美國隊長似乎已被紅骷髏擊潰，鐵甲奇俠於是重新團結起隊伍，試圖為好友報仇以及阻止紅骷髏的軍隊。
鐵甲奇俠的鋼甲護胸被紅骷髏奪去，命在垂危。復仇者聯盟必須團結一致，並阻止紅骷髏和魔多客摧毀紐約。
魅影掌控了復仇者聯盟每個隊員的心智後，復仇者聯盟的新成員飛隼孤軍奮戰拯救隊員及阻止地球被入侵。
雷神認為他必須犧牲自己才能從末日博士手中拯救世界，因末日博士用一把威力強大的聖域界武器召喚出「塵世之蛇」。
吸血鬼德古拉對復仇者聯盟心懷仇恨，故意把黑寡婦變成了吸血鬼，企圖將鐵甲奇俠和所有隊員誘導至吸血鬼城堡，想要將他們一網打盡。
漢默科技公司研發了一款機械人，公司創辦人漢默先生野心勃勃宣稱可以擊敗復仇者聯盟，這款所謂「調試機械人」可以吸收模仿復仇者聯盟每個機械人的優點和作戰習慣，在一次的戰鬥中，「調試機械人」把復仇者聯盟打得落花流水，剩下美國隊長與調試機械人對戰。
地球上出現了一位新英雄亥伯龍，他為民除暴，頓時間成爲地球人民崇拜對象，亥伯龍來自其它星球，他想要和復仇者聯盟成爲盟友拯救地球，但是鐵甲奇俠發現亥伯龍真正的邪惡秘密。
分子人被関入監獄後將他的武器「分子棒」留給了他的兒子艾倫，分子棒可以分解地球萬物物質。擁有它就等於擁有所有破壞的力量。艾倫不懂得如何使用這個力量卻又不願意將分子棒交給復仇者聯盟。
當海煞試圖將曼克頓沉入海底，變形俠醫被迫拚死證明自己的力量。
在一次地球巡邏途中，復仇者聯盟不小心踏上拉斐維亞領地，突然感受到一股強大的聖域界的能量，夾帶這股力量的是能導致世界末日的毀滅機，只有托爾能阻止這個毀滅機裝置，但是托爾竟然臨陣脫逃？
變形俠醫因爲身體充滿伽瑪能量才能力大無窮，紅骷髏利用變形俠醫的伽瑪能量研發生化武器產生病毒侵入復仇者其他成員。每個人染上無法控制自己情緒的伽瑪病毒。
來自外星球的變形星人來到地球要拍攝一部英雄動作電影紀錄片，他只爲了達成個人愛好，企圖要突出飛隼的角色，調撥他和復仇者聯盟的關係，不惜把外星入侵隊伍吸引到地球，造成世界災難。這場混亂將如何結束？
鐵甲奇俠和美國隊長僞裝成兩名壞蛋潛入黑幫聯盟，想要一探黑幫現階段的勢力。沒想到因此和阿杜瑪、紅骷髏和魔多克一同潛入海底萬呎，引來了海神的絕命發威海嘯。
復仇者聯盟的無敵大力士變形俠醫受到不明的攻擊和刺激而失去了記憶力。唯一知道的一件事是「世界末日快到了」。托爾也失蹤了。復仇者聯盟認爲情況不妙，開始展開調查。
雷神歸來，發現地球已被末日博士統治，末日博士已經大幅改寫過去以確保復仇者聯盟不曾組成。
復仇者聯盟開始見識到了陰謀集團的厲害，了解需要多強的實力才能將其消滅。
鐵甲奇俠主張科技是最重要的並且能達成各項任務。相反的，美國隊長認爲科技無法超過人類本身力量。今天兩人決定要比拼一下，到底是人腦強？還是電腦厲害？
變形俠醫和鷹眼被擄到外星球，被迫參加由毛怪胎主持的銀河格鬥，每場格鬥都是由毛怪胎控制的不公平比賽，目的是要摧毀地球。變形俠醫和鷹眼能夠安全脫困返回地球嗎？
復仇者聯盟不惜冒上生命危險奮戰，竟是為了保護末日博士。
聖域界國王奧丁突然來到地球，出現在復仇者聯盟總部，他命令托爾要馬上和他回去聖域界星球，並且不準再回到地球，這突如其來的消息對托爾本人和復仇者聯盟都很難接受。奧丁國王答應給復仇者聯盟一天時間來證明托爾留在地球是正確的。
鐵甲奇俠最新研發的「斯托克頻率引擎」能夠精準地計算並設定作戰計劃來打敗黑幫，主張人爲因素不可忽略的美國隊長認爲這個研發不是最完美的。此刻黑幫聯盟襲擊地球，鐵甲奇俠能夠靠着他的發明帶領復仇者戰勝敵人嗎？
黑勢力中最強大的銀河王入侵地球，個性衝動的鐵甲奇俠不顧美國隊長的勸告，決定單槍匹馬直接和銀河王正面衝突，扭轉地球即將滅亡的命運，鐵甲奇俠是生是死？
鐵甲奇俠正在實驗室裡進行微小分子力量測試，但是不幸因爲飛隼的一通電話，將變形俠醫縮小成微粒分子，也因此造成試驗室大亂，這時正好踫到飛隼的母親來訪，飛隼身為復仇者聯盟一事，他一直將他母親蒙在鼓裡。
隨著犯罪馬戲團的出現，鷹眼黑暗的過去開始浮現，使復仇者聯盟陷入危險中。
復仇者和黑幫的對戰中，大家發現野心很大的紅骷髏的邪惡計畫，只是想利用其他的黑幫的人來幫助他自己成為更強大的宇宙骷髏．
變得更強的宇宙骷髏攻擊世界各地，復仇者聯盟大家分散到各個國家阻止宇宙骷髏的摧毀行動，但眼看就要輸了，總指揮東尼只好大膽的聯合黑幫的其他人一起消滅宇宙骷髏．
