本尼迪特天才秘社成员受本尼迪特先生的公寓邀约后重聚。本尼迪特先生邀请他们去国外来一场寻宝游戏。但本尼迪特和二号却在欧洲失踪了。孩子们违抗了大人的命令，偷偷逃了出来。本尼迪特和二号被柯尔顿博士绑架了。在柯尔顿上一次在“紧急情况”差点摧毁世界后，他又卷土重来，推行他的新技术——幸福革命。而幸福革命其实就是通过在人脑内制造伪造幸福感而操控人的方法。柯尔顿博士和他的幸福教徒们住在意大利郊区的一个大院里，并计划要将该方法推广全世界。孩子们通过本尼迪特留下的能找到他们所在地的线索偷渡上船，穿越海洋来到欧洲。与此同时，孩子们也被两组人追踪着。一组是秘社的大人们（朗达、米利根和佩鲁马尔老师），另一组是目的不纯的水球运动员们。勇敢的本尼迪特天才秘社探索着欧洲，对眼前的神秘线索抽丝剥茧，一面躲避着接连而来的敌人带来的意想不到的危险。当大家终于在柯尔顿大院团聚时，他们发现柯尔顿的幸福革命会引起意想不到的副作用。秘社想到了迅速逃脱的办法，并逃到了一处安全的场所，准备最后攻击。他们必须找到办法消除柯尔顿的方法带来的伤害，但却没来得及救他们的一名成员。
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在被稱為天才兒童神秘學會的天才孤兒們成功結束了被稱為緊急情況的全球恐慌幾個月後，居廷博士不知何故讓世界相信他是結束這場恐慌的人，他已經開始了一項新的任務……傳播快樂。當然，班尼迪先生和成員們知道居廷的新快樂宣言不可信，但他的警告卻被忽視了。為了繼續前進，班尼迪先生邀請孩子們參加尋寶遊戲，從而在國外重聚。他和二號一直為此在整個歐洲埋下線索，但當他們錯過了兩次安全報備電話時——他們機警地發現兩人確定已失踪了。 雷尼、漿糊、康詩妲絲和凱特想利用自己的技能幫忙找到兩人，可是被告知這太危險了。他們關心班尼迪先生也對自己的能力充滿信心，所以決定自己動手，秘密地開始尋寶遊戲，利用這些線索來找到班尼迪先生和二號可能到過哪裡。他們解決了前兩條線索，這些線索指向了登上目前停靠在港口，叫做捷徑號的這艘船。雖然他們不願違抗大人的命令，但決心提供幫助，他們偷偷溜出屋子，朝船前去。朗達、密里根和佩魯馬爾女士一發現孩子們走了就趕往港口，但發現他們錯過了孩子們。捷徑號出海了，孩子們在船上，身旁沒有大人。另一邊，班尼迪和二號在廣闊山谷中央的湖旁邊，坐在一張大桌邊緊張地等待著。雖然他們被綁架不過沒有受到傷害。當他們猜測他們的俘虜可能是誰時，一輛小車開向他們……那正是臭名昭彰的居廷博士。
潛入船上後，雷尼、漿糊、凱特和康詩妲絲試圖融入其中，同時尋找下一個線索。船上其中一名軍官的觀察力很敏銳，他因為不想被上級懲罰而拒絕幫助孩子們尋找班尼迪先生和二號。當居廷抵達後，班尼迪先生和二號立即處於守勢，他們想知道為什麼居廷要綁架他們。他說他們應該將其視為一個機會，而不是綁架，並讓他的手下積遜和姿辰來帶他們參觀基地。這裡有一群來自世界各地的令人毛骨悚然的信徒沉浸在居廷的哲學中。兩人驚慌失措，決定盡快逃跑。在尋找出口的同時，他們發現整座基地似乎圍繞了電圍欄。班尼迪先生衝進居廷的辦公室，要求得到答案。居廷改變了他的節奏並使用手勢，他慢慢地對班尼迪說話，班尼迪意識到他正在使用這些神經學技術在大腦中創造一種人為的快樂。回到石頭鎮，朗達、密里根和佩魯馬爾登上飛艇前往里斯本，這應該讓他們比孩子們早幾個小時到達那裡。密里根打包的行李，根本是一個小家庭的容量，他對凱特的擔心以奇怪的方式表現出來。在飛機上，他和佩魯馬爾在一場黑暗的風暴來臨之際討論起養育孩子的困難。雷尼、漿糊、凱特和康詩妲絲在等待他們的空房間的同時去找了東西吃，凱特發現了四個穿著打水球球衣的女人 - 雖然孩子們不知情，不過這四個女人就像跟著他們上船的人一樣。作為這項運動的粉絲，凱特問了他們幾個問題，可是他們感覺很奇怪。趁著機會，孩子們回到他們的客房破解線索，推斷他們的下一個線索將在里斯本的聖阿波隆尼亞火車站。不過，他們的勝利可能不會持續太久，因為這群水球運動員正沿著走廊偷偷溜到他們的房間……
