金田一一（道枝駿佑飾）就讀的不動高中有一個被稱為學園七大不可思議的謎團。其中一個傳說是若有人知道了細節不明的第七個謎團的真相，就會被潛藏在舊校舍的怪人「放學後的魔術師」咒殺。而推理研究學會的七瀬美雪（上白石萌歌飾）和學會成員們開始調查這個謎團。有一天晚上，美雪因為被學會會長櫻樹（大友花戀飾）叫出來，與一趕到舊校舍。可是他們卻目擊到了在「打不開的生物教室」中上吊的櫻樹！她身旁還有一個看起來像是「放學後的魔術師」的身影。當他們破壞門並踏進教室，裡面卻空無一人，但櫻樹的屍體還是在隔天被發現。劍持警部（澤村一樹飾）和當時在舊校舍的佐木（岩崎大昇飾）等其他研究學會的成員們、正好在場的值班警衛立花（杉本哲太飾）、教師的場（光石研飾）展開搜查。美雪感到後悔，她覺得如果當初不調查七大不可思議就不會發生這種事。然而在那之後還是不斷有人犧牲，最後就連美雪也…！經過進一步調查，他們發現10年前追尋同一謎團的學生竟然也失蹤了。一對犯人感到無比憤怒，他賭上爺爺的名聲，發誓絕對會解開謎團。而隱藏在離奇密室殺人事件之謎下，壯烈又哀傷的真相究竟是甚麼？
一（道枝駿佑飾）、美雪（上白石萌歌飾）還有佐木（岩崎大昇飾）參加了劍持警部（澤村一樹飾）因興趣而報名的釣魚團，一行人前往的目的地聖戀島總有一種毛骨悚然的聲音響徹全島。據說那是在希臘神話中登場的海中怪物「賽蓮」的哭聲，「賽蓮」會用那種聲音誘惑人類，將他們拖入海中咬死再吃掉。當天晚上，釣魚團的全體客人都收到其中一位參加者寒野醫生（高橋優飾）約他們出來見面的信。跟寒野一起來的還有在同一間醫院工作的影尾教授（佃典彥飾）和醫療器材業務員伊豆丸（小市慢太郎飾）。而釣魚團的負責人芷田（吉谷彩子飾）似乎從以前就認識這間醫院的醫生們，卻不知為何表現出迴避他們的態度。一到指定的時間，所有人都來到集合地點。在下個瞬間，寒野醫生被從海中射來的箭刺中眉心而身亡。隔天，某位釣魚團參加者在海釣時被拖入海中。這一切真的都是「賽蓮」所為嗎？一行人亦從島上唯一的居民霧聲（余貴美子飾）那裡打聽聖戀島於戰時背負的悲慘史實，然而…。
發生了連續殺人事件的聖戀島上，因為惡劣的天氣已經平息，劍持警部（澤村一樹飾）告訴一（道枝駿佑飾）所有參加者明天就能回家。他才剛這麼說完，已經失去兩位醫生同伴的影尾教授（佃典彥飾）就失蹤了。出外搜尋他的一凡人注意到碼頭小屋的燈光而匆忙趕到現場，但明明應該沒上鎖的門卻被鎖上了。一行人在無計可施之下繞到了另一頭的門，從窗戶探看屋內，發現有人倒在裡面。然後，小屋的燈光突然消失，接下來他們就看到有一道光正從小屋逃離！一行人心想那也許就是犯人，就像是被甚麼人玩弄於掌心般，他們追著那道光，最終發現了影尾教授的屍體。一在這個時候察覺島上的人全都來到了現場。到目前為止，每當事件發生時，每個人都有不在場證明，這讓一覺得不自然。他在看了佐木（岩崎大昇飾）拍攝的現場影像後發現了某件事。與此同時，凪田（吉谷彩子飾）說出了關於被殺害的醫生們的某件事情。另一方面，美雪（上白石萌歌飾）因為擔心不眠不休地埋頭推理的一，開始思考自己是否有甚麼地方能幫上他的忙。在響著哀傷哭聲的孤島上所發生的連續殺人事件，真兇的真面目即將被揭開！
