊汝及時趕到，為海蘭止血保住性命。孩子是個健壯的阿哥，排行第五，皇帝心喜，為五阿哥取名永琪，交由如懿撫養，並晉升海蘭位份為愉嬪。綠筠忌憚永璜，向皇帝進言，讓永璜與自己的遠親伊拉里氏結親，皇帝倒也不反對。永璜為免綠筠疑心，偷偷看望如懿。阿箬死時身穿紅衣，死後宮中流言紛紛。翊坤宮中還鬧了鬼，傳言阿箬死後不寧，如懿請來薩滿震懾，事情得以平息。晞月則心虛不安。
如懿去咸福宮準備探望晞月時，無意中發現晞月的太監雙喜會玩蛇而起了疑心，在皇上終於回宮時告知他。皇上將太監雙喜囚禁拷問，晞月神智不清，無力解救雙喜。雙喜招認冷宮的毒蛇是他放的，還有如懿的飯菜也是他做的手腳。皇上得知真相，對晞月甚感失望。如懿看到雙喜的供詞，提醒皇帝雙喜雖然招認冷宮鬧蛇，而黃綺瑩懷孕時景仁宮鬧蛇之事他卻全然不知，事有蹊蹺。晞月做事雖狠，但並無周全的計謀，此事鬧得如此之大，她依靠的是皇后。但皇帝並不願追究皇后，弄得人心惶惶。考慮到高斌依然是朝廷重臣，皇帝只罰晞月禁足咸福宮，自生自滅，也不再派太醫為她醫治寒症。如懿心有不服，皇帝賜她撫養五阿哥作為安慰。玉妍被封嘉妃。如懿信守對凌雲徹的承諾，幫嬿婉在花房安排了一個輕松的送花差事，凌雲徹與嬿婉重修舊好。
嬿婉不小心撞到太監，摔碎花盆。金玉妍為了幫皇后出氣，對嬿婉百般刁難。太后查出謀害如懿父親的人是高斌。綠筠到玉妍宮中小坐，提點玉妍，說嬿婉是狐媚之人，會勾引皇上，這下嬿婉更是被玉妍百般折磨。凌雲徹發現嬿婉在啟祥宮受盡折磨，求如懿幫忙。如懿找金玉妍索要嬿婉不果。海蘭奉勸如懿不要搭救嬿婉，自己親眼目睹過她勾引皇上的樣子。如懿聽聞，覺得嬿婉薄情寡義，不值得凌雲徹如此牽掛。蘇綠筠誕下六皇子永瑢。皇后看了更加求子心切，加倍服用坐胎藥，卻物極必反，開始流鼻血。大阿哥永璜即將婚配，說不定甚麼時候就生下皇長孫，可皇后還尚無嫡子。外面又有傳言指皇后害死永璜生母。此事並非屬實，但永璜如果成為太子，又聽信流言，皇后處境將極為不利。晞月被禁足咸福宮已三年有餘，病入膏肓。
晞月臨終前如懿去看她，告訴她多年以來齊太醫都對她的湯藥做了手腳，才導致她寒症一直無法根治。如懿又用簪子撬開晞月手腕上的鐲子，倒出皇后多年前灌入的零陵香。晞月恍然大悟，求如懿讓皇帝來見她一面。皇上來看她時，晞月對皇帝坦白了自己的罪行，也供出皇后的種種罪行。皇帝不願相信，晞月又拿出當年皇后送給自己和如懿的鐲子。晞月告知皇帝，琅嬅在手鐲里灌了零陵香，導致她和如懿長年不孕。可皇帝還是不願相信自己賢良淑德的皇后會做出這種歹毒之事。晞月誤以為是皇帝命齊太醫在自己的湯藥裡做手腳，心存憤恨，便給皇上坐了染了疥蟲的坐墊。晞月被封為皇貴妃後去世。皇帝雖然不願拆穿皇后的罪行，卻也開始對她疏遠。皇上追封永璜死去的生母為哲憫皇貴妃。 皇后憂心忡忡。
皇上疥瘡病發，皇后不怕傳染，連夜守護在皇上身邊。皇后日夜侍疾，皇上感激。皇后很快便懷上龍胎。但皇后脈象無力，齊太醫必須極力保胎。這個嫡子關乎富察氏族人的未來，琅嬅的母親命齊太醫拼命保住胎兒，同時也要讓皇上、太后知道琅嬅懷這孩子的艱辛。玉妍眼看皇后懷上嫡子，綠筠又有身孕，而自己只有一個孩子，暗暗著急。綠筠生下四公主，太后著急意歡的肚子沒有動靜，懷疑是皇上對坐胎藥動了手腳。因皇后有孕行動不便，皇帝便讓如懿代替皇后行親蠶禮。玉妍雖也有了身孕，但是絲毫不受重視。琅嬅懷胎八月就早產。皇帝、太后、以及後宮上下都為她祈福。皇后不負眾望，拼了命終於誕下嫡子。皇帝給七阿哥起名永琮，包含對他繼承宗業的期許。太后、皇帝對嫡子都十分偏愛。可永琮的身體卻極為虛弱。
皇后產後虛虧得厲害，需要靜養，皇帝把後宮事務交給如懿打理。金玉妍於鬼節誕下八阿哥永璇，而皇上卻漠不關心。金玉妍生產時，嬿婉在風雨中去養心殿請示皇上。皇上雖然沒請到，嬿婉卻被御前太監進忠看上了。進忠給她兩個選擇：被皇帝收了，成為進忠向上爬的梯子，否則就要跟進忠成親。嬿婉願意一賭。八阿哥滿月，皇帝去啟祥宮看望，在御花園碰到金玉妍和如懿。嬿婉剛剛被金玉妍在臉上擰了一把，她故意呻吟引起皇上注意。皇上收她做御前宮女。進了養心殿，嬿婉也只是個宮女。進忠告訴她，必須成為嬪妃，才是好的出路。嬿婉立刻對皇上表達愛慕之意，看皇上衣服鬆了，提出給他做套新的。嬿婉用手丈量皇帝腰身之際，皇帝一把將她抱住。皇帝當場下旨，封嬿婉為答應。當晚在侍寢的路上，嬿婉碰到等她的凌雲徹，兩人決裂。
晞月的侍女茉心染了絕症天花，她請如懿幫忙害死嫡子永琮。如懿拒絕。白蕊姬聽聞自己孩子遇害一事雖然是晞月所為，但幕後主使其實是皇后，心中憤恨，願意施予援手。茉心將自己染病的衣服交給白蕊姬。白蕊姬到漿洗房，買通僕婦，將染病的衣服送給永琮的奶媽。齊太醫向皇上稟報，嬿婉到太醫院配製坐胎藥一事。那劑藥其實是皇帝命齊太醫專門配給葉赫那拉意歡的不孕藥。皇帝一來提防她是太后安排在自己身旁的人，二來避免她實現葉赫那拉氏的預言，滅掉愛心覺羅氏。既然嬿婉想喝不孕藥，皇帝就成全了她。永琮感染天花，白蕊姬陷害七阿哥得手，樂極生悲，在宮中暈厥。經過江與彬診治，白蕊姬得知自己由於產後一直落紅，身體長期虛虧，命不久矣。而慫恿白蕊姬出手的金玉妍卻在這時懷上了第三個孩子。永琮最終沒捱過天花而離世。
