一名士兵一動不動地躺在傾盆大雨中。在他身邊，是那個從謎之巨人的蒸汽中爬出的男人。
米卡莎是否真的想要救他？艾倫到底為何而戰？巨人的衝突震動了腳下的大地。為了抵禦瑪雷人的突襲，人們紛紛拿起武器奔向戰場。
獸之巨人與始祖巨人，人們圍繞掌握著關鍵的這兩大巨人展開了激烈的紛爭。在交織的情感與記憶中，兩兄弟向著更大的目標邁進。
弟弟拒絕了哥哥，但哥哥不會拋棄弟弟。他一心想要救下弟弟。在旅程的終點，艾倫和薛克得知了關於那一天，以及他們的父親古利夏的真相。
這個關於反抗、鬥爭與不斷前進的故事已經延續了兩千年。究竟是誰開啟了這個故事？面對徘徊了千年的尤米爾，艾倫說：「你等待了兩千年之久。你一直在等待著某個人吧。」
地面轟鳴，塵土飛揚。巨人們邁向了遠方。島上的城牆不復存在，再也沒人能阻止艾倫將所有生命從這世界上抹去。
在一片混亂之中，曾經亦敵亦友的人蘇醒過來。停滯的時間恢復流逝，一切都已改變。在那一刻，他們會做出怎樣的選擇？
巨人大軍出動。再過不久，對此一無所知的平民們就將死在他們腳下。戰士與士兵們會茫然駐足，還是奮起反抗？森林中的兩名士兵下定了決心。
曾經，在戰火的另一側是我們的敵人。我們曾彼此憎恨，彼此蔑視，互相廝殺。如今，在篝火的另一側，是抱持著不同正義觀念的人。
為拯救世界，必須阻止艾倫。已下定決心的他們，卻被曾經的夥伴擋住了去路。他們懷著不讓任何人死去的覺悟展開了戰鬥。
猶豫就會死亡。瞄準目標、扣下扳機。背叛的背後，是世界的救贖。
那一天所看到的、談論的、選擇的，正是他期盼的一切。
人類與巨人之間的壯烈戰鬥不知持續了多少個年頭。在艾倫·耶格抵達的大海彼岸，也進行著一場曠日持久的戰爭。他們是誰？他們為何而戰？現在，一位被選中繼承巨人之力的少年士兵正奔赴前線，接受死亡的考驗。
瑪雷帝國與中東聯合國為期四年的戰爭以瑪雷的勝利告終。然而瑪雷的兩名巨人險些在戰鬥中喪命，這標誌著巨人之力橫掃一切的時代已經結束。隨著各國的飛行技術不斷發展，巨人的軍事作用將會變得無足輕重，瑪雷戰敗的一天終會到來。為了彌補與其他各國之間的差距，薛克·耶格向軍方高層提出了一條建議。
萊納·布朗回到家鄉與母親團聚。當晚，他回想起了年少時作為戰士候補生的時光。萊納繼承了母親的艾爾迪亞血統，從小以艾爾迪亞人的身份生活。他的夢想是與母親一起成為榮譽瑪雷人，並與離開他們的瑪雷人父親一起生活。他相信只要繼承了巨人之力，成為拯救世界的英雄，他的夢想就一定能實現…
戰士候補生之一的法爾可為了保護暗戀的女生賈碧，必須繼承鎧之巨人。然而他與賈碧之間成績的差距卻越來越大。這時候，悶悶不樂的法爾可突然被一個男人叫住。這個名叫古格的男人參與了攻佔斯拉巴要塞的戰鬥，並乘坐暗夜列車回到雷貝利歐。法爾可對假裝患心理創傷而留在醫院，以此逃避家人的古格產生了信任。他幫助古格寄出了一封信，一封寄給古格「家人」的信。
萊納跟隨法爾可來到了某棟建築的地下室。在裡面等待著他的那個人的面孔讓他大驚失色。
與此同時，備受世界矚目的威利·戴巴的演說開始了。威利說出了全部真相。他講述了巨人的歷史，從始祖尤米爾出現至今發生的一切。他還提到了艾倫·耶格，這個打破了移居帕拉迪島的第145代國王卡爾·費茲許下的不戰之誓的男人，正是威脅著全世界的惡魔。
正如威利·戴巴所料，這場「盛典」很快就在敵軍的突襲中淪為一場悲劇。從威利·戴巴開始，雷貝利歐收容區的艾爾迪亞人一個個慘死在艾倫的巨人手中。世界各國的領導者親眼見證了「世界的敵人」艾倫耶格的恐怖。威利犧牲自己的誘餌行動取得了成功。廣場變成了一座人間地獄：磚石飛濺，人們四散逃命，死傷慘重。隨著一束電流穿過一片狼藉的廣場，新的巨人出現了。
