皇霸密謀偷走秘密軍事武器「全能炮」，以後他在擴張犯罪版圖時，這種武器會讓他無可抵擋。為了確保成功，他用一種特殊的意識控制芯片將美國隊長和冰人變成了自己的同夥。
冰人似乎要失去他的變種超能力了，大家回憶起鮑比德雷克最初是怎麽獲得超能力的。他們最後認為這可能跟最近影像人試圖吸光紐約城的電力這一陰謀有關。
變種特攻們在重聚時，安琪蓮嘉鐘斯講述自己是怎麽變成火焰星的，以及面對苦痛不堪的童年的經歷。（拜她的宿敵邦妮所賜）
電魔試圖通過吸收紐約城的全部電力來佔領這座城市。為了更好地完成自己的計劃，他闖進了商場的電子遊戲廳，創造出了影像人，一個電子生命體，他的首要目標就是收集能源，以實現終極轉變，讓電魔擁有他想要的無限力量，並阻止蜘蛛俠和他的朋友們來破壞計劃。
電影制片人森大片試圖制作一部以蜘蛛俠的人生為原型的電影。然而，總有人不斷破壞電影的制作，蜘蛛俠對此展開了調查。幕後黑手神秘客騙阿森請蜘蛛俠來飾演他自己。神秘客打算用這個計劃消滅自己的宿敵。
弗朗普先生是個被壓迫的流浪漢，他得到了一個古老的護身符。末日博士曾希望用這個護身符掌控世界。弗朗普逐漸意識到這個護身符的力量（也因此交了很多新朋友），末日博士企圖騙他交出護身符。
蜘蛛俠、冰人、火焰星和黑騎士聯手阻止邪惡巫師莫德雷德帶著黑騎士的烏木劍逃往暗影之地。
蜘蛛俠對戰震動人，他在持械搶劫後企圖逃脫。梅嬸也被波及，嚴重受傷。彼得很難受，考慮放棄自己的超能力。
一顆流星擊中了一個蜂巢，創造出一種變種生物，自稱「蜂群」，他的身體是由成千上萬的蜜蜂構成的。蜂群的巢穴是個巨大的蜂巢，那顆流星就在裏面放射它的異能。蜂群立刻開始用變種能力將工蜂變成巨大的公峰，然後將紐約城的市民也改造成公峰。
一個神秘的陌生人邀請蜘蛛俠和他的朋友們，以及他們不認識的一些人，比如海底人納摩、女惡魔珊娜、美國隊長，以及奇異博士，一起去狼島度周末。
綠魔想在城市的水源中下毒，這種藥水可以把所有人都變成跟他一樣的怪物。
大家遇到了一個叫太陽火的異變人，他的超能力跟火焰星一樣。太陽火透露自己的叔叔根吉需要幫忙啟動一個核聚變反應堆，可以為全世界提供電能，太陽火卻不知道根吉只是想獲得足夠力量，讓他在統治世界的過程中無人能敵。
邪惡的磁力王在一座監獄島外布下了力場，將監獄裡的所有工作人員和參加一個大會的人（包括蜘蛛俠和他的朋友們）劫為人質。磁力王控制了東海岸的全部電力供應，他威脅要毀滅地球，除非邪惡變種人兄弟會的成員全部從監獄被釋放出來。
獵人克雷文來到紐約城炫耀她的史前動物。然而，他的作秀行為只是為了掩蓋他的陰謀，他打算孵化出一支恐龍軍隊佔領紐約城。他偷走了一顆罕見的紅寶石（印度之眼），還綁架了火焰星，強行用她的超能力為一個促進生長器提供動力，這個機器可以孵化恐龍蛋。
蜘蛛俠和他的朋友們跟托爾聯手阻止托爾同父異母的邪惡弟弟洛基獲取古老的「神的雙生寶石」。任何得到這兩顆寶石的人，都將獲得無限的力量。如果洛基將兩顆寶石都拿到手，他毀滅紐約城時將無人可以阻止。
蜘蛛俠覺得自己遇到了此生的真愛，一個來自未來的名叫阿麗爾的外星人，她的太空飛船降落在地球時墜毀了。就在小蜘蛛努力培養和阿麗爾的感情時，章魚博士偷走了她的太空飛船，以實施綁架未來裝備精良的犯罪者的計劃。
蜘蛛俠正在嘗試變種特攻的危境室，但是當一個名叫「合成人」的怪異入侵者出現後，就開始出現各種差錯了。原來，合成人是火焰星的前男友，他覺得自己變成現在這副樣子都是火焰星的錯。鑒於合成人可以控制變種特攻的別墅，變種特攻能打敗他嗎？
Stan Lee講述蜘蛛俠、冰人和火焰星一開始是怎麽聯起手來對戰甲蟲，以及後來成為蜘蛛好友的故事。
在一個舞會上，安琪蓮嘉被一個陌生人引誘到外面催眠了。這個陌生人把她弄上自己的飛機，帶去了特蘭西瓦尼亞，但冰人和蜘蛛俠就跟在他們的後面。這個陌生人竟然是德古拉。他們營救出了安琪蓮嘉，但還是要對抗弗蘭肯斯坦和狼人。
蜘蛛俠和他的朋友們在度假時，沙魔突然出現了，並且發現了蜘蛛俠的真實身份。但蜘蛛俠和他的朋友們試圖讓他相信他搞錯了。
反恐機構神盾局請蜘蛛俠和他的朋友們幫忙抓住一個叫光波的變種人，據稱她將對守衛星衛星下手。光波的真實身份是奧羅拉丹特，是冰人鮑比德雷克的妹妹。蜘蛛俠和他的朋友們，以及神盾局特工們後來得知光波（她的變種超能力是控制和操控光能）是被人控制了，幕後之人才是想對守衛星下手的人。
弗朗西斯正在商場遊戲廳使用遊戲人的機器。這是一個年輕的書呆子模樣的少年，他將自己變成了自封的英雄「影像人」。不幸的是，他不知道要怎麽當一個超級英雄。在對抗遊戲人時，蜘蛛俠和他的朋友們幫助了影像人。但是最終，在查爾斯澤維爾X教授的別墅裏，他們才尋求到了最好的幫助。
一個叫莫妮卡的女人拍到了蜘蛛俠和他的朋友們成功打敗蠍子的場面。佐爾坦阿瑪達斯正在收集關於蜘蛛俠的數據，打算獲取蜘蛛俠的超能力用，讓自己得到好處，並陷害真正的蜘蛛俠。但是當佐爾坦的超能力把他變成了半人半蛛的名為「蛛網」的怪物，問題出現了。