皇帝喪子傷心欲絕，決定攜六宮及太后東巡散心。就在這時，科爾沁部又傳來要求與大清嫡出公主成親之事。白蕊姬在窗外偷聽到皇帝與皇后商量遠嫁公主一事，將此事稟報太后。她為了給死去的胎兒報仇，恨不得皇后失去女兒後一命嗚呼。太后得知皇帝打恆媞的主意，派安插在皇帝身邊的意歡去遊說皇上。但意歡癡戀皇帝，不願為太后進言。太后召見皇后，開門見山地談論此事，皇后為了保住自己的女兒，不惜頂撞太后。皇帝也為此事甚感焦慮。深夜，老臣張廷玉求見，如懿在屏風後迴避，聽到張廷玉與皇上分析遠嫁璟瑟的好處。若讓璟瑟嫁到蒙古最富庶的部落，便能鞏固皇上的江山，若遠嫁恆媞，反而助長了太后的勢力。皇帝聽後心意動搖。如懿受到啟發。
如懿為太后獻計，讓前朝大臣力陳遠嫁恆媞公主的好處，令富察氏族人心動，向皇后施壓。太后大喜，對如懿刮目相看。皇帝命如懿和蘇綠筠勸說璟瑟遠嫁。如懿對心高氣傲的璟瑟說明遠嫁蒙古對母族和大清的幫助，璟瑟屈服。皇后無奈地接受這個結果，心病更重。皇帝擔心車馬勞頓令皇后病情加重，回宮改走水路。白蕊姬看皇后獨自在碼頭賞月，便到附近蘇綠筠的船中跟她大聲聊天，說星客預測中宮有災臨頭，又提起嫡子之死是一報還一報。皇后聽後亂了心神，走路時不慎落水。還好凌雲徹發現，跳入水中救了皇后。皇帝厚賞凌雲徹，並晉升他為三等御前侍衛。皇后落水被救上來，太醫檢查過後，發現皇后已是油盡燈枯。
皇后臨終前還不忘繼承中宮的人選。她向皇帝力薦蘇綠筠，叮囑皇帝萬萬不可讓如懿做皇后。皇帝戳穿她之前的種種罪行。皇后承認將有零陵香的手鐲送給晞月和如懿，並且在冷宮加害如懿。她卻發誓沒有陷害如懿入冷宮，而冷宮鬧蛇，大阿哥生母之死，以及如懿中砒霜之事都與她無關。皇后隨即去世。蘇綠筠受金玉妍慫恿，大肆包攬皇后喪儀，故意排斥如懿插手，隱隱有一種自己要出頭的意味。金玉妍命貞淑在偏僻處殺死皇后的丫鬟素練，以除後患，並在素練手中塞入蘇綠筠遺失的珠花。皇帝感到自己似乎錯怪了皇后，正要傳來蓮心和素練問話，卻收到素練殉主的死訊。蓮心雖然對皇后情感複雜，但對皇后評價中肯。她說很多事皇后無謂去做，更怕做了會牽連她最重視的富察氏榮耀。皇帝覺得她說的有理。
皇后去世，后位之爭拉開序幕。眾人聽說皇后臨終舉薦蘇綠筠，而她膝下又養有三位皇子，都趕去奉承。金玉妍接到玉氏來信，世子即將繼承王位，希望她成為大清皇后，為玉氏爭取更多利益。海蘭深知宮中只講情份無法安穩立足，更怕如懿失去這個機會。於是她先故意在三阿哥經過的路邊，囑咐永琪喪儀時不要大哭，表現鎮定才會成為皇帝心目中的太子，讓蘇綠筠以為自己有奪嫡之心，又暗地裡安排五阿哥將永璜的奪嫡之心透露給皇帝。皇帝通過毓瑚觀察永璜和三阿哥永璋是否有意結黨營私，對綠筠的狹隘心腸頗為不悅，對比之下，皇帝愈來愈欣賞如懿一視同仁的胸襟。金玉妍在大阿哥生母的祭日，故意在寶華殿哭訴，令永璜誤以為哲妃難產另有隱情。金玉妍將當年哲妃難產致死栽贓於皇后，永璜悲痛欲絕。
喪禮當日，三阿哥中了海蘭的圈套，學永琪一樣不悲傷痛哭，故作鎮定。永璜心中痛恨皇后，也沒有掉下眼淚。皇帝看到二人不哭，又為太子之位明爭暗鬥，頓時勃然大怒，當場扇了二人一巴掌。皇帝斥責蘇綠筠教導無方，宣佈永璜、永璋不可能繼承大統。蘇綠筠當場暈厥。嬿婉看蘇綠筠大勢已去，便去拜訪如懿。如懿避嫌，對所有人閉門不見。嬿婉又去討好金玉妍。金玉妍趁機刁難，讓嬿婉像以前一樣幫她擦鞋。凌雲徹救皇后有功，又被皇帝賞賜綢缎。他領賞的時候碰到被金玉妍羞辱的嬿婉，將手帕遞給她擦淚。嬿婉拒絕，對自己的選擇無怨無悔，暗中下定決心，一定要懷孕往上爬。皇后去世，皇帝貌似性情大變。如懿看惢心已經到了婚配的年紀，打算求皇上把她賜婚給江與彬。
太后召見如懿，告誡如懿不要像她姑母那樣作繭自縛。太后舉薦蘇綠筠，反對如懿晉升，而皇帝已不再是剛登基的皇帝。他不顧太后阻撓，封如懿為皇貴妃。又把太后前朝的大臣訥親派往前線，負責攻克莎羅奔。玉氏世子登基，即將進京拜見皇帝。金玉妍喜極而泣，闊別多年，終於可以與世子再見。殊不知，世子繼位後逼得髮妻自盡，此事傳到皇帝耳中，皇帝要將他押進京，親自發落。嬿婉受盡金玉妍侮辱，卻無計可施。太監進忠提點她玉氏王爺即將被押入京城，如果金玉妍臨盆前得知此事，或許會傷身。嬿婉謹記在心。她早已失寵，所以趁皇帝外出，設法把淩雲徹騙到自己宮中。她偷偷給凌雲徹下了香藥，想與他誕下孩子。淩雲徹拒絕。嬿婉的算盤落空，懷疑凌雲徹心有他屬，傷心不已。
安吉大師為了金川戰事進宮幫皇帝祈福。他發現如懿的印堂紅中帶黑，似有不祥之兆。到了夜晚，如懿宮中忽然出現穿著與安吉大師相同的白衣刺客。巡邏的侍衛追捕時，刺客已經翻牆逃脫。如懿被金玉妍誣陷與安吉大師偷情。金玉妍的貼身丫鬟貞淑更呈上證據：以如懿筆跡撰寫的情書和一串七寶手鏈，說是如懿和大師的定情信物。皇帝半信半疑，但也無從證明如懿的清白。太后建議先從宮女查起。送冰的宮女艾兒因為戴著從安吉大師徒弟安多那裡求來的男僧手鏈，被公開鞭打一百下，警示宮女們與出家人保持距離。艾兒自知捱了一百鞭後難逃一死。為了避免牽連大師，她聽信金玉妍教唆，受罰時在大庭廣眾之下喊出如懿與安吉大師私會的話。隨後艾兒便咬舌自盡。
如懿被禁足，不能參加皇帝的萬壽節。作為壽禮，她準備了糕點和壽桃，並且親手寫了個「壽」字擺放在糕點上面，派嬤嬤送到宴會上。海蘭收到壽禮，發現盒子封條上的兩行字像是字謎。她沉思後拆開封條，掰開壽桃，找到藏在裡面的包裹。海蘭把包裹裡的七寶手鏈跟皇帝鎖在養心殿的證物互換。皇帝看了點心上的「壽」字，立刻返回養心殿。皇帝帶上證物去找如懿。原來皇帝看到點心上的「壽」字是如懿模仿自己的筆跡而寫。那麼同理，也有人可以模仿如懿的筆跡寫情書。如懿求皇帝放了惢心，皇帝不肯。為了澄清如懿和自己的名譽，皇帝不惜對惢心用刑。如懿不忍，最後才提出七寶手鏈中的奧妙。這手鏈用的是紅玉髓，而不是瑪瑙，所以作為證物的手鏈並非大師所用之物。皇帝下令所有人接受測字，又給金玉妍送去紅玉髓首飾，試探她是否懂得辨認。
