西元2062年，此時大規模勞力自動化計劃已失敗。20年過去，地球只剩下一片廢墟。一切都是因為計劃核心使用的人工智慧「阿提密斯」選擇對人類宣戰的結果。在一處地下研究基地之中，有個名叫「皇后」的女孩蘇醒過來。她其實是存活下來的三大人類守護者之一，但她卻對過去的事毫無記憶。和平構建軍的上校告訴她，她必須搶在阿提密斯為連接月球和地球而建造的軌道電梯完工之前將其摧毀，否則若工程完成，月球上大量生產的巨型機械軍就會舉兵進攻地球。然而，多方人馬相繼出手阻撓皇后的行動：阿提密斯的無人軍隊、斯邁利領導的邪教組織「教育機構」，甚至連理應支持她的死亡主宰與力量竟也加入攪局。各人心懷鬼胎，就在皇后隨著上校的軍隊抵達軌道電梯之時，她發現前方等著她的命運竟是…
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上校收到偵察部隊傳來的緊急訊息：軌道電梯周圍的鐵海洋正在迅速分散。上校等人雖然已在營內召開作戰會議，但誰也沒想到事態竟會如此發展。眾人正感到茫然無措，接著又收到觀測台的報告，發現敵軍從月球表面發射出某種武器，而軌道電梯幾小時前已連接完成。儘管戰況告急，上校仍未變更作戰計劃，他向全體軍隊表明，作戰目標是將皇后送到軌道電梯附近，讓她能夠將其摧毀。戰鬥開始前夕，大家稍事休息。面臨決戰時刻，每個人都陷入沉思。不久之後，距離地球遭炮彈擊中只剩一小時。和平構建軍自走炮部隊開始發動轟炸。大決戰終於揭開序幕。
西元2062年，此時人類的大規模勞力自動化計劃——樂園計劃，已經宣告失敗。20年前，計劃核心使用的人工智慧「阿提密斯」選擇對人類宣戰，如今，地球只剩下一片廢墟。在三藩市一處地下研究基地之中，有個女孩獨自醒來，她對過去的事毫無記憶，卻對夢中情境感受強烈，認為自己必須找到夢中看見的地點：八號燈塔。她和一對闖入基地找尋珍貴水源的年輕兄妹，諾里德與米雅，結伴往地表出發。然而，他們在路上遭到泰坦無人機步兵團的攻擊，雖然女孩借著超人類能力而能在炮火之下脫逃，但步兵團仍源源不絕地出現。女孩一行人接著遇到地面行動力高超的泰坦無人機型號，眼看戰況即將彈盡援絕，一輛黑色三輪電單車竟在緊要關頭出現，它稱呼女孩為「皇后」，並聲稱自己知道女孩的過去…
還有兩個星期，月球表面連接地球的電纜就會鋪設完成，皇后等人必須在電纜接通前摧毀軌道電梯，否則人類將面臨滅亡危機。但是要抵達月球，他們必須穿越鐵海洋。在靠近鐵海洋的港都酒吧裡，他們遇見了漁夫伊莎娜，漁夫同意接下穿越鐵海洋的任務，於是眾人請伊莎娜擔任領航。路途中，他們調查了鐵海洋鄰近地區，並偵測到強大有機體物質的反應。他們登上偵測出反應的浮島，獨處的皇后和力量發現來自巨大基剛塔斯遺骸的有機體。皇后試圖拉出有機體，浮島卻突然一陣劇烈震動！皇后一行人察覺不尋常的怪事即將發生…
無人機軍隊與和平構建軍的殊死決鬥在軌道電梯周圍的荒野展開。皇后拒絕了盧娜蒂克釋出的善意，表明她奮戰到底的決心。在無人機軍隊殘酷的連續炮擊之下，上校仍向軌道電梯挺進。就在他垂死之際，本該被遷移到戰線後方的夏洛特出現了。此時，憂心皇后等人安危的諾里德和米雅在穿越荒野的半路上遇到了撤退的莫妮卡。莫妮卡聽說了諾里德的擔憂，因而決定與他們結伴而行。戰場上屍橫遍野。力量和死亡主宰經過與精英無人機軍隊的激烈戰鬥之後也傷勢慘重，軍隊幾乎全軍覆沒。如此絕望的戰況是否還有一線生機？
皇后決定帶著諾里特與米雅回到他們居住的山城，卻在路上遭到皇后過往的隨從「力量」襲擊。皇后試圖以她右臂上生出的強大武器「線圈炮」反擊，但礙於能量過低無法如願。敗象已現，在黑色三輪車建議下，皇后一行人撤退逃逸。抵達山城後，與皇后同行的和平構建軍上校告知皇后過去她的種種事蹟，即使知道了真相，皇后仍決心要前往八號燈塔。就在此時，諾里德向皇后提出請求，他希望她能從附近醫院的遺跡取得必要物資，然而，該處正是危險的「蜂巢」所在地。蜂巢是「蜂群師」的綽號，也就是以團體運行的空中無人機，這類空中無人機沒有捕捉人類的功能，而是只管殺戮的機器。皇后為了實現諾里德的心願，便答應他的請求。至此，戰鬥計劃再也不是紙上談兵。