一（道枝駿佑飾）與美雪（上白石萌歌飾）正和家人們一起旅行，他們巧遇正在追某宗殺人案犯人的劍持警部（澤村一樹飾）。一行人造訪白蛇村，旅館老闆娘鏡花（涼飾）告訴他們這個地方把白蛇當作神之使者崇拜。三人會合後目擊到一個蒙面的可疑男人進入毗鄰的酒藏。那裡是白神家代代經營的釀酒舖「白蛇酒藏」，現在是由白神音松（小野武彥飾）擔任社長，守護酒藏。而蒙面男子是次子蓮月，雖然在5年前因火災失蹤，但在2個月前恢復記憶後回到家中。火災的後遺症改變了他的容貌與聲音，但聽說經過DNA鑑定後，已經證實了血緣關係。查清對方身分的一等人只能暫且作罷。他們在釀酒學徒鷺森（岡山天音飾）的引導下參觀專家黑鷹（寺島進飾）等人工作的酒藏，然而他們卻在酒桶中發現蓮月漂浮的屍體。在蓮月遇害的時間點，唯一留在酒藏的是長子左紺（吉田悟朗飾），但蒙上殺人嫌疑的左紺卻不見蹤影，下一個悲劇就此發生！因接連喪子而慌亂的音松認為這都是白蛇大人降下的天譴。一開始調查事件的謎團，殊不知其中藏著白神一族充滿愛恨轇轕的真相。
佐木（岩崎大昇飾）帶一（道枝駿佑飾）與美雪（上白石萌歌飾）來到他親戚所經營的民宿。正好有四位美術大學學生在這間民宿集訓，他們邀一等人參加試膽大會。佐木覺得這是能增進一與美雪感情的絕佳機會，於是煽動一參加。試膽大會的舞台是已於30年前關閉的醫院。有一個鬼故事內容為廁所有一位曾是住院病患，名叫「花子」的少女鬼魂，向她搭話的人都會被殺死。試膽大會的規則是大家每隔10分鐘各自前往女廁中花子所在的裡面那間廁所，說完「花子，一起玩吧」後，將罐中的乒乓球拿回來。試膽大會照著抽籤的順序進行，最後出發的伊能（中川大輔飾）卻沒有回來。伊能總以一副盛氣凌人的態度把鳴澤（小野寺晃良飾）耍得團團轉，他還為了前女友真紀（田邊桃子飾）的事與獅子島（篠原悠伸飾）形成三角關係。廁所的地板有一道延伸至花子之墓的血跡，結果一行人發現那只是墨水。大家都覺得那是喜歡嚇人的伊能所做的惡作劇，但他們卻在隔天發現伊能的屍體！當眾人懷疑是隨機殺人的歹徒犯下的罪行，一則認為隱藏在花子亡靈背後的狡猾殺人犯就在這群人之中。
著名紀實文學作家橘（勝矢飾）在派對上出了一個暗號謎題，此謎題能導出被隱藏的新作原稿所在之處。橘表示那份原稿以真名揭發某位出席者犯下的罪行，得到原稿後公開出版的話一定會暢銷。因此參加派對的眾人（渡邊大・戶塚祥太・山西惇・宮澤艾瑪・今井隆文・Yukipoyo飾）全都拚命試圖解開謎題。
與此同時，一救了被喝醉的橘糾纏的賓客，寫真偶像桂木湯里奈（Yukipoyo飾），但橘卻因此對一大發雷霆。佐木等人因為擔心去向橘賠罪卻遲遲不回來的一，而去找他，但他們竟然看到手持染血兇器，呆站在橘的屍體旁的一！
一雖然堅持自己是清白的，但他被參加派對的眾人逼得走投無路。當警察抵達現場，一已消失無蹤。
「嫌犯是17歲的少年金田一一！」
警察為了追捕他而建立起包圍網，一展開逃亡。
一為了調查暗號的謎底而去找參加派對的人，然而他們卻都在他趕到前被殺害。
他被栽贓的罪變得越來越重，一雖然嘗試和看不見身影的敵人對抗…。
被懷疑是殺人犯的一（道枝駿佑飾），現在更被大眾當成襲警、搶槍的凶惡連環殺人案疑犯。
然而一從佐木（岩崎大昇飾）那裡得知美雪（上白石萌歌飾）在替他擔心後，絕對要靠自己抓到真兇的決心又更堅定了。橘（勝矢飾）以他新作原稿為獎品的暗號遊戲中，給眾參加者留下了像接力一樣的傳話。而那些受橘所託，轉達傳話內容的人卻一個接著一個死去。一從第三位受害人桂木優里奈（Yukipoyo飾）收到的傳話推測出下一個被盯上的目標是野中（宮澤艾瑪飾），因此去見她。當一從野中那裡聽到新的傳話內容，他察覺到「重要的並不是傳話的內容」。但野中仍不幸犧牲，一再度成為被警察追捕的對象，在被重重包圍的情況下在天台持槍和警方對峙。
劍持警部（澤村一樹飾）試著說服他，但是一卻質問劍持：