測字時，李玉發現貞淑筆跡過於怪異，又搜出她寫的家書筆跡十分秀氣，將她帶到皇帝面前審問。皇帝發現貞淑無法區分紅玉髓和瑪瑙，立即下令，將她關進慎刑司，終於放了惢心。惢心身受酷刑，腿骨被夾斷，康復後也無法像常人一般行走。如懿替惢心感到委屈，埋怨皇上為了一點流言蜚語令惢心付出慘痛的代價。皇帝卻對如懿解釋，只有這樣她才能成為皇后。為了彌補惢心，皇帝同意將她賜婚給江與彬。貞淑在慎刑司招認模仿如懿筆跡寫情書，被皇帝驅逐回玉氏。金玉妍被降為嬪位，禁足啟祥宮。正當她跟貞淑生離死別之際，嬿婉告知她玉氏王爺被押入京，令她雪上加霜。金玉妍震驚，挺著大肚子跑到養心殿磕頭，為玉氏王爺求情。皇帝大怒，降她為貴人。當夜，金玉妍難產，誕下已經斷氣的九阿哥。
金川戰事不利，訥親擅自回朝推卸責任。皇帝將他處死，立威服人心。皇帝辦事老辣，顯然已經羽翼豐滿。惢心自腿傷後就感到自卑，覺得配不上江與彬。後來在江與彬的悉心照料下終於解開心結，嫁予江與彬。皇帝懲罰玉氏王爺半年後，便給金玉妍恢復嬪位。如懿不悅。皇帝解釋是為了安撫玉氏，他必須以大局為重。如懿追問，如果金玉妍再興風作浪，那又如何？皇帝答應嚴懲。永璜因被皇帝斥責，繼位無望，身患重病。臨終前，永璜告訴如懿是琅嬅害死自己的生母。此話正是金玉妍親口告訴他的。永璜隨即去世。
皇帝打算封如懿為皇后，但如懿對后位並無興趣，甚至感到惶恐。但是皇帝高處不勝寒，盼望有她可以在身邊作伴。如懿答應。如懿在後宮行走時，碰到內務府太監正在分配新來的宮女。唯有一個叫容珮的宮女敢於站出來頂撞太監，指出他受人賄賂，處事不公。如懿喜歡她心直口快，留容珮在身邊頂替惢心過去的職位。綠筠向如懿表明忠心，承認自己當年是鬼迷心竅才想爭奪皇后之位，兩人冰釋前嫌。對於如懿封后，太后並不支持，但也無力回天。她得知如懿答應成為皇后，是不想辜負皇上的情份。太后告誡她君心是世上最難把握的東西。璟瑟為了繼后一事特意回宮，她認為如懿配不上額娘的位置，決心等待如懿跌下來的那日。封后大典完成，如懿坐上后位。
如懿贈金玉妍一對紅玉髓耳環。這耳環的銀針比普通銀針粗了兩倍，容珮對著她的耳洞硬生生地刺了下去。 金玉妍疼得尖叫。如懿安排惢心在一旁看著。在眾嬪妃面前，如懿講白了此舉是為了給惢心報仇，也是警告金玉妍不要再圖謀不軌。金玉妍受辱，向皇上告狀，皇帝卻不以為然。他明白如懿賞罰分明，上位後必須壓制金玉妍。如懿提醒皇帝，金玉妍對玉氏重視甚於大清，跟玉氏在京的商人來往甚密。皇帝決定斷了玉氏商人的商道，讓他們離京回國，同時也罰金玉妍去奉先殿對著列祖列宗跪拜思過。金玉妍看著大清歷代的皇帝，盼望自己的兒子有朝一日成為大清皇帝。皇帝對如懿情深義重，想起如懿以前在冷宮受苦，決定廢除冷宮，將裡面的棄妃送去熱河行宮養老。他讓郎世寧為自己和如懿畫像，還安排如懿的母親進宮與她團聚。如懿感動。
葉赫那拉意歡多年無孕，斷斷續續地喝著坐胎藥，這時反而突然懷孕。皇帝對意歡懷孕甚感意外，但看她對自己一片真心，便允許孩子誕生。嬿婉看意歡有孕，心中酸楚。如懿勸她少服坐胎藥。嬿婉回宮反而變本加厲地大量服藥。還是嬿婉的丫鬟機靈，帶著藥方出宮去查，才發現此乃避孕藥。齊太醫稟告太后，照顧完意歡此胎後便打算告老還鄉，太后准許。齊汝給意歡避孕失敗，又單獨與太后會面，引起皇帝疑心。毓瑚檢查當年齊太醫給晞月的藥方，雖看不出什么問題，但葯都是齊太醫親自配製的。想起太后因為遠嫁女兒對高斌懷恨在心，皇帝懷疑太后指使齊汝害死高晞月，打算除掉齊汝。皇帝登基後第一次南巡，帶著如懿，閒暇時體驗人間煙火，共享市井之樂。
乾隆在西湖邊設宴。太后安排白蕊姬跟慶貴人在裝滿荷花的船上彈唱表演，並提醒皇帝不能獨寵皇后一人，必須雨露均沾。皇帝不悅。皇帝的太監進保在夜宴時將齊太醫引入後花園，並推入荷花池中。齊汝當場溺水斃命。太后懷疑是皇上所為，對自己有所防範。宴會上，嬿婉又忽然出現在湖中一葉扁舟之上，翩翩起舞。皇帝不喜太后干涉自己與如懿的私事，氣惱之下便命嬿婉當夜侍寢，又封她為妃。嬿婉在杭州行宮取巧晉升，京城後宮也因她而不安寧。五阿哥風寒未癒，意歡孕中水腫，臉上又生出黃斑。如懿調派江與彬回宮診治。嬿婉買通觀天象的監正向皇帝進言。欽天監監正嚇唬乾隆，說紫微星分出小星不祥，此乃父子相剋之象，令皇帝對葉赫那拉意歡腹中胎兒心生芥蒂。
進忠偷了金玉妍的肚兜，栽贓凌雲徹。金玉妍不見了貼身物件，惱羞成怒，求皇帝打死凌雲徹。如懿趕來求情，並建議查清真相。皇帝沉思不語。嬿婉看昔日戀人被鞭打得血肉模糊，心中不忍，便求皇上將他發配遠方。皇帝決定把他調往木蘭圍場當差。如懿派容珮給凌雲徹送去無患子，叫他忍耐住一時辛苦，他日擇機再回宮中。江與彬耽擱了行程，意歡臉上的斑點消除不了，影響了容貌。白蕊姬被皇帝召去養心殿問話，金玉妍派貼身丫鬟麗心下毒害死白蕊姬。麗心假裝給白蕊姬用銀針試菜時被如懿和海蘭看到。白蕊姬自知時日不多，近乎瘋癲。她遊蕩到太醫院，取出一包草藥，倒入慶嬪的藥壺裡。慶嬪飲後，肚子劇痛，血崩不止，導致無法生育。太醫發現是藥中加了牛膝和草烏。正當眾人一頭霧水之際，白蕊姬承認了罪行。皇帝命如懿親眼盯著白蕊姬受死。