法爾可一邊看著身經百戰的艾倫熟練地操縱巨人展現壓倒性的力量，一邊試圖拯救萊納。然而為了保護法爾可而變身巨人的萊納此時失去了意識，一動不動。再次見到艾倫後，萊納強烈的求生意志不復存在。在城裡，瑪雷的軍人們正在與使用立體機動裝置的調查兵團展開激戰。面對著上下翻飛、閃轉騰挪的調查兵團，戰士們挺身對抗。這場戰鬥會有怎樣的結果？
死意已決的他，耳中卻又響起了某人的呼喚。萊納的心臟被法爾可的呼喊喚醒，鎧之巨人在雷貝利歐現身。在艾倫的攻擊之下，鎧之巨人成功救下了顎之巨人。
儘管如此，艾倫依然臨危不亂。判斷自己的體力已經無法維持巨人形態後，艾倫與米卡莎一起撤退。然而並不是每個人都能保持冷靜。得知調查兵團撤退後，賈碧的怒火依然無法平息。她帶著槍衝了出去…
也許這並不是唯一的道路…雷貝利歐收容區的戰鬥結束後，阿爾敏心中五味雜陳。三年前，伊雷娜和歐良果彭等反瑪雷義勇兵前往帕拉迪島，代表薛克·耶格提出了他的要求。儘管起初摩擦不斷，在共同經歷了一系列事件後，調查兵團與瑪雷囚徒們最終對彼此敞開了心扉。這些身份懸殊的人們和諧相處的景象也許證明了人類終究是可以互相理解的。
調查兵團與反瑪雷義勇兵達成合作後，一位自稱奇優宓·亞茲瑪位元的特使乘船抵達港口。她來自希茲爾國，帕拉迪島唯一的友邦。亞茲瑪位元家族的祖先是希茲爾國的將軍，他們在一百多年前與費茲王交好，米卡莎也是該家族的後人。奇優宓受邀進入兵團的總部。在那裡，她吐露了瑪雷王國的薛克託付給她的「秘密對策」。
被囚禁在軍事監獄中的賈碧和法爾可，在賈碧設計殺害獄卒後成功逃脫。然而，薛克的背叛動搖了二人的信念，兩人之間爆發了爭吵。
居住在帕拉迪島的少女卡亞向兩人伸出了援手。在賈碧的瑪雷人身份曝光後，她要求卡亞為艾爾迪亞人上千年來的暴行懺悔…
被艾倫和調查兵團俘獲後進入硬質化狀態的安妮，如今被關押在軍方總部的地牢中。阿爾敏前去探視安妮，想起了許多事。與此同時，正如皮克西斯所料，伊雷娜瞞著軍方密會艾倫。如果軍方繼續拖延執行薛克計劃的日期，通過「秘密對策」拯救艾爾迪亞人的宏願就不可能實現。伊雷娜與艾倫都察覺到了迫在眉睫的危機，這也正是艾倫襲擊雷貝利歐收容區的原因。
四年前，拉加哥村的村民們因吸入氣體武器中摻雜著薛克脊髓液的氣體，紛紛化作無垢巨人。聽到薛克的坦白後，剛剛得知澤古歷總統死訊的里維怒不可遏。
與此同時，賈碧與法爾可來到了瑪雷廚師尼柯洛工作的餐廳。尼柯洛正在招待布勞斯一家，他們的女兒莎夏剛剛在雷貝利歐襲擊中去世。為了回到瑪雷，賈碧與法爾可在酒窖中密會尼柯洛。聽說他們是瑪雷的戰士候補生，尼柯洛推測他們就是殺害莎夏的兇手。憤怒的尼柯洛將二人扔到布勞斯一家面前。
艾倫冷冷凝視著阿爾敏和米卡莎說道：「我想和你們談談」。
在餐廳裡，阿爾敏和米卡莎與艾倫相對而坐。阿爾敏質問他為何擅自襲擊雷貝利歐收容區。艾倫聲稱他的行動完全基於他的自由意志。他責備阿爾敏被貝爾托特的記憶操控，還說米卡莎作為只會奉命保護主人的阿加曼一族的後代，只是一個「奴隸」。
薛克還是戰士候補生時，他的父親古利夏與母親戴娜都是狂熱的艾爾迪亞復權派。他們想用薛克作為秘密武器，實現復權大業。然而薛克並無法回應父母扭曲的期望。看到薛克在訓練中遠遠落後於其他候補生後，父母放棄了他。
拯救薛克的是曾經的獸之巨人繼承者庫沙瓦。薛克在與庫沙瓦的交談中得到了慰藉。
