布利恒目前正在死囚牢房，並計劃在幾個月內因謀殺他的弟弟二執行死刑，他堅信自己沒有犯罪。 由於沒有其他選擇和時間緊迫，施米高採取了非常的措施，陪在自己哥哥的身邊。起送入在福克斯河州立的監獄中。一旦進入，施米高便是擁有監獄藍圖的結構工程師，他開始執行精心設計的計劃，以幫助布利恒越獄，證明布利恒是無辜的。
隨着種族緊張情緒在監獄內蔓延開來，唐慧嘉深入研究了布利恒的案子，施米高試圖獲得一種可以幫助他對糖尿病進行陽性測試的藥物，並確保他可以在逃生計劃中使用大螺栓。
時間不多了，施米高必須爭取他的室友蘇克雷的幫助，以幫助執行他精心制定的逃生計劃。但蘇克雷不想參與其中，並要求進行更換牢房，而施米高的新獄友海維爾比他聽起來還糟。與此同時，唐慧嘉遇到了一位可能能夠幫助阻止布利恒執行死刑的女士。
當海維爾看到施米高的計劃時，這進一步拖延了他逃跑的時間表。同時，蘇克雷改變了主意，布利恒對其死刑處決的夢魘纏身，愈演愈烈。在監獄外，唐慧嘉與辯護律師一起工作，他不僅僅是正義才這麼有幹勁的。
凱勒曼和黑爾拜訪了沃登蒲伯，他的過去可能並不像看起來那樣美好。 同時，施米高了解到，如果沒有布利恒，他可能比他預期的要早得多地離開福克斯河。 在監獄外，唐慧嘉和尼克為證明布利恒的純真而展開的調查，使她對自己產生了懷疑。
施米高調高了發火力，突破了他的牢房壁的另一側，外面的人計劃將布利恒的行刑日期提前。與此同時，監獄裏爆發了一場全面的騷亂，危及生命也讓包查有機會發現一個驚人的秘密。在監獄外，唐慧嘉和尼克來到了華盛頓特區尋找線索。
隨着全面騷亂升級，施米高面臨着有關譚莎拉醫生生命的艱難決定，而阿布魯齊和蘇克雷聯手打破了魔鬼的背。與此同時，包查嘗到了血的味道，他的要求也被包括在逃跑計劃內繼續。布利恒也面臨着一場潛在致命的對抗。
施米高的計劃遇到了障礙，因為他發現一個對逃跑至關重要的舊儲藏室被改成了休息室。與此同時，布少恒繼續潛逃和陰謀組織聲稱又多了三條人命。在監獄外，唐慧嘉和尼克得到一個爆炸性的警告，讓他們放棄調查，一個神秘女人的身分最終被揭露。
當阿布魯齊被降職後，整個越獄計劃都陷入了危險之中。和包查最近的關係惡化了，所以他把目標鎖定在了新的人身上，而施米高既想要保護這個新來的孩子，又擔心包查會把逃跑計劃透露給警衞。兩條人命在身，布少恒選擇逃命。
為了讓阿布魯齊重新掌握監獄的重掌指揮權，並使逃生計劃重回正軌，施米高必須將斐波那契的住所告訴給費利法爾佐恩。 同時，隨着逃生幫派的成長，施米高和譚莎拉醫生變得越來越親密。在監獄外，凱勒曼和黑爾得到了一些不必要的幫助來追蹤布少恒，唐慧嘉和尼克取得了新進展。
譚莎拉醫生和逃生幫派震驚地發現了施米高最新來訪者的身分，為其他帶來了無價之寶。 同時，貝利克上尉變得更加可疑，而吐溫納的扒竊技巧為施米高贏得了一些寶貴的時間。 奎因在監獄外引誘唐慧嘉、尼克和布少恒到樹林裏的小屋裏，而凱勒曼和黑爾的會危及生命的觀點分歧。
在證明自己的逃生計劃正在奏效的情況下，施米高必須適應他最後一個障礙的極限。 隨着越獄時間的臨近，小團體試圖減員一人。 在監獄外，布少恒溜走參加他母親的葬禮，唐慧嘉接到了一個不太可能的消息來源的電話，讓她對案子有所了解。
第二天布利恒就要被處決了，唐慧嘉找到了他，並在這個過程中獲得了一個有新聞價值的盟友。與此同時，施米高必須找到一種方法，使布利恒脫離單獨監禁和囚犯冒着一切風險，讓他們能夠活命。
施米高嘗試延遲了布利恒的電椅電擊的死刑但以失敗告終，布利恒快沒時間了。唐慧嘉和尼克申請驗明特倫斯斯蒂德曼的屍體。
親眼看見自己父親執行死刑的布利恒在當法官宣判泰倫斯斯特德曼的屍體可以檢驗時，贏得了兩周時間。蘇克雷打電話提醒施米高可以通過複雜的排水系統驗證通往醫務室的新路線。
三年前的一系列閃回揭露了布利恒，蘇克雷，包查, 本傑明邁爾斯和莎拉醫生是如何進入福克斯河州立監獄的，以及是什麼驅使施米高精心策划了一個計劃，讓他被判有罪的兄弟越獄。
當施米高努力回憶監獄結構圖中缺失的部分時，獄長蒲伯因為他拒絕說出名字而將他關進了禁閉室。與此同時，在搜索隊找到之前，蘇克雷在警衞室鋪蓋上了逃生洞。
被轉移到精神病區後，施米高試圖清理乾草堆的大腦，並喚醒他對丟失的藍圖刺青的記憶;貝利克想把施米高的手機拍賣給出價最高的人;本傑明邁爾斯和包查必須在一場高風險的撲克遊戲中合作，而蘇克雷的堂弟芒什似乎掌握著所有的籌碼。
這位神秘男子向布利恒暴露了自己的意圖以及他與他的壞夥伴的聯繫。 施米高意識到譚莎拉掌握了逃生計劃的關鍵，他就讓他們的關係更上一層樓了；福克斯河變成暴民狂歡。吐溫納必須選邊站；貝利克最終可能會在「他的鑰匙」上發現「漏洞」的真相。
威斯特摩蘭用貝利克在堵塞了逃生計劃中的一個漏洞。這迫使施米高必須將越獄時間提前。令人恐懼的吐溫納承諾忠於施米高。而作為回報，他可能會免費出獄。施米高認為他別無選擇，只能讓譚莎拉參與該計劃，並且必須出賣他父親。唐慧嘉與其最親密的盟友發現自己的生活處於危險之中，而後者與福克斯河的一名囚犯有着令人驚訝的聯繫。
譚莎拉醫生質疑自己是否應該為施米高走後門，他必須背叛蒲伯完成自己的越獄計劃。唐慧嘉找到證據將她引導去蒙大拿州，但意識到她最親密的盟友實際上可能是她最大的敵人。施米高布利恒和其他囚犯在休息，但在警報響起後，找出誰將在監獄外，誰將被留下來以及誰將死在監獄中。
隨着逃生計劃的進行，施米高，布利恒和囚犯冒着生命危險和被俘虜的危險。監獄長蒲伯和貝利克上尉不斷追捕逃犯。副總統擔心她會失去指揮權甚至是生命；唐慧嘉找到了最重要的證據，以證明布利恒的清白。