臨終前，白蕊姬向如懿坦白是皇上指使自己害慶嬪。她也承認自己為了給死去的孩兒報仇，害死了七阿哥和皇后。當如懿提出害死她的孩子的人也許不是琅嬅時，白蕊姬無言以對。意歡誕下十阿哥。皇帝聽信了欽天監監正的預言，不知道應不應該高興。嬿婉和進忠買通接生婆，在意歡誕下皇子之際對母體做了手腳，導致她來日再難有孕。十阿哥也因為在胎中時母親就腎衰，身體十分虛弱。皇帝忌憚父子相剋，將十阿哥送到諴親王府寄養，並有意避開意歡。皇帝龍體欠安，十阿哥身體虛弱，如懿打算為他們祈禱。白蕊姬剛剛去世，如懿也想為她一併安排法事，金玉妍反對。如懿提起七阿哥患天花，事有古怪。金玉妍隨口說七阿哥無福才得了天花，對皇子出言不敬。眾嬪妃借機請皇后責罰金玉妍，以立宮規。
皇帝因為過於操勞，身體虛弱，精神不濟。他想飲鹿血酒提神，被江與彬回絕。皇帝在嬿婉的永壽宮求得鹿血酒，精神大振。皇帝偷飲鹿血酒被皇后逮個正著。如懿又氣又心疼。皇帝自知理虧，醉醺醺地出來想息事寧人。誰知皇后不依不饒，端上解酒湯，逼皇上喝下。皇帝惱羞成怒，甩手打翻解酒湯。如懿勸夫君愛惜身體不遂，自願下跪受罰。皇帝氣惱皇后像太后一般掣肘他，回嬿婉屋內，任由如懿跪著，但心中還是十分記掛著外頭。如懿跪在台階上，忽感頭暈目眩，暈倒在地。皇帝聞聲衝出來。經過江與彬診治，原來如懿有了身孕。皇帝大喜，向如懿認錯。皇帝決定懲罰嬿婉等人邀寵媚上，不得侍寢。金玉妍趁皇后懷孕無暇管制自己，上報自己也有喜三月餘，解除了禁足的困局。
如懿擔心遭人暗算，對外裝作懷有女胎。皇帝不免有些失望。後宮眾人稍稍放下了心，尤其是玉妍。嬿婉想對如懿的肚子下手，籠絡接生的田姥姥。田姥姥卻不敢害中宮的孩子，拒絕了嬿婉。十月之後，如懿終於安全誕下十二阿哥永璂。金玉妍聽聞如懿生下的是個阿哥，頓時氣得七竅生煙。金玉妍怕皇帝一心只寵愛嫡子，忘記自己的四阿哥永珹，決定賭一把。秋日皇帝帶著眾妻兒到木蘭圍場狩獵。金玉妍在圍場碰到遛馬的凌雲徹，想起當年肚兜被盜之辱，命永珹鞭打凌雲徹。如懿剛好經過，幫凌雲徹解圍。如懿與凌雲徹闊別兩年，見他一切還好，並準備有朝一日堂堂正正地回宮，甚感欣慰。
皇帝帶著三個兒子狩獵。一匹野馬疾奔而過，皇帝眼見良駒，策馬追進樹林。御馬踩中機關，將皇帝甩落在地。而這時野馬似乎發了狂，調頭向皇帝衝來。乾隆正要躲閃，不料一支冷箭射中小腿。皇帝摔倒在地。在林中遛馬的凌雲徹眼見皇帝遇險，奮力疾奔躍上野馬，拿鞭子死命勒住牠的脖子。野馬的速度雖慢了下來，可馬蹄仍然朝著皇帝當胸踢來，永琪捨身擋在父皇面前。而躲在一旁的永珹趁機射出長箭，正中野馬額頭。野馬倒地，皇帝獲救。皇帝遇刺，命大臣傅恆徹查。傅恆發現樹林機關附近塗有母馬的體液，用於引來野馬和御馬，隨後又找到刺客屍首，便交差了事。凌雲徹護駕有功，晉升為二等御前侍衛，終於調回宮中。永珹救駕有功，被奉為貝勒。凌雲徹受皇帝賜婚。此時如懿發現又懷二胎，皇帝高興不已。
準噶爾內亂。恆娖長公主的夫君因多年貪於酒色，殘暴不仁，不得民心，被叛黨達瓦齊殺死。達瓦齊自立，前朝一片混亂。為表對大清歸順之意，達瓦齊請求乾隆允許自己迎娶恆娖。恆娖不願嫁給自己的殺夫仇人，寫信懇請皇兄出兵平定準噶爾。皇帝十分為難。近年來國庫的銀子都用於修復河道、賑災撥糧，無法支撐大軍征戰。寄養在諴親王府的十阿哥病重，意歡求太后允許自己出宮照顧。太后與她談條件，如果意歡勸服皇上接恆娖回來，太后便幫她進言。意歡照辦，但無濟於事。如懿夾在太后和皇帝之間調解。皇帝答允接十阿哥入宮，也直接與太后商議恆娖的命運去向。為了減少大清將士的死傷，皇帝選擇牺牲恆娖的婚姻。然而十阿哥還未被接入宮，便已不幸去世，意歡悲痛欲絕。
嬿婉為了爭寵，在喪期練習崑曲，被如懿碰見，狠狠懲治。太監進忠建議她趁意歡喪子心痛體虛，除掉這個對手。嬿婉把坐胎藥的真相告知意歡。意歡震驚，找到皇帝核實。意歡如此追根問底，皇帝只好承認坐胎藥其實是避孕藥。意歡萬念俱灰，沒想到自己的一片癡心換來的只有虛情假意。她支開身邊下人，獨自在屋內點火自焚。皇后趕到烈火熊熊的現場，得知意歡困在裡面，已經無法營救，頓時暈厥。胎氣震動導致皇后早產。意歡自焚當日，五公主誕生。可嬰兒面容紫脹，心臟先天不足，不易平安長大。皇后和皇帝傷心難過，給接生婆的賞銀減半。當年幫嬿婉謀害意歡母體的田姥姥家中正缺銀子，對皇后賞銀減半甚是不滿。嬿婉趁機遞她一張銀票籠絡。太后查出嬿婉曾給孕中的意歡下了腎衰藥，傳嬿婉前來問罪。
太后大發雷霆，想罰嬿婉吃下當初給意歡下的藥，但嬿婉叩頭懇求為太后效勞，太后遲疑。這時皇后派人來找嬿婉問話，太后便下旨，命容珮每日給嬿婉掌嘴十下，直至意歡百日祭禮，以平皇后疑心。太后此舉雖然貌似罰了嬿婉，但實質救了她。如懿見太后已經罰了嬿婉，便也不好再插手。皇帝為了制衡準噶爾，納準噶爾勁敵的女兒巴林湄若入宮為嬪。湄若是蒙古人，心性天真爛漫，也得皇帝寵愛。皇帝帶著她和皇子們去木蘭圍場狩獵。嬿婉為了邀寵，借口患病，向皇后請旨回紫禁城靜養。因眾嬪妃都在圓明園避暑，以免病急傳人，皇后恩准。嬿婉非但沒有回宮，反而擅自偷偷潛入圍場，扮成按摩師傅出現在皇帝泡澡的溫泉。皇帝在圍場只有蒙古女子陪伴，甚感乏味，這時嬿婉突然出現，雖違反宮規，乾隆倒也驚喜。兩個蒙古嬪妃看到嬿婉這般邀寵，心中嫉妒。
