凶兆先生和他的手下惡童幫綁架了鐳射眼和珍桂爾，而另一邊變種特攻正在異變人學校與千面人戰鬥。隨後，變種特攻來到了凶兆先生的小島，為了解救鐳射眼和珍而和惡童幫展開了戰鬥。
為了古老的獻祭約定、一樁家族宿怨和他的兄弟波比被綁架的事，牌皇被迫回到他南方老家。刺客公會的貝拉當娜利用一場綁架誘使牌皇落入她的魔掌，並迫使牌皇與其完婚。以波比和祭品換來牌皇後，貝拉給了竊賊公會一份假祭品，確保他們會因為激怒X靈姬而全部被毀滅。幸運的是，其他變種特攻跟著牌皇回到了小河；在牌皇的幫助下，他們在約定的時間和地點成功地抗擊了刺客們，揭穿了他們的圈套。
羅剎的養母妖后強迫羅剎追溯自己的過去。羅剎過份強烈的記憶片段使她遠離了變種特攻，轉而投入自己第一個敵人Ms. Marvel的懷抱。由於羅剎吸收了Ms. Marvel的全副意識，其意識一直被困在了羅剎的身體裏。在精神世界中，渴望報復的Ms. Marvel和心懷歉意的羅剎展開對決。珍桂爾使用腦波強化機進入羅剎的思想，試圖將羅剎從痛苦中解救出來。
外星人魔卓綁架了變種特攻，並讓他們出演自己最新的全銀河系大熱電視劇。他們被安排演出一齣角鬥士主題的電視劇，在劇中要和敵人戰鬥直到一方潰敗為止。沒想到遠射背叛了魔卓，釋放了變種特攻。變種特攻摧毀了魔卓的攝影廠，之後他們被送回地球。這時，X教授和磁力王目擊了梭倫在蠻荒之地綁架珊娜。
維護者和阿爾法戰隊俘虜了狼人。他們逼問他的亞德曼合金骨架的箇中奧秘。維護者在狼人身上進行各種測試，但他做得太過火了，讓狼人飽受痛苦折磨。這時，阿爾法戰隊的成員忍無可忍，決定釋放狼人。阿爾法戰隊擊潰了機械人守衞，使渴望復仇的狼人得以戰勝了維護者。之後，狼人收起爪子，警告他曾經的戰友以後不要再找他了。
儘管障礙重重，麥凱醫生（藍獸）還是愛上了他的失明病人卡莉。卡莉的父親曾經是一個激進的異變人仇視者，直到人類之友的暴徒綁架了卡莉。狼人潛入人類之友總部，見到了他們的領袖桂登克里德，並向人類之友透露其實克里德與劍齒虎有血緣關係。
影王通過「附身」在暴風女神年幼的教子麥吉納里身上來引誘她回到吉力馬札羅山的家鄉。羅剎和暴風女神於是一同前往非洲阻止影王。一場短暫的戰鬥之後，麥吉納里引誘影王回到星空界，使影王再次被困在那裏。
終極人形武器——紅色奧米伽被三個想奪回並統治正逐漸瓦解的舊蘇維埃帝國的腐敗將軍喚醒了。鋼力士向變種特攻求助，希望能將他的國家和其岌岌可危的自由從暴政之手解救出來。後來，變種特攻找到了紅色奧米伽並與他搏鬥，可惜無力阻止他。最後，變種特攻在闇星和鋼力士的幫助下設計戰勝了他。他們避免與他正面交戰，反而讓暴風女神用超能力將他凍結。紅色奧米伽重新回到深凍冷藏沉睡狀態，俄羅斯因而得救。
「時空逃亡者」的故事在公元3999年的紐約展開。在這裏，時空正被自身改寫。機堡使用他的時間裝置看到畢夏普從公元2055年來到現今，為了阻止天啟引發的一場瘟疫。而正因為他阻止了病毒被製造出來，保護異變人免受進一步瘟疫威脅的抗體也因此從未能產生。
在登陸蠻荒之地之際，變種特攻的異變人超能力便被凶兆先生的機器抵消了，他們即時被惡童幫和突變人俘虜。狼人成功逃跑，並與當地人卡札爾合作，試圖擊敗凶兆先生並解救其他變種特攻和卡札爾的摯愛珊娜。
正當珍桂爾和鐳射眼打算結為連理時，凶兆先生利用被洗腦的千面人來設置了陷阱，將變種特攻一個接一個地摧毀。與此同時，桂登克里德開始了消滅所有異變人的行動。
為了阻止畢夏普並同時拯救自己的未來世界，機堡穿越時空來到現今。與畢夏普和變種特攻交戰後，他逃跑了。當他查看變種特攻的傳記時，發現可以利用狼人的自癒能力來製造抗體以挽救自己的未來。因此在狼人的幫助下，機堡成功拯救了自己和畢夏普的時空。
凶兆先生虜獲了X教授和磁力王作為誘餌，引誘其他變種特攻來到他位於蠻荒之地的堡壘。凶兆先生計劃虜獲全隊變種特攻後，可以利用他們的基因材料來更新磁力王那一夥低等的「突變人」，替他自己打造一支勢不可擋的異變人大軍。