「為甚麼就是不相信我？我寧願死也不要被抓住！」
就在下個瞬間，槍聲響徹天台，一流著血倒下！
尚未發表的原稿中所寫的驚愕事實，以及不斷栽贓給一的那位幕後黑手的真面目終於將被揭開。被逼入絕境的一在歷經逃亡後究竟看到了甚麼？
劍持警部（澤村一樹飾）的青梅竹馬，嫁入名門巽家的紫乃（仙道敦子飾）收到恐嚇信。劍持警部帶著一（道枝駿佑飾）與美雪（上白石萌歌飾）前往巽家所在的梔子村，一行人在那裡目擊到一群身穿鎧甲的男人，因此感到疑惑。巽家的傭人猿彥（田鍋謙一郎飾）告訴他們那是為了平息過去被巽家斬首的落敗武士亡靈而舉辦的首級祭典中穿的裝扮。
恐嚇信中寫道「將於祭典結束後兩天內取走巽家下任當家的首級」，是由一位自稱「獵頭武者」的不明人物所寄來，眾人認為應該是對巽家心懷怨恨之人所為。
紫乃的亡夫沒有將財產與家督的地位留給與前妻所生之長子龍之介（吉村界人飾），而是交由紫乃帶來的孩子，次子征丸（福山翔太飾）來繼承。造成兄弟兩人間的嫌隙，征丸因此懷疑施行恐嚇的是龍之介。
與此同時，有位自稱是紫乃亡夫朋友的客人赤沼說要告訴一誰是恐嚇信的寄件人，與一約在機關房見面。當一到了房間，卻在旋轉門的另一頭發現無頭的赤沼！
而且「獵頭武者」還出現在來到首級祭典的美雪面前，又有另一顆人頭落地。
「賭上一的爺爺的名聲！」劍持警部決定挺身幫助紫乃。
圍繞著名門血統的驚愕秒密即將揭開！
一（道枝駿佑飾）等人為了觀賞音樂劇《歌劇魅影》而來到由音樂家響（霧島麗香飾）所經營的歌劇院。佐木（岩崎大昇飾）與美雪（上白石萌歌飾）因為能見到飾演女主角的當紅女演員湖月蕾歐娜（山本舞香飾）而開心不已。
在由相關人員舉辦的招待會中，已離開劇團的冰森（七瀨公飾）意圖接近蕾歐娜，卻被團員三鬼谷（六角慎司飾）激烈拒絕。其他團員泉（石川萌香飾）和城（增田昇太）也對別人要來挖角蕾歐娜一事抱持著異常警戒的態度。綵排終於開始，在舞台導演影島（孔骨桑田飾）的指示下，泉站到了舞台的中央。但就在下個瞬間，掉落的水晶燈讓泉因此喪命！作家白神（戶塚純貴飾）說這是潛伏在歌劇院裡名為魅影的不明人士所為。而魅影之後也出現在劍持警部（澤村一樹飾）和蕾歐娜面前，引發一件又一件悲慘事件。
其實在三年前，這個劇團曾有一位因火災而造成臉部嚴重燒傷，卻仍熱情演出魅影一角的天才演員霧生（谷川雄大飾）。他所遭遇的不幸命運令他被人們稱作魅影。劇團員們害怕這一切都是霧生因忌妒之火而化為魅影所下的毒手。而一在歌劇院的地下迷宮中究竟看到了甚麼？
在多宗疑似是怪人魅影所犯的殺人案接連發生的同時，襲擊湖月蕾歐娜（山本舞香飾）的犯人所戴的面具在劇團員城（增田昇太飾）的房間內尋獲。身負嫌疑的城卻否認，堅稱對此事毫不知情。他為了證明自己的清白，接受白神（戶塚純貴飾）的提議，獨自待在上鎖的劇場內。白神主張這樣城就沒有被襲擊的危險，如果城是魅影，其他人也能安全無虞。
為了確保沒有人能拿走劇場的鑰匙，眾人決定輪流看守放鑰匙的地方。但是一（道枝駿佑飾）、佐木（岩崎大昇飾）和蕾歐娜一起送餐到劇場時，城已被不明人物所殺害。
一因為沒辦法解開完美密室的謎團而心有不甘。當平安生還的劍持警部（澤村一樹飾）再次走在當時被魅影襲擊的「別館之塔」時，他注意到某件事。一賭上爺爺的名聲發誓，一定會揭發殺害三人的真兇和魅影的真面目。
彷彿照著《歌劇魅影》的劇情般所犯下的一連串罪行，難道全都是由被稱作魅影且隱匿行蹤的演員霧生（古川雄大飾）實施的復仇？
為愛瘋狂的殺人魔魅影令人恐懼的真面目將被揭開。