蒙古嬪妃聯合起來在射擊場讓嬿婉難堪。嬿婉不會射箭，被羞辱後私下練習，手指都被磨破，惹得皇帝心疼，親手教她射箭。嬿婉再度復寵。達瓦齊狂妄自大，洗劫杜爾伯特部。杜爾伯特部首領車凌忍無可忍，率眾來大清請求庇護。永琿被皇帝委以重任，又打壓了永琪，更是得意。三阿哥永璋的福晉有喜。如懿便把金玉妍送她的耀眼頸圈送給要當祖母的綠筠增添喜氣。皇帝喜添皇孫，到鍾粹宮慶賀。綠筠脖子上的鳳凰牡丹金頸圈十分搶眼，引起皇帝注意。皇帝提醒她鳳凰牡丹乃中宮才能用的圖案。緊接著諴親王的福晉進宮請安，無故得了金玉妍的厚禮，心中不安，向皇上稟告。海蘭的侄子扎齊賭錢輸了銀兩，頻繁進宮找姑姑要錢。嬿婉路過看到，命人暗中打聽。
凌雲徹想起每年永珹都去木蘭圍場餵養新馴的野馬，熟悉馬性。此話令皇帝懷疑圍場遇刺與永珹有關。金玉妍見形勢不妙，寫了一封家書，讓玉氏王爺請求皇上出使玉氏。若皇帝派四阿哥，那麼永珹便可以和玉氏親近，若派了五阿哥，便可在路上除掉這個勁敵。乾隆本想派五阿哥永琪，但如懿猜到永琪可能遇害，於是建議皇上派諴親王出使，皇帝答允。乾隆派人暗中在木蘭圍場核實了凌雲徹的話。凌雲徹被晉升為一品御前侍衛，而皇帝對永珹也心生嫌隙。皇帝下令永琿出宮開府，無事不得入宮。八阿哥即日遷往擷芳殿居住。金玉妍震驚，瘋癲般叫嚷著被人陷害。她派人去外面找來十幾隻狗，護院安心。但犬吠聲太大，嚇到了有心症的五公主。皇后派人把狗都帶出宮，唯獨一隻名叫富貴的狗，金玉妍拼命扯著，將它留在了宮中。
準噶爾之戰，湄若的母家巴林部成為了大清最堅強的後盾。對準噶爾的戰事節節勝利，達瓦齊來信求和。永琪之前雖為姑母恆娖的處境傷感，但此時卻看出達瓦齊求和並非真心，大清不可姑息養奸，令皇帝對他刮目相看。而永珹失寵後不僅氣餒，連門當戶對的媳婦都找不到，金玉妍決定去求皇帝給永珹指婚。八阿哥不幸發生意外，在與永琪學騎馬時，不慎從馬背跌落，折斷一條腿。金玉妍傷心欲絕，一口咬定是永琪故意害永璇。因此事牽扯到五阿哥和海蘭，皇帝派凌雲徹前去徹查。調查過程中，凌雲徹查出馬鞍內藏有銀針，但若繼續查下去，必定牽扯五阿哥和養母如懿。他不想令如懿涉嫌，託付好友趙九霄將馬鞍偷出宮外，藏在自己家中，被老婆茂倩看到。其後凌雲徹向皇帝稟報八阿哥墜馬純屬意外。
八阿哥腿殘，皇帝傷心。金玉妍趁機求皇帝給永珹指婚，皇帝答應。如懿帶著孩子跟懷有身孕的湄若在花園散步。只見金玉妍遺失已久的富貴兒突然跳出，朝五公主迎面撲來。本就患有心症的五公主頓時暈厥，而湄若也因大受驚嚇，失血流產。五公主終因不治而離世，引皇帝震怒。所有證據都指向金玉妍。皇帝悲痛之餘將金玉妍貶為答應，不許丫鬟伺候，日日受鞭刑。而這一切的幕後黑手其實是嬿婉，她派太監王蟾在八阿哥的馬鞍中暗藏銀針，也是她命王蟾偷走並訓練富貴兒。大清攻打達瓦齊大獲全勝。皇帝感激巴林部的支援和玉氏供給的糧草。恒娖安全回宮。皇帝本想讓她與達瓦齊協議離婚，可恆娖已懷有身孕。乾隆只好封達瓦齊為親王，在京城給他安家。兄妹再見時，恆娖十分冷淡，不願原諒皇兄。
玉氏助戰有功，皇帝為了玉氏顏面，恢復了金玉妍的貴妃之位。金玉妍剛剛復位，便立刻開始謀劃四阿哥奪嫡之事。她先幫永珹安排和怡親王的次女為福晉，又讓使者向皇帝進言，把永珹過繼給死去的嫡母琅嬅。永珹深感此種做法十分不妥，但金玉妍一意孤行。金玉妍復位之後仍不知收斂，竟在皇后和其他妃嬪面前耀武揚威，提到太宗是八子登基，先帝是四子登基時，便揚言自己的兒子一個排行第四，一個排行第八，也是佔了運氣的。皇后提醒金玉妍不要口不擇言，話剛落便忽感眩暈，眾人緊張。皇帝趕來，得知如懿已懷有身孕，大喜，並得知金玉妍方才言語出格之事。金玉妍再次明目張膽地謀取皇位，令皇帝忍無可忍。想起木蘭圍場金玉妍母子謀害自己的疑慮，乾隆更是火冒三丈。皇帝准許了永珹的婚事，卻同時也與他斷絕了父子關係。金玉妍被貶為庶人，囚禁至死。
嬿婉私下召見田姥姥，以田姥姥病重的女兒要挾，逼她對皇后的胎兒下手。田姥姥長期受制於嬿婉的接濟，被迫答應了她的吩咐。而此時嬿婉發現自己也已有身孕。金玉妍失勢后，油盡燈枯，時日不多。臨終前，如懿前去探望，並把王爺密函交予金玉妍。金玉妍得知自己深愛的王爺居然如此冷酷，萬念俱灰，將自己這些年的所作所為一併告知了如懿。金玉妍對如懿承認是自己害死了琅嬅、永璜、白蕊姬和黃綺瑩的孩子。但葉赫那拉意歡懷孕時出的差錯，以及五公主、六公主的意外，都並非她所為。如懿將金玉妍所說的一切稟報皇帝，但事隔已久，皇帝也不願再查。金玉妍隨後離世。如懿雖知五公主去世、八阿哥墜馬可能並非金玉妍所害，但她有孕在身，無法繼續細查。而心懷鬼胎的田姥姥以胎位不正為由，常給如懿腹部按摩，導致如懿懷胎七月早產。
田姥姥的女兒身患重病，嬿婉騙她只有包太醫的藥方可以治癒。田姥姥按照嬿婉吩咐，令如懿難產，十三阿哥也不幸胎死腹中。欽天監監正和田姥姥為了自圓其說，誣陷是生母如懿剋死皇子。皇帝震怒，將欽天監監正和所有接生人等革職，永不再用。事後，嬿婉派人將欽天監監正滅口。進忠也以田姥姥兒女要挾，令田姥姥在慎刑司作了偽證，說是自己因接生五公主時皇后賞錢減半，心中憤恨，所以接生十三阿哥時，想令如懿難產痛苦，誰知難產太久，才導致孩子窒息而死。田姥姥隨即咬舌自盡。宮中流言紛飛，說是如懿剋死皇子。皇帝似乎也聽信了謠言，一直心懷芥蒂。如懿不信一個接生姥姥為了幾十兩銀子就敢謀害皇嗣，幕後必定有人指使，可皇帝卻不願再查，令如懿大失所望。
如懿秘密請求凌雲徹出宮時調查田姥姥家中底細，凌雲徹同情如懿遭遇，接受了如懿的請求。凌雲徹先找到田姥姥的兒子田俊，田俊坦言的確收到一大筆銀票。但問及其出處，田俊不但沒供出嬿婉，反而說是海蘭給的銀票。淩雲徹將信將疑，拿著銀票查其出處，發現竟然真是海蘭的侄子扎齊存入銀號。正當凌雲徹回稟如懿之時，海蘭的延禧宮已被進忠公公的人團團圍住，以涉嫌謀害十三阿哥為由，將海蘭關入慎刑司接受調查。扎齊在慎刑司被嚴刑拷打，供出自己受海蘭指使，害死了田姥姥的兒子。如懿聽聞海蘭被關入慎刑司，十分驚訝，更不相信海蘭會謀害自己。皇帝收到扎齊的供詞，終於對如懿剋子的天象之說有些許釋懷，主動來翊坤宮看望如懿。如懿擔心此事冤枉了海蘭，懇請皇帝徹查，皇帝答允。
