本尼迪特天才秘社成员受本尼迪特先生的公寓邀约后重聚。本尼迪特先生邀请他们去国外来一场寻宝游戏。但本尼迪特和二号却在欧洲失踪了。孩子们违抗了大人的命令，偷偷逃了出来。本尼迪特和二号被柯尔顿博士绑架了。在柯尔顿上一次在“紧急情况”差点摧毁世界后，他又卷土重来，推行他的新技术——幸福革命。而幸福革命其实就是通过在人脑内制造伪造幸福感而操控人的方法。柯尔顿博士和他的幸福教徒们住在意大利郊区的一个大院里，并计划要将该方法推广全世界。孩子们通过本尼迪特留下的能找到他们所在地的线索偷渡上船，穿越海洋来到欧洲。与此同时，孩子们也被两组人追踪着。一组是秘社的大人们（朗达、米利根和佩鲁马尔老师），另一组是目的不纯的水球运动员们。勇敢的本尼迪特天才秘社探索着欧洲，对眼前的神秘线索抽丝剥茧，一面躲避着接连而来的敌人带来的意想不到的危险。当大家终于在柯尔顿大院团聚时，他们发现柯尔顿的幸福革命会引起意想不到的副作用。秘社想到了迅速逃脱的办法，并逃到了一处安全的场所，准备最后攻击。他们必须找到办法消除柯尔顿的方法带来的伤害，但却没来得及救他们的一名成员。
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試播介紹了「緊急狀態」——在現實中由於媒體充滿了壞消息，大眾生活在高度焦慮的狀態中。似乎唯有尋求真相的孩子才能對末日信息免疫。像雷尼穆爾頓這樣有同情心的孩子，住在石頭鎮的孤兒院裡。雷尼唯一的朋友是他善良的導師佩魯馬爾小姐，她鼓勵他參加一個測試，勝出就會得到他夢寐以求的船匠學院的全額獎學金。雷尼接受了一個名叫二號的怪女人組織的一系列怪異測試，並與另外兩個孤兒：馬戲團表演者凱特韋瑟羅和問答節目冠軍漿糊華盛頓，一起進入決賽。一個名叫密里根的怪人對自己的生活毫無記憶，他護送孩子們去見才華橫溢、嗜睡而神秘的班尼迪先生和他的另一位同事朗達，一個偽裝的情婦。班尼迪先生透露，船匠學院的大獎是一個詭計，幾位孩子包括第四個隊友——令人討厭的康詩妲絲康堤爾都被選中，因為這些孤兒是特殊的，世界需要他們來阻止「緊急狀態」，而這個緊急狀態是假的，是由一個人策劃的，他的最終計劃是給全人類洗腦。就在孩子們生平第一次感到自己被需要的感覺而沖昏頭腦時，入侵者觸發了緊急訊號燈和警報器。
擊敗入侵者後，班尼迪先生告訴隊員們緊急狀態的信息是從一所名為「教育學院」 的兒童學校發出的，該學校位於石頭鎮對面的一個島上。孩子們的任務是潛入教育學院，他們的第一個任務是找出緊急狀態幕後黑手的身份。當孩子們考慮是否開始秘密行動時，他們意識到自己被給予了組建家庭的機會——這是他們從來沒有經歷過的事情。他們接受了這項任務，並被賦予了新的身份。在參觀學校時，康詩妲絲除外的所有孩子都對研究所的奇怪規則感到困惑，這些規則似乎是相互矛盾的。(例如，只要是在睡覺時間，你可以隨時上床睡覺。)在迎新日期間，孩子們見到了學校的校長。和班尼迪先生生長得一模一樣的居廷博士。
孩子們發現班尼迪先生的二重身——居廷博士掌管著教育學院，他們推斷這兩個人一定是雙胞胎。孩子們用摩爾斯電碼向班尼迪先生發送了一條關於居廷博士的訊息。凱特和康詩妲絲對同房感到不快，而漿糊和雷尼則像兄弟一樣相處。當班尼迪先生為他失散多年的雙胞胎是他的剋星這一事實而苦惱時，孩子們發現有一群與居廷博士密切合作的特殊學生被稱為傳訊人。為了成為傳訊人，他們需要在課程中取得高分，這很難，因為凱特沒有學習天賦，而康斯坦絲則拒絕嘗試。更糟糕的是，成績不好的孩子會被學校開除，而團隊需要保持完整，以便解決緊急狀態。當班尼迪先生堅持認為凱特和康斯坦絲必須作弊以防止被開除時，他們的問題就更嚴重了。同時，我們發現幕後黑手創造了一台機器，負責通過電波將潛意識信息直接輸入公眾的大腦。
