歡歡在一個本地商場遭到名為「煞天怒機械人」的機械人襲擊，但被暴風女神和羅剎救下送回異變人學校以保安全。變種特攻發現，執行異變人註冊計劃的組織其實是打算追蹤和消滅異變人。後來，變種特攻找到了煞天怒機械人基地，偷偷潛入基地銷毀了異變人的檔案。在這集尾聲，暴風女神推開門來到一間藏滿了全副武裝士兵的房間，準備伏擊變種特攻，結尾充滿懸念。
狼人聞到士兵的槍油味，立刻趕在士兵開火前迅速關上門。暴風女神用她的風力把守衞捲走了。銷毀了異變人的檔案後，變種特攻想逃進黑鳥戰機，但在半路被煞天怒機械人攔住。在與煞天怒機械人激戰期間，千面人被槍彈擊中，相信已經死了。藍獸被轟到電網籬笆上，觸電倒下後被俘虜了，其餘的人聽從鐳射眼的指令撤退到黑鳥戰機。歡歡認為留在異變人學校是最佳選擇。
藍獸的審判結束後，劍齒虎要求釋放藍獸，導致警衞開槍打傷了劍齒虎。鐳射眼對劍齒虎伸出援手，並把他帶到了異變人學校的醫務所。之後，磁力王攻擊了一個軍用導彈基地。當變種特攻趕到現場之際，磁力王正準備發射核導彈，企圖以此引發異變人和人類之間的戰爭。鐳射眼、暴風女神和狼人與磁力王對峙，但無法阻止他。後來，暴風女神利用她的強風和閃電使導彈短路讓其失效，並將其投入水中。成功阻止了這場核戰後，變種特攻回到異變人學校，終於明白磁力王威力之強大。
磁力王為了吸引X教授而毀壞了一座化工廠。鐳射眼、羅剎、暴風女神和X教授聞訊趕往化工廠，而歡歡則被留下來看守劍齒虎。X教授走進化工廠與磁力王對峙。在磁力王即將擊敗X教授之際，X教授用心靈感應迫使磁力王回憶起他的年輕歲月。磁力王驚慌失措地撤退了。此時在異變人學校，劍齒虎對電視上的參議員發出厭惡的咆哮，歡歡注意到他的手銬有點異樣。歡歡為他鬆綁，劍齒虎馬上捉住她，慶幸狼人及時從暗處躍出攻擊了他。這時X教授和其他變種特攻歸來，戰鬥被打斷。
一群叫摩洛克的異變人抓住了外出的珍和鐳射眼。摩洛克首領卡莉絲圖綁架了鐳射眼，想讓他協助自己一起管治摩洛克族群。珍運用自己心靈感應能力告訴教授他們被抓了。狼人、牌皇、羅剎和暴風女神出去尋找他們。變種特攻找到珍和鐳射眼，暴風女神向卡莉絲圖發起挑戰要爭奪摩洛克的首領地位，藉此來解救珍和鐳射眼。卡莉絲圖沒有選擇，只能接受挑戰。一場短暫的戰鬥後，暴風女神擊敗了卡莉絲圖成為摩洛克的新首領。由於營救鐳射眼和珍的目的已達到，暴風女神於是欽點卡莉絲圖代替她繼續率領族群。
狼人逃往加拿大，在加拿大的荒野中尋找獨處的清靜。他在巴芬島與一群因紐特人相處時找回了自己內心的平和，卻竟發現劍齒虎一直在跟蹤自己，不僅把村裏的人都俘虜了，還計劃把他們殺個清光。狼人最終打敗劍齒虎，拯救了村民。此時在異變人學校，牌皇告訴其他變種特攻他聽說吉諾沙島的人很歡迎異變人，他希望大家能去那𥚃度假。X教授將暴風女神、牌皇和歡歡送去吉諾沙島度假。三人在島上遭到煞天怒機械人攻擊，之後更被俘虜了。