小宮女發現衛夫人在宮中使用巫蛊詛咒皇后，將此事稟報李玉，李玉呈上在衛府搜出的四個巫蠱布偶。衛夫人起初不承認，但是幾次問話中顛三倒四地說漏了嘴，暴露了扎齊與兒子佐祿有所往來。與此同時，凌雲徹已經逮捕佐祿。佐祿看到扎齊的屍體，嚇破了膽，立刻招認是自己讓扎齊替衛夫人將銀票存入銀號，也是他交代扎齊，若有人問起就說是海蘭給的銀票。這時，公公進保在永壽宮搜查時，又發現用於詛咒皇后的巫蠱布偶，呈給皇帝。嬿婉一看大事不妙，急忙挺著大肚子去翊坤宮面聖。嬿婉以佐祿的性命要挾母親替自己背上這個黑鍋，衛夫人會意，一人包攬所有罪名。皇帝立即將衛夫人賜死，嬿婉受驚，動了胎氣。嬿婉回宮，費了九牛二虎之力，在中元節（鬼節）誕下七公主。
皇帝下令將七公主交給湄若撫養，嬿婉降為答應。如懿身邊的公公三寶查出王蟾曾被人看見抱著一隻跟富貴兒極像的狗，如懿下令立即將王蟾關入慎刑司進行盤問。王蟾被押往慎刑司的路上，剛好撞見進忠。進忠連忙趕去給嬿婉報信。王蟾的供詞漏洞百出，如懿派人將剛從水中出來的嬿婉關入慎刑司，對比二人供詞。璟瑟得知是嬿婉搭救了慶佑，感恩戴德，為她向皇帝進言。因璟瑟的婆家是科爾沁部，對科爾沁王孫的救命恩人大肆用刑實有不妥。皇帝為顧全大局，將嬿婉放出慎刑司，親自問話。嬿婉死不認罪，又提起自己是皇帝一手調教出來的女人，怎會害死皇嗣，再搭上親娘的命為自己開脫。皇帝動搖，嬿婉繼續哀求，坦言自己不奢望將七公主接回身邊撫養，但求皇帝能再讓她有個孩子。
皇上向如懿提及科爾沁部請安奏摺特意提到嬿婉搭救慶佑之事，深感為難，只能暫且不處罰嬿婉。如懿反問皇上，是否根本不相信嬿婉會做出害人之事。最終，兩人不歡而散。嬿婉很快再次懷孕，接連誕下十四阿哥永璐和九公主，嬿婉也恢復嬪位。如懿依然沒有忘記喪子之痛，只是棋局無解，只好伺機再動。嬿婉找來田姥姥的女兒田芸兒，告訴她害死田姥姥的人其實是皇后。嬿婉假裝可憐她們母女，提議幫田芸兒報仇。皇帝再次選秀，科爾沁部送來了厄音珠格格。厄音珠雖然三十有餘，但是風情萬種，深得恩寵。她入宮后不久便被封為妃位，還野心勃勃地覬覦皇后之位。侍寢時，她趁身邊無人，偷窺奏摺，將消息傳遞出去。永琪面聖出來，發現養心殿外面的一個太監行動可疑，派人暗中查探，卻發現這個小太監和厄音珠的宮女暗中交接。
厄音珠封妃之際，如懿帶永琪、江與彬前來面聖。隨後皇帝得知厄音珠不僅洩露國家機密，還暗中取得傷身的情藥，正準備用在自己身上。皇帝大怒，罰厄音珠禁足在寢殿里，無旨不得外出。平定準噶爾之亂後，與其關係交好的寒部為向大清示好，奉上寒部公主寒香見。寒香見美若天仙，在寒部深得人心。皇帝甚感好奇，派兆惠大將軍護送入宮。在路上，寒香見的未婚夫寒企策馬追來，不料慘遭雪崩喪命。寒香見入宮，在皇家宴席上翩翩起舞，皇帝看得如癡如醉，誰知寒香見忽然拋出飛鏢，行刺聖上。飛鏢射偏，侍衛頓時將她按倒在地。皇帝非但沒有處罰她，反而不顧太后和眾嬪妃的反對，執意將寒香見留在後宮，入住承乾宮。面對皇帝如此恩寵，寒香見卻毫不領情，在後宮不吃不喝，對皇帝也不加理會。
皇帝一心討好香見，冷落六宮。綠筠咳嗽越發嚴重，傷及肺部。永璋心疼額娘，跑去養心殿指責乾隆被香見魅惑，更聲言盛世清明都要毀在她手上。皇帝震怒，稱永璋不再是自己的兒子。三阿哥傷心欲絕，嘔出一大口血。經江與彬診治，發現永璋氣怒交加，五臟六腑的氣血都已經亂了。蘇綠筠連忙趕去養心殿為兒子求情。她跪在雨中磕頭，皇帝卻絲毫沒有憐悯之情。六宮嬪妃為綠筠鳴不平，集體跪在皇后門口，希望皇后出面將寒香見趕出宮。湄若不願為難如懿，跑去養心殿給她報信。兩人在殿外交談，被乾隆聽到。湄若索性對皇帝直言，她作為蒙古最尊貴的嬪妃，指責皇帝傷了蒙古各部的心。如懿勸皇帝為香見考慮，如果現在不平息六宮之怒，香見將來也無法與眾嬪妃相處。皇帝聽言態度稍有緩和，決定封綠筠為皇貴妃，也不再與永璋計較。
綠筠和永璋相繼去世。皇帝心中苦悶，借酒消愁。香見絕食，以死相逼。皇帝無計可施，只好將此醜事告知如懿，求她前去勸慰香見進食。皇帝坦言多年來一直克制感情，唯獨遇到香見才明白情不自禁是為何意，求如懿讓他任性一回。如懿問起香見與寒企的感情，也回想起了自己當年與弘曆也是一樣兩小無猜。她勸香見為了族人、阿爹和寒企的在天之靈，也要好好活著。香見動容，喝了如懿的參湯。離開承乾宮時，如懿回首望了望自己跟弘曆年輕時常去的城樓，感慨自己曾經所愛之人似乎也已一去不復返了。皇帝為了討好香見，大興土木，蓋了寶月樓供她居住，又不遠千里請來寒部族人在京中落戶陪伴香見。皇帝自己也特意換上寒部男子服飾而來……
皇帝看香見態度緩和並願意留在宮中，十分開心。香見開始侍寢，第二天向如懿請安時卻問起如何才能讓自己沒有身孕，如懿震驚。皇帝對香見如癡如狂的行為令太后忍無可忍，為避免香見產下皇子將來威脅皇位，她命如懿給香見送去絕育藥。如懿陷入兩難。她若答應，皇帝必定憎恨自己。她若不答應，以後有了孩子，後宮不安，朝局不穩，太后也會要了香見母子的性命。最終，如懿還是遵從太后旨意，讓香見自己選擇要不要喝這碗湯藥，香見毫不猶豫地喝下。皇帝得知香見再也無法生育之後大發雷霆。這時進忠又來稟報，嬿婉誕下十五阿哥。乾隆把氣出在如懿身上，當即下旨恢復嬿婉妃位，又以皇后處理後宮不當為由，讓嬿婉協理六宮。