只剩下上半身的薛克滾到了草地上。瀕死之際，他的意識逐漸沉入黑暗之中。在黑暗中，薛克看到一個提著木桶的女孩。就在那一刻，一個巨人從森林中出現，將薛克放入腹中…
與此同時，阿爾敏、米卡莎、莊等人淪為了階下囚。艾倫是否失去了理智？就在他們提出心中的疑惑時，伊雷娜出現在他們面前，揭示了薛克真正的計劃——秘密對策。
艾連在瑪雷潛入作戰後與同父異母的哥哥吉克接觸，終於喚醒"始祖巨人"的力量。藉由自身擁有的"進擊的巨人"的力量而能片段式地觀測未來的他，在經過漫長苦惱與糾結後，做出發動"地鳴"毀滅帕拉迪島以外的世界的抉擇。城牆的巨人們依靠艾連的力量開始行軍，將所到之處踏平、燒毀、奪去無數生命。同一時刻，漢吉等人甩開葉卡派的妨礙，搶在地鳴抵達之前走海路前進。在汪洋上的短暫寧靜片刻中，阿爾敏與亞妮交談，並重新審視自己至今的作為。
漢吉一行人搶在地鳴抵達之前走海路前進，在港都歐迪哈獲得一艘飛船。但繼承"女巨人"的亞妮因為找不到參加這場大戰的意義而拒絕同行。一行人目送脫離戰線的亞妮帶著法爾可和賈碧乘船離開，在正要搭為決戰加緊整備的飛船前往前線時，遭受葉卡派的殘黨弗洛克捨身攻擊以槍打穿燃料箱，對船體造成致命性的打擊。漢吉領悟到「這就是自己犧牲的時刻」，把調查軍團團長的權限交給阿爾敏，隻身衝入成群來襲的超大型巨人中，為大家爭取修理飛船的時間。
一行人付出重大的犧牲仍駕著飛艇駛離歐迪哈港，前往位於地鳴前進路線上的史拉托亞要塞。當他們討論著阻止艾連的作戰計畫時，有人提出了意見，說會不會艾連之所以不用始祖巨人的力量剝奪他們運用巨人之力的能力，是因為希望有人阻止他。就在這時，眾人被艾連呼喚到"座標"。儘管阿爾敏和米卡莎強烈表達希望能以溝通解決，艾連卻斷言「想阻止地鳴就殺了我」。而他也像是要對眾人誇示力量般似地，眨眼間便使史拉托亞要塞派出的飛艇部隊全數墜毀。
依靠歐良果彭駕駛的飛船好不容易抵達史拉托亞要塞的帕拉迪島勢力一行人紛紛縱身戰場之中。雖然對目標的野獸巨人展開攻擊，但一直找不到最重要的吉克本體而無法達成討伐。戰況膠著之際，艾連使用“始祖之力”喚醒歷代九大巨人對一行人發動奇襲，阿爾敏被逮著破綻而被巨人綁走，使得剩下的帕拉迪島勢力逐漸被逼入絕境。
萊納和皮克持續對抗由戰槌巨人和顎之巨人組成的敵陣，約翰則在兩人的掩護下尋找以炸彈炸掉艾連後頸的機會。另一方面，法爾可他們追蹤抓走阿爾敏的長得像"㺢㹢狓的巨人"，但米卡莎卻被前仆後繼的九大巨人們包抄陷入險境。阿爾敏察覺同伴陷入危機，為了在無法控制身體的狀況下尋找自己還能做些什麼，嘗試介入"道路"與吉克對話。他對吉克說到自己與艾連、米卡莎微不足道的懷念回憶，令吉克放棄一切的心態漸漸出現改變……。
阿爾敏在歷代的"繼承者"們助陣帕拉迪島勢力的情況下終於平安歸來。自己現身的吉克被里維砍下頭顱後，終於停下了蹂躪世界的地鳴。然而阿爾敏狠下心發動超大型巨人的爆炸也沒能炸死主謀的艾連，取而代之地是作為地鳴中心點的"末日巨人"的殘骸中冒出長得像蜈蚣一般的巨大生物。阿爾敏和米卡莎為了為這無盡的慘劇劃下句點，趕往艾連身邊。
35. 第94話【朝向山丘上的大樹而去】
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覆滅全世界八成人口的"天與地之戰"拉下帷幕，巨人之力從這世上消失無蹤。阿爾敏這才回想起艾連親口告訴他關於一直囚禁著始祖尤米爾的束縛、能將始祖從痛苦中解放的人類是米卡莎──以及自己隱瞞對米卡莎至今的心意。於是他將跟艾連再會的約定暗藏心中，為了將被遺留下的這個世界導向和平而不斷前進。