牌皇、暴風女神、歡歡和許多其他異變人被迫在吉諾沙島當奴隸，做苦力修建一座大壩，將來為煞天怒機械人工廠提供能源。異變人的脖子被套上一種特殊項圈防止他們使用超能力，但牌皇想辦法逃了出去。逃跑途中，牌皇遇到正在查找奴役異變人的幕後黑手的機堡。機堡給了牌皇一把鑰匙讓他可以解開自己的項圈，接著便進攻煞天怒機械人工廠。這時，牌皇釋放了其他異變人。異變人們開始與守衛和煞天怒機械人對戰，之後逃跑。暴風女神運用她的超能力推倒了大壩，引發一場洪水將整個煞天怒機械人工廠淹毀。回到家時，變種特攻發現異變人學校已被毀壞。
變種特攻發現異變人學校被毀後，狼人開始尋找疑犯，暴風女神、羅剎和歡歡也加入了他。後來歡歡發現了一個全身由純鋼組成的異變人。歡歡認為是他毀了學校，於是追蹤他，但狼人卻說他並非那個毀了學校的人，因為他的味道不對。歡歡和狼人遇到了搶劫銀行的力霸並試圖逮捕他，但力霸實在太強大了。很快，其他變種特攻也到達了現場。珍解釋說只要力霸仍戴著頭盔，她便無法在精神上攻擊他。鐳射眼則認為只要他們通力合作，定可以將他擊敗。
繆爾島異變人研究中心的一名醫生聲稱自己已經找到了治療異變人基因的方法。羅剎前往島上尋求「治療」。羅剎拜訪了阿德勒醫生，並告訴他自己正在考慮接受治療。阿德勒醫生送她前往治療，這時天啟出現了。阿德勒醫生變回了妖后的樣子，他們開始討論起羅剎的超能力。隨後，機堡攻擊了阿德勒醫生，但是變種特攻打敗了他們。羅剎改變了接受治療的想法並離開了。臨近結尾，華倫（天使）前來接受治療，進入了阿德勒醫生的實驗室。之後，妖后去找天啟並告知他有關華倫的事，天啟回答說他正打算毀滅世界。
擁有不死之身的異變人天啟把被騙去繆爾島尋求治療的異變人變成了四騎士——饑荒、瘟疫、戰爭和死亡。騎士們開始摧毀地球上的一切。變種特攻趕到後與騎士展開死戰。羅剎最終抓住了大天使並吸收了他的記憶，從他身上吸走了天啟的能量。大天使醒覺到自己的所作所為後大感震驚，把其他騎士轟開了。天啟乘坐太空船逃走，其他騎士也趁亂得以各自逃命。
一個名叫畢夏普的異變人穿越時空，從公元2055年的未來回到現在，目的是為了阻止其中一位變種特攻暗殺某人。但當他來到了現在，卻竟記不清刺客是誰。後來他向變種特攻求助。這一集的收尾充滿懸念，揭露了牌皇就是那個疑犯。
畢夏普正要對牌皇開槍時，變種特攻阻止了他。後來他們來到華盛頓，異變人兄弟會正在那裏密謀暗殺羅拔凱利參議員。妖后變成牌皇的樣子試圖殺死凱利，但真正的牌皇卻救了參議員。之後畢夏普便穿越回到他原來的時代。後來當X教授去見凱利參議員時，他發現磁力王綁架了參議員，將故事推向又一個充滿懸念的結局。
磁力王把凱利參議員帶到一艘沉沒的船上想要殺死他，意圖讓異變人和人類因此開戰。煞天怒機械人攻擊了磁力王並帶走凱利參議員。當變種特攻終於發現磁力王的位置時，煞天怒機械人早已把參議員帶走了。煞天怒機械人把凱利參議員帶到母體模組那裏。母體模組想把各國領袖的大腦都轉換成電腦，使煞天怒機械人能夠控制整個世界。變種特攻來到煞天怒機械人基地並救了參議員。凱利發現原來也有善良的異變人。鐳射眼和珍訂婚了，劇情似乎暗示著不久後將會有一個名為「凶兆」的角色登場。