嬿婉為了將如懿拉下皇后之位，唆使長年不得寵的陳婉茵抄寫皇帝紀念琅嬅的詩文成冊，在琅嬅的忌日時供在靈前。陳婉茵不知詩文會被分發六宮，讓如懿深陷如此尴尬之地。她向如懿承認是嬿婉給她出的主意，並盼望自己有朝一日可以補償皇后。皇后失寵半年之後，陪同永璂去尚書房時遇到皇帝。皇帝為香見的事對她道歉，又隨口提起十二阿哥不如永琪聰慧之事，皇后不願再聽，扭頭就要走。皇帝繼而感嘆如懿不如琅嬅那般賢惠溫順，令如懿更加憤怒。僵持之下，皇帝為懲罰如懿鋒芒太利，索性將十二阿哥交給海蘭撫養。一年一度的木蘭圍場秋獵將至，這次皇帝邀請了蒙古各部前來，為維護科爾沁部與大清的關係，皇帝將禁足兩年的厄音珠放出宮，一同前往木蘭圍場。嬿婉自稱是她為厄音珠求情，才讓厄音珠保住妃位，令厄音珠感激不盡。
木蘭圍場狩獵宴席間，如懿見十二阿哥有倦意，便帶他提前離席。卻沒想到在回帳篷的路上，兩母子遇到自稱來自寒部的刺客。刺客用刀挾持十二阿哥之際，凌雲徹射傷他的手。刺客的刀落地，如懿急忙上前抱住永璂。這時刺客拾起刀向皇后刺來，凌雲徹立刻撲在皇后身上，為其擋刀。永璂受到驚嚇，高燒不退，需要好好調養。發生皇子遇刺之事，科爾沁部的寨桑根敦連忙趕來澄清刺客與己無關。皇帝顧及滿蒙關係，暫時沒有嚴懲厄音珠。厄音珠只是被押回京，繼續禁足。欲等到明年新歲，科爾沁部來訪時，待她平安見過科爾沁王公後，再另行處置。嬿婉嫉妒凌雲徹為如懿奮不顧身，警告凌雲徹遠離如懿這個不祥之人。淩雲徹反而教訓嬿婉對皇后出言不遜。嬿婉不忿，派人叫來進忠，令其在宮中散佈流言，說凌雲徹與皇后有私情。
茂倩拿出證據，指證皇后與凌雲徹有私情，亦說到凌雲徹夢裡經常呼喚如懿的名字，並且在五年中記下了三個日期。這些日期剛好是如懿喪女、喪子和因寒香見被罰之日，皆是如懿萬分悲痛的日子。如懿解釋說那也是皇帝大悲的日子，凌雲徹夢中呼喊如意也是期盼皇帝吉祥如意。茂倩又拿出如懿在冷宮時送給凌雲徹繡有雲紋的靴子。如懿解釋那花紋是惢心所繡，根本與自己的針腳不同。皇帝立刻命人拿去比較，發現如懿所言屬實。皇帝下旨命凌雲徹休妻，並且將挑撥是非的厄音珠關入慎刑司。眾人走後，皇帝本想跟皇后說說話，可他還是疑心皇后心裡有凌雲徹。如懿更加傷心憤怒，提起當年乾隆寧願相信天象之說，也不肯在自己喪子悲痛時前來探望。皇帝越發獨斷專行，說自己就算相信天象又如何？
厄音珠被關入慎刑司，嬿婉送了貼身丫鬟瀾翠進去將其滅口。卻沒想到，瀾翠吃了王蟾送來的牢飯，與厄音珠一起被毒死。和瀾翠一起當差的嬿婉心腹春嬋看嬿婉如此心狠手辣，對主子也起了忌憚之心。皇帝一年多都未曾踏入翊坤宮，命人閹割凌雲徹後，晚上親自到翊坤宮用膳。用膳之時，皇帝故意讓皇后吃她不喜歡的菜，並讓凌雲徹在旁伺候，令皇后甚是難堪。就寢時，皇帝為了自己的顏面逼迫如懿順從，夫妻感情越發惡劣。寒香見聽聞皇后的處境，決定前去面聖為如懿進言。香見跟乾隆說起，就是因為帝后彼此太在乎，才會為凌雲徹一事爭吵不休，皇帝自己也是當局者迷。香見又提到，皇后曾對她說過，自己少年深愛的郎君就是皇上。皇帝聽後有些動容。
嬿婉順利誕下十六阿哥永㻇。太后不想她太過得意，便下旨將永㻇送去太妃處撫養。五阿哥永琪的病症日益嚴重，多年的朝夕相處，讓芸角對他暗生情愫，看他被自己陷害於此，實在不忍。與此同時，進忠擔心帝后關係會緩和，建議嬿婉趁早扳倒皇后。嬿婉的丫鬟春嬋的姑母過世。春嬋奔喪歸來，提及姑母乃是食用過多毒蕈菇致幻才發生意外去世。嬿婉若有所思，立刻讓春蟬去尋得這種毒蕈。隨後，她安排太監小栗子將蕈菇放入十二阿哥的膳食中，並在十二阿哥面前多次提起凌雲徹。吃過毒蕈的十二阿哥，身體產生反應，暈眩中走進了後花園，恍惚中似乎看到了凌雲徹與如懿在一起的畫面，受到驚嚇，狂奔不止，卻正好碰到了皇上和嬿婉。皇上聽了小栗子的讒言，以為十二阿哥真的看見了如懿與凌雲徹抱在一起……
如懿得知自己母子被人暗算，派人徹查永璂身邊的太監，但小栗子已經被人滅口。凌雲徹被關入慎刑司，經受各種嚴刑拷打。嬿婉明白凌雲徹難逃一死，偷偷帶著飯菜前去探望。凌雲徹最終向她要回當年贈與的紅寶石戒指。嬿婉離開時，惋惜唯一真心待己之人命不久矣。海蘭看到嬿婉離去，隨即也進入慎刑司，以如懿的名義將凌雲徹賜死。凌雲徹臨終前，海蘭問及他對如懿的情誼。他說，他對皇后的感情是超越男女之情的。凌雲徹還將自己與嬿婉的定情戒指交給海蘭，希望日後可以用得上這枚戒指。皇上得知凌雲徹被如懿賜死，怒火稍有平息，命永琪將凌雲徹屍首扔到亂葬崗。與此同時，海蘭在翊坤宮向如懿請罪，並將凌雲徹臨終之言轉告如懿，如懿萬念俱灰，只道海蘭不應該這樣做。
來年開春，皇帝再次南巡。皇帝看不上地方官員進貢的女子，嫌她們太規矩無趣。進忠察言觀色，偷偷與嬿婉合謀，幫皇帝尋「野花」的樂趣。進忠為皇帝安排了青樓女子水玲瓏，使得龍心大悅，之後夜夜去湖中船上與她飲酒作樂。水玲瓏得了恩寵，懇請皇上許她穿繡有龍紋的衣裳，皇帝應允。隨後，水玲瓏在城中到處炫耀，惹得百姓熱議世風日下。皇帝夜夜笙歌，白天陪太后嬪妃看戲沒精打采。太后問起原由，嬿婉幫皇帝掩蓋真相，隨即扶皇帝下去休息。皇后派容珮跟蹤二人，偷聽到嬿婉讓皇帝白天休息，夜晚才能盡興。如懿微服出巡時，聽到老百姓都在議論皇帝與青樓女子取樂，頓時震怒。她猜到是嬿婉安排青樓女子取悅皇上。午膳時，如懿當著眾嬪妃的面，暗示已經知曉皇帝胡作非為。皇帝憤而離席，派李玉給皇后送去黏牙的糕點，提醒她適可而止。