孩子們花了很多心思來監視居廷博士。他們試圖尋班尼迪先生的幫助，但他們在偷走出去給班尼迪先生發送摩爾斯電碼的時候差點被抓住。漿糊和雷尼在學校裡表現出色，引起了居廷博士的注意，成為了傳訊人。另一方面，凱特和康詩妲絲的學術成績仍然很差。當雷尼提出要幫助康詩妲絲時，她突然投入其中，並在獲得優秀成績時震驚了所有人。當漿糊被抓到作弊時，他被送到一個叫 "等候室 "的地方，這是一個加強版的 "暫停"。由於無法說謊，漿糊向居廷博士坦白了他的行為，但他拒絕告發凱特。他的忠誠和優秀學術成績給居廷博士留下了深刻印象，居廷博士允許漿糊繼續留在學校。凱特沒有通過考試，將被踢出學校，但當瑪天娜（學校的惡霸）爭取擁有運動天賦的凱特留在學校，讓她加入瑪天娜的繩球隊時，她被瑪天娜救了。同時，"二號 "抓到了有行動主義思想的朗達，她偷偷離開營地進入石頭鎮，以便畫出反對緊急狀態的信息。班尼迪先生和密里根監視居廷博士，發現了島下的一條秘密通道。
由於他們用摩斯密碼通訊的方式受到阻礙，二號獲得了一隻獵鷹來向孩子們傳遞訊息，但試行並不成功，因為獵鷹是極難訓練的。瑪天娜嚴格的繩球時間表開始削減凱特的間諜時間。雷尼和漿糊被叫去當傳訊人，並被 「耳語者」（用於發送居廷博士的潛意識信息的發射器）的力量所迷住。習慣於獨自工作的凱特開始與康詩妲絲建立聯繫，因為她們要解密一條信息，打開一條通往地下實驗室的秘密通道。他們觀察到一位科學家加利遜用一個消除記憶裝置消除了一個人的記憶。居廷博士不僅打算對人們進行洗腦，還打算消除他們的記憶。居廷博士命令加利遜為他的陰謀的最後一步做一個試行，這個用於控制和消除思想的陰謀被稱為「大改進」。佩魯馬爾女士出現在本尼迪克特先生的營地，尋找雷尼。她對班尼迪先生將雷尼置於危險境地感到憤怒，促使他決定立即將孩子們從教育學院救出來。
在貫穿全集的回憶中，我們了解到班尼迪和居廷童年的真實故事。雷尼假意結識了SQ（居廷的兒子），儘管這損害了雷尼的誠信，但他利用SQ進入了一個禁忌森林，那裡的樹梢上被放置了天線。(這些天線將向全球發送改變心智的信號。)漿糊開始被 "耳語者 "機器所誘惑，他對 "緊急狀態"的奇怪放鬆行為使大家認為漿糊的心智被控制了。凱特偷了瑪天娜的卡，進入了一個秘密實驗室。大改進（精神控制行動）的試行開始了，康詩妲絲能夠聽到信息。她偷偷地登上了前往石頭鎮的渡船，在那裡她觀察到了居廷的試行對居民的影響。密里根在營救孩子的航程中遇到了船難。
凱特帶著瑪天娜的卡潛入居廷的實驗室，在為躲避被抓而幾乎溺水後被密里根救起。當密里根轉達班尼迪的信息說環境已經變得太危險時，孩子們考慮離開。佩魯馬爾小姐回到營地，在目睹了大改進計劃在石頭鎮的試行後，宣布支持班尼迪的任務。SQ知道了雷尼的真實身份，並意識到雷尼一直在利用他，以揭開他父親的秘密。SQ威脅說要把雷尼交給居廷。漿糊繼續被居廷引誘，直到他觀察到耳語者對康詩妲絲的危險影響，並衝破他的魔咒去救她。在將瑪天娜與凱特偷來的卡聯繫在一起後，居廷錯誤地認為瑪天娜是個間諜，並派人去抓她。瑪天娜以為凱特是她的朋友，她請求凱特幫助她溜出島。居廷發現他的孿生兄弟班尼迪是一直試圖阻止緊急狀態的人。
孩子們制定了一個消滅耳語者的計劃，其中包括將所有孩子置於危險之中。凱特和康詩妲絲必須爬上塔樓。儘管非常容易受到精神控制，但漿糊將重新進入耳語者。雷尼必須與居廷對峙，試圖為他們爭取時間。就在計劃開始前，瑪天娜發現凱特是個間諜，並把她變成了居廷，但凱特被康詩妲絲救了。班尼迪、朗達和二號潛入島上，進入森林中的秘密隧道。當密里根幫助她從居廷的手下逃脫時，凱特在一個激動人心的時刻意識到他是她的父親。康詩妲絲是在一場意志力的較量中最終摧毀了耳語者的人。班尼迪在與幕後黑手對峙後暈倒，幕後黑手逃脫。班尼迪邀請隊員們一起住在大宅里。凱特和密里根回憶起往事，對女兒的記憶湧上心頭。佩魯馬爾女士收養了雷尼，漿糊要求參加真正的船匠學院。一切似乎都很順利，直到居廷、加利遜和SQ乘坐蒸汽船離開時，新的耳語者的草圖成為了伏筆。