前往和平構建軍駐防地的皇后一行人眼前浮現一片光海，原來是邪教「教育機構」的裝甲部隊。他們聲稱要教育無知的人群，實際上卻是在進行大屠殺行動。皇后挺身面對追擊而來的裝甲部隊，卻發現他們獵捕的對象另有其人，是一名從教育機構脫逃的女孩，名叫茉米吉。皇后等人最終決定解救茉米吉，茉米吉則求他們救救她的朋友，那些少女被教育機構的裝甲列車運走，三天後將會舉行儀式。就在此時，突然有未知的狙擊手開火，轟掉了皇后的左手臂，原來出擊的人是「死亡主宰」，這名身處一公里外的女孩手中握有巨型的狙擊步槍。她本來也曾是皇后的盟友之一。
教育機構強迫被綁架的孩童參與半神體適應性實驗。在教育機構的陸上航空母艦裡，可能具備適應性的米雅正要進行全面性轉換手術。就在此時，力量和諾里德闖進陸上航空母艦搶救米雅，皇后等人也從旁增援，攻擊教育機構的裝甲守衛中隊。實驗室中，適應性實驗失敗的女孩屍體堆積如山，像垃圾堆一樣被棄置一旁。眾人終於在轉換設施裡找到被五花大綁的米雅，他們也發現了阿提密斯的化身「盧娜蒂克」。力量會對盧娜蒂克的冷嘲熱諷作何反應？夏洛特和教育機構領導人斯邁利雙雙現身，將與裝甲守衛中隊的對戰推向了高潮頂點，一場腥風血雨即將降臨。
在「八號燈塔」的實驗室遺跡之中，教育機構與和平構建軍的戰事持續進行。在軌道電梯裡觀戰的盧娜蒂克朝地表發射了一道強力光束。她降落在奮戰的死亡主宰和力量面前，並將事情交給復活的斯邁利處理。此時，上校在實驗室調整艙裡遭到夏洛特攻擊，千鈞一髮之際，皇后出現了，及時制止夏洛特並使她喪失意識入睡。經過急救後醒來的上校發現夏洛特已被放進重新調整艙。然而，即使能為夏洛特卸載武裝，也無法挽救遭洗腦的結果。上校只能祈求一切順利，啟動重新調整裝置，就此放手一搏。
皇后一行人越過大片荒野，抵達軌道電梯。黑色三輪車在與裝甲守衛中隊的對戰中故障，它告訴大家它無法自行修復。莫妮卡負責修理，但她手上沒有那些稀有的維修零件，因此皇后等人前往和平構建軍紀念圖書館找尋零件。在人型機器人圖書館員安迪的導引下，他們在閱讀室找到了零件。搜尋過程中，莫妮卡也查閱了關於上校的資料，她發現上校妻子潔西卡的記錄有些可疑，就在她想進一步收集情報時，她不慎滑倒，跌進了地下室。上校前來幫忙，敵方的步兵團卻又再次出現。
皇后高燒不退，為了順利復原，她必須重新調整肉身軀體。皇后昏厥後，醒來時便發現自己正身處尋找多時的「八號燈塔」裡，這裡原來是一間孤兒院。建築物在戰後滿目瘡痍，一行人遍尋不著有關半神體的訊息。不過力量找到了一條帶大家前往另一座獨立八號燈塔的線索，他們在那裡的實驗室調整艙發現了資料儲存裝置。資料當中有一則上校妻子潔西卡留下的訊息，她當時參與了半神體研究計劃的執行，甚至還成為試驗體。潔西卡在錄影中講述許多過去的悲慘事件，並請求他們運用重新調整儀器解救她的女兒夏洛特。重新調整裝置只能再使用一次，如果他們用來醫治皇后，就無法拯救夏洛特了。皇后會怎麼做呢？
經過裝甲列車一役後而身心俱疲的皇后和上校等人在和平構建軍基地與增援部隊碰面。小隊少校伏特告訴他們，軌道電梯只剩一個月就會完工。那一夜，皇后從伏特那裡得知上校與教育機構之間的恩怨轇轕，上校對教育機構可說是恨之入骨。皇后等人重赴軌道電梯，而死亡主宰再度現身，與皇后協商未果。她打算動手攻擊，卻中了夏洛特的埋伏。夏洛特是教育機構製造出的強化人類。為了解救死亡主宰，皇后正要舉起「線圈炮」開火，上校竟出面阻止。原來夏洛特是上校以為已經死去的女兒…
「力量」喝了太多特殊配方的酒，在一片荒野上的廢棄酒吧外嘔吐。諾里德向她尋求幫助，乞求她救援被教育機構擄走的妹妹米雅，但遭力量粗魯拒絕。此時教育機構軍出現，力量感覺到危險，不得不毀棄她的其中一隻手臂。儘管他們成功從敵人手下脫身，力量失去了巨型手臂後性格大為改變，原本好戰的勇士竟變得膽小懦弱。她和諾里德全速逃離，躲進一處過往人類軍隊建造的地下防空洞。不知何故，那裡居然早已有教育機構軍待命。與此同時，皇后等人成功掌控了數公里外的教育機構基地。莫妮卡告訴他們，米雅在教育機構的囚犯名單之中。