如懿傳來嬿婉，以敗壞朝綱之罪，下令將她即刻絞殺。此時太監進保趕來稟報皇帝與青樓女子作樂，皇后聽聞立刻前去，給了嬿婉片刻喘息。皇后闖入花船，命容珮帶走眾歌妓。皇帝略感羞愧，但也自認為多年來勤於朝政，現在南巡放鬆也不為過。皇帝詢問皇后為何會對自己疏離。皇后歷數多年來皇帝的猜疑和不信任，種種作為不僅傷透了自己的心，也害死了真心愛慕他的意歡。皇帝聽後震怒，以廢后之名威脅。如懿索性自斷頭髮，不再做皇帝的髮妻。皇帝震驚，眼中滿是傷痛。皇帝以皇后瘋癲為由，下旨送如懿回宮，禁足翊坤宮，好好治療。嬿婉也被封為皇貴妃，打理六宮事務。皇帝心中苦悶，與太后談心。太后告誡他萬萬不可廢后，否則臣民不安。皇帝承認自己與青樓女子取樂有錯，已經命嬿婉處決慫恿自己的進忠。嬿婉借皇帝的聖旨，處死了進忠。
如懿被遣送回宮並禁足。如懿為了不讓海蘭受牽連，對她避而不見，只是將她曾經繡的香包還給她。海蘭會意。而另一邊廂，嬿婉被封為皇貴妃，不少嬪妃都去她宮中阿諛奉承。只有那些忠於皇后的妃子們仍然不服她。永琪、十二阿哥苦求皇上，海蘭才得以入翊坤宮見到如懿。海蘭知道因為擅自處死凌雲徹，如懿一直對自己心存芥蒂，但收到香包時，海蘭就明白如懿仍記掛自己，海蘭只盼望二人不要有隔閡。永琪越來越得到皇帝青睐，令嬿婉十分警惕。嬿婉暗中叫來芸角，給了她一包藥，只要灑在傷口上，永琪便會立即毒發斃命。嬿婉看芸角存有疑慮，勸誡芸角不要忘了為母報仇，敦促她把握時機對永琪下手，芸角糾結得失聲痛哭。芸角回到府上，看著痛苦臥床的永琪，心有不忍，終未能下手毒害永琪。
永琪臨終前，懇求皇上寬待如懿。他死後，芸角立刻替永琪向皇上喊冤。她將永琪的死歸咎於皇后。她又供出凌雲徹死後，屍身沒有按照聖意扔到亂葬崗。如懿逼永琪將凌雲徹葬在風水寶地。芸角一口咬定皇后一直掛念凌雲徹，永琪以有這樣的嫡母為恥。芸角說完便服毒自盡。這時如懿匆匆趕來，看到已經過世的永琪欲哭無淚。皇帝聽了胡芸角的話之後惱羞成怒，立即下令，收回如懿的皇后冊寶。皇帝悲痛之際，將寫有立永琪為太子的秘條銷毀，正好被前來探望的嬿婉看到毓瑚將秘盒放回壁畫後的暗格內。太后勸解皇帝，廢后之舉實在過於心急，胡芸角的言行也很蹺蹊。毓瑚也認為芸角的話與五阿哥的遺言有矛盾。皇帝命毓瑚出宮去查，可胡格格家人全部死於火災，毓瑚最終空手而歸。
海蘭臨去圓明園前，傳話給毓瑚，希望皇帝可以開恩，允許江與彬能出入翊坤宮，為如懿看病調養，皇帝應允。江與彬在翊坤宮向如懿稟報徹查之事，他查出藥方筆跡出自一直負責照料嬿婉的包太醫之手，而且芸角遺物中有一個粉盒，裡面的粉末是無色無味的毒藥，出自內廷。江與彬為如懿把脈，發現她病已入肺，命不久矣。如懿得知自己只剩三、四個月命，認為時間足夠，希望能在最後這段日子把要做的事情做完，並囑咐江與彬多看顧永璂。太后讓七公主自己選擇母親，沒能帶回七公主的嬿婉雖然心有不忿，卻也只能接受。此事傳到皇帝那裡，皇帝也感到嬿婉似乎不堪重任。原本讓嬿婉主持的永琪百日祭祀也改為由海蘭負責，並允許如懿為永琪上香守靈一日。祭祀之際，如懿動身前往安華殿，並派人遞給太后一張紙條，裡面寫著「毒心」二字……
如懿與太后在安華殿見面，兩人緬懷永琪之餘，如懿懇求太后保護好十二阿哥，令太后十分不解。春嬋受嬿婉之命，正要給十二阿哥送做了手腳的飯菜時，卻被容珮和葉心綁去安華殿。容珮企圖離間春嬋與嬿婉，但春嬋仍然不招。如懿倒也不急，吩咐將她綁到晚上再放人，自己先行離去。春嬋晚間才回到永壽宮，向嬿婉承認自己被綁，但是絕對甚麼也沒招，讓嬿婉放心。嬿婉接二連三受挫，更加懷疑是春嬋叛主。她將有毒的口紅抹在春嬋唇上，命她出宮為母親上墳。海蘭派江與彬暗中跟蹤，就在春嬋毒發時，江與彬趕忙上前救治。皇帝因操勞過度，突然暈厥。江與彬前來診治，告知眾人皇帝是舊疾復發，險之又險。江與彬在養心殿外與太醫們會診，卻只有他一人伺候皇帝的湯藥，連太監進保也不得插手。皇帝一直昏迷，久久不曾醒來。
皇貴妃企圖把自己寫的皇十五子永琰立為皇太子之詔書放入秘盒中，卻被醒來的皇帝發現，其後所有罪行被愉妃與春嬋、王蟾、佐祿聯手揭發，被皇帝賜牽機藥，後又被喂以解藥。自此被幽禁於永壽宮，由春嬋、王蟾每日喂上蕈菇湯，以此折磨。愉妃指證皇貴妃安排胡芸角在永琪身邊，帶了春嬋和衛佐祿作為人證，並把凌雲徹留下的定情信物交與皇帝。如懿親手為皇貴妃害的人一一做了經幡，透過太后送至養心殿，讓皇貴妃一一叩頭謝罪。事後皇帝解除對如懿的幽禁，但如懿斷髮後已對皇帝徹底死心，厭惡後宮爭鬥，不想見人和收回皇后冊寶，皇帝只好親自去找皇后。如懿詢問皇上是否知道「蘭因絮果」這句話，自己已經明白花開花落須有時的道理，希望皇上此次秋獵能夠保重。皇上在養心殿內寫下「蘭因絮果」這幾個字，他知道這幾個字是形容男女姻緣初時美好，卻最終離散。
如懿安詳離世，並留下一封給永璂的信和一盆枯梅。皇上找郎世寧再畫一幅自己與皇后的畫像，郎世寧告訴皇上，當時皇上與皇后眼中都有彼此，而此時此刻沒有了。皇帝交代太監李玉，皇后生前行跡瘋癲，喪儀將不以皇后儀制辦理，以皇貴妃儀制舉行葬禮，並抹去皇后在歷史上的一切記載。九年後，乾隆四十年，皇貴妃被賜鶴頂紅了斷性命，謚為令懿皇貴妃。嘉慶四年，已居太上皇的弘曆自己也剪髮，放在收藏皇后青絲的金盒內，並以青櫻紅荔手帕覆蓋，後坐在椅子上手握金盒，以八十九歲高壽駕崩。此後至清末，再無烏拉那拉氏女子入宮為妃。