孩子們透過一個非常危險的計劃成功脫逃，雖然差點被冒牌的水球運動員抓住。他們現在適應了自己真實的本性，他們更有理由遠離視線，但康詩妲絲被船艙裡船員經營的臨時賭場所吸引。意識到他們需要更多的錢來繼續他們的旅行，他們決定擲骰子。 康詩妲絲、凱特和漿糊大獲全勝，但當雷尼得知他們作弊時，他說服他們還錢。出乎意料的是，他們的誠實得到了回報。回到基地，積遜和姿辰發現了其中一名侍從，他正站在樹林中央，就像被凍住了一樣。積遜和姿辰上前關心，可是他只是面無表情地微笑著，完全沒有反應。在他們的住處裡，二號急中生智了一個更複雜的逃生計劃，但班尼迪先生想知道他是否可以通過與居廷共度時光來說服居廷他的罪行。不過二號覺得班尼迪先生太天真了，所以便將注意力集中在偵察上，而班尼迪則參加了居廷其中一場錄音室的現場錄音。居廷使用他的神經學技術對著鏡頭說話，班尼迪就坐在後面，等到結束後班尼迪似乎覺得異常地......快樂。隨著暴風雨的繼續，朗達、密里根和佩魯馬爾試圖保持冷靜，但艘船無法與狂風相匹敵，不得不緊急降落，要比孩子們早到里斯本的代價太大了。等孩子們一離開賭場，就被水球運動員逼得走投無路。就在他們即將展開對峙時，那位警官前來打斷，趕跑那群水球運動員。不過他有自己追踪孩子們的理由——他知道他們是偷渡者。然而，孩子們與船長交談後，他們答應會修理船的引擎問題以獲釋。孩子們剛走出里斯本的入境區，還正在為他們的足智多謀感到自豪，一發現居廷的安全負責人謝菲斯就來找他們時，安心感馬上就消失了。
就在謝菲斯追上他們之前，他們搶到一輛的士，孩子們一邊處理眼前的事情，一邊猜測居廷派了好幾組手下在追捕他們。他們到達火車站，暫時甩開了追捕者，但在尋找下一條線索的時候，康詩妲絲突然對班尼迪先生產生了一種很不好的預感，孩子們需要盡快找到他。班尼迪先生會不由自主的露出笑容，他很興奮地滔滔不絕地向居廷講述這一項科學的突破是多麼不可思議。居廷似乎被班尼迪的讚美所感動，因為他渴望得到班尼迪先生的認可。現在居廷需要班尼迪的幫助，去說服二號也相信他的方法是多麼美妙。在基地的其他地方，積遜和姿辰讓居廷的副手看了這些進入“冰凍狀態”的人——這已經是他們發現第三個處於這種怪異狀態的人了。因為不想給居廷帶來壞消息，他們淡化了這個問題，並去找了醫生。孩子們用了一點反向心理學，知道他們下一步要怎麼做了。只是他們還沒時間開心，就被居廷的爪牙找上了。孩子們在擁擠的車站散開甩開了他們，確保沒人看見他們上了火車，然而孩子們隨後注意到水球運動員回來了，而且也在火車上。奇怪的是，他們經過居廷的爪牙卻沒有任何反應，這表示他們可能不是為居廷工作的。不管他們是什麼來頭，他們現在都是和四個最年輕的天才兒童神秘學會成員在同一列火車上。因為孩子們無處可逃，所以他們輪流守夜，才能隨時準備好在他們試圖進攻時吹哨。但是就在輪到漿糊守夜的時候，他不小心睡著了……等他們醒來後發現，康詩妲絲不見了。
在意識到康詩妲絲失踪後，漿糊、雷尼和凱特立即在法國的一處農村下車。凱特向一位舊朋友求助：瑪天娜高爾，她目前正在歐洲打半職業繩球，他們一起出發去尋找康詩妲絲所在位置的線索。跟隨孩子們的足跡前往德國的布格堡後，朗達離開密里根和佩魯馬爾繼續前行，同時她獨自繞道追查班尼迪先生和二號被帶到哪裡的線索。二號面對居廷博士，擔心他已經改變了班尼迪先生，而居廷博士則對她不利。當居廷宣布他將派遣大使將這項技術傳播到世界各地時，二號更不安了。康詩妲絲發現水球隊實際上是為加利遜博士工作，而不是為居廷博士工作。加利遜博士痴迷於上一季耳語者的失敗，決心利用康詩妲絲的力量找到失敗的根源。當居廷博士使用他的年輕信徒展示他的方法時，積遜、姿辰和居廷的副手召集了一名醫生來調查居廷博士方法的相關副作用，然而結果令人不安。朗達拜訪了一位化學家，她懷疑該化學家向居廷出售了一種化合物，並收到了一個她認為是居廷所在地的法國地址。加利遜博士對康詩妲絲的測試沒有按計劃進行，因為康詩妲絲讓她情緒崩潰。二號懷疑班尼迪先生的動機並且擔心他被居廷博士洗腦了。孩子們終於在加利遜博士的藏身處找到了康詩妲絲，但很快就被發現了。加利遜博士威脅要對孩子們洗腦，因為他們又再一次干擾她的計劃。
就在水球隊準備讓孩子們用洗腦機器時，朗達到了。按照上一集中提供的地址，並迅速派出了他們。不久之後，密里根和佩魯馬爾緊隨其後，他們很快意識到他們被一群居廷博士的手下跟踪到了加利遜博士的藏身處。加利遜博士告訴他們居廷博士住所的位置，以換取釋放。為了避免被捕，天才兒童神秘學會分成小組逃跑，但佩魯馬爾被抓住了。班尼迪先生中斷了與居廷博士的訓練，試圖收集信息，但沒有成功。回到他們的小屋，二號告誡班尼迪，並想出了另一個計劃——在居廷博士的茶中加入鎮靜劑，這樣他們就可以偷走他的衣服，讓班尼迪假扮成居廷，然後在不被注意的情況下逃脫。與此同時，朗達、雷尼、密里根、凱特和瑪天娜前往基地，但漿糊和康詩妲絲意外繞道去了小鎮的一家旅館，一起坐卡車兜風逃走了。 積遜和姿辰提醒居廷博士他的方法對追隨者會有副作用（他的副手也是受害者之一），但居廷拒絕接受他是造成這種情況的始作俑者，並按計劃繼續他的工作。天才兒童神秘學會的成員在基地相聚，計劃他們的救援任務，瑪天娜當臥底收集信息。在旅館裡，康詩妲絲在電視上找到了居廷博士的特別節目，並專心地觀看。
班尼迪先生開始進行他和二號的計劃，使居廷博士失去行動能力，以便班尼迪可以假裝成居廷，但班尼迪在最後一刻退出計劃行動了。 雷尼、凱特、密里根和朗達進行監視，孩子們假裝退縮，而大人則潛入，可是凱特促使雷尼採取行動拯救漿糊和康詩妲絲。居廷博士會見了漿糊和康詩妲絲，並意識到康詩妲絲受到了居廷的電視節目的影響。朗達和密里根潛入基地，找到班尼迪和一個異常快樂的二號，後者在上一集的結尾被人操縱。與此同時，凱特和雷尼在他們自己的小屋裡找到了漿糊和康詩妲絲。他們偽裝成信徒，開始尋找大人並逃跑。居廷博士主持慶祝活動，宣布他的追尋快樂革命在全球範圍內擴張。孩子們找到了大人，卻發現他們都被洗腦了，人為的快樂，就像康斯坦斯一樣，所以他們齊心協力想辦法消除傷害。他們參考凱特偷走的加利遜博士的日記，設計了一項裝置。等一切準備就緒，他們就會在居廷的接待處小心地對天才兒童神秘學會成員使用這項裝置來消除損壞。但就在班尼迪能夠使用它之前及在康詩妲絲完全看到它之前，積遜和姿辰干擾並破壞了該裝置。所有人都覺得是時候離開了，但在他們離開之前，孩子們決定最終讓居廷博士失去行動能力並將他們帶走，因為他們擔心他的組織變得太大而無法控制。天才神秘天才兒童神秘學會帶著熟睡的居廷博士乘坐洗衣車逃離了基地。
逃離居廷博士的住所後，天才神秘天才兒童神秘學會加上沒有意識的居廷博士抵達他們的下一個目的地，二號在盧森堡農村的大宅院，在這裡休息並整裝待發。二號與她的母親露雲娜以及兄弟姐妹阿一和莎樂蒂重聚，而天才兒童神秘學會則加強了防禦，以抵禦潛在的攻擊。 雷尼、漿糊和凱特試圖重建裝置以治療班尼迪先生和康詩妲絲，然而當他們聽說附近村莊有居廷的手下時就只能停工了——他們沒時間了！班尼迪先生試著拜託居廷博士承認他的技術為世界造成的損害，但居廷博士堅持不肯承認。然後，班尼迪陷入冰凍狀態，昏迷不醒了。這最後一根稻草壓垮了居廷，他承認他錯了而且他是愛班尼迪的。班尼迪突然醒過來 - 他騙居廷讓他了解自己做錯了。積遜、姿辰和謝菲斯抵達二號的家，準備出擊。天才兒童神秘學會和二號的家人準備戰鬥，但居廷博士介入。他召集他的追隨者並把他們送回家。他將不再推動他的追尋快樂革命，而是鼓勵他們找到自己的道路。但積遜和姿辰堅持認為他的哲學將繼續存在。回到家裡，孩子們意識到他們為時已晚：裝置的維修工作尚未完成，康詩妲絲現在陷入冷凍狀態。居廷博士幫助班尼迪先生嘗試治愈她，但沒有成功。他們帶著孩子們試圖與她溝通，最後竟然成功了——一種令人驚訝的方法。五星期後，天才兒童神秘學會恢復了正常生活，但當居廷博士給班尼迪先生一些意想不到的消息，又是一個危險的冒險預告……
