「我會帶領你踏上世界舞台。」在愛媛生活的中學生青井葦人是弱小足球學會的精英球員。輸掉中學時期最後一場大賽的他滿心懊悔，在海邊奔跑時遇見當時來觀看比賽的人。那名男子：福田達也正是在日本職業足球聯賽數一數二的球會「東京City·Esperion FC」負責培訓高中生球員的組織「青年隊」的教練。福田看上了雖然球技不精，但擁有某項特殊才能的葦人，認為他有無限的可能性，因此對他訴說自身的野心。「我有個野心。我想藉由自己打造的球會將世界收入囊中。讓我的球會成為世界本身，而非視其為立足世界的跳板。負責達成我這個野心的就是＜青年隊＞。」儘管葦人應福田之邀，為了參加入隊選拔而決定遠赴東京……。持續奔馳在足球漫畫第一線的《青之蘆葦》迎來萬眾期盼的電視動畫化！故事描繪了挫折、成長、友情，為青春的集大成！
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在愛媛生活的青井葦人是弱小足球學會的精英球員。在中學時期最後的縣大賽中，雖然隊伍在他的活躍表現下差點打入前四強，葦人卻因敵方守門員的挑釁大動肝火，使球證出示紅牌，要求他退場。輸了比賽後，葦人出於後悔在海邊奔跑。此時有一名男子出現在他眼前，對方自稱是日本職業足球聯賽東京City·Esperion FC培訓組織青年隊的教練福田達也。
2. 東京City·Esperion FC
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福田邀葦人參加東京City·Esperion FC的入隊選拔，葦人受到哥哥瞬的鼓勵，隻身來到東京後，對Esperion FC的完備設施大感震驚。他遇見和福田沒有血緣關係的妹妹一條花，並被她帶領到會場。面對齊聚於現場，有輝煌戰績的86名應徵者，毫無往績的葦人縱使緊張到雙手發抖，他仍因能在會場踢球而情緒高昂，準備挑戰入隊選拔。
東京City·Esperion FC青年隊入隊典禮的當天，因為福田的提議，讓葦人他們突然面臨紅白分組對抗賽局面。而且據說表現出色的選手馬上就能升上青年隊A隊。葦人他們都想早點藉此升上A隊，成為職業球員，因此所有人都相當振奮，每人都展現出對入球的執著。在這場比賽中，葦人踢他擅長的前鋒位置，雖然一開始狀況極佳…。
葦人對於「停球，踢球」這個足球的基本動作總是抓不到要領。和葦人同房的富樫實在不忍看到他鑽牛角尖地去做個人練習，便說要教他這動作背後的真正意義。但富樫的說明太抽象，葦人的夜間練習進展甚微，彼此都變得越來越焦躁。不過葦人最終從富樫的動作中得到了「停球，踢球」的啟示。
在東京都聯賽的首場比賽，一行人與成京高中的對決進入下半場。葦人透過與黑田及朝利的配合，了解到由三人運球前進的重要性。以找到課題答案的葦人為首，Esperion的B隊總算吹起反攻的號角。雖然他們從0對3的劣勢縮小了分數上的差距，但比賽時間卻已所剩無幾。葦人處於極度專注的狀態，然而他的眼睛產生了某個「異狀」！
在這場爭奪升上A隊資格的紅白分組對抗賽中，葦人因為無法與隊友好好溝通，使得隊友們都不將球傳給他。導致葦人完全無法融入比賽之中，只能呆站在場上。伊達說這是因為葦人還沒練出自己的「個人戰術」來應對瞬息萬變的比賽狀況。比賽結束後，之前在入隊選拔對戰過的前輩阿久津渚出現在意志消沉的葦人面前…。
在11人對21人的特殊迷你比賽中，葦人因為無法和黑田、朝利相互配合，讓兩人完全失去對他的信賴。伊達給葦人一個課題，內容為「思考為何只有黑田與朝利向他發火」。眾人迎來一星期中唯一一天的假期，當大友、橘和富堅等人都各自度過假日，仍然找不到答案的葦人正準備獨自去練習時，突然有一位訪客出現在他面前。
在故鄉愛媛等待入隊選拔結果的葦人收到了青年隊的錄取通知。在葦人與朋友們欣喜若狂的時候，葦人的媽媽紀子臉上的表情似乎透露著寂寞。花與葦人通電話時說明青年隊相關事宜，勸他在到東京前跟紀子談談。葦人雖然決定要好好面對紀子，卻總是找不到機會，母子兩人仍不知道彼此真正的想法。
東京都聯賽開幕。一行人迎來首場對成京高中的正式比賽，但是葦人等1年級生之間自開學典禮發生那件事後氣氛始終不融洽。EsperionB隊的惡劣氣氛讓他們無法順利配合，入選先發陣容的葦人對伊達所給的課題也還沒找到答案。平忍受不了被實力較弱的對手逼入苦戰的賽況，而要求替換1年級生成員。
通過第一次選拔的葦人一行人要面對的最終選拔內容為與Esperion青年隊比賽。福田說在比賽途中會告訴他們某件事。其他應徵者變得膽怯，葦人卻幹勁十足地想打倒青年隊成員，試圖讓所有人通過選拔。比賽開始後，大夥以葦人為中心進攻，順利迫近球門，大家開始覺得勝券在握，但漸漸對以阿久津為首的青年隊緩慢的動作感到不對勁。
對於被Esperion青年隊的表現壓制住的應徵者們，福田就像是要進一步打擊他們一般，說出了「某件事情」。一蹶不振的應徵者隊完全無計可施，連續讓敵方拉大比數，比賽的情勢開始一面倒。當應徵者們對於青年隊與自身的明顯差距感到絕望，葦人也因阿久津的粗野動作而受傷，逐漸喪失鬥志…。
葦人在理解母親紀子的想法後，下定決心再度造訪東京Esperion足球城。當葦人在練習場被Esperion青年隊的女粉絲搭話而顯得畏畏縮縮時，他和入隊選拔時共同奮戰的大友及橘重遇了。葦人和從少年隊升上來的遊馬、朝利會合後來到宿舍，得知有一位錄取者過了集合時間仍未出現。
葦人雖然對改踢邊後衛一事仍感到抗拒，但他還是下定決心迎接挑戰。首先他為了理解福田的意圖而展開練習，然而葦人對後衛的走位還不習慣，再加上他非常討厭防守，因此不太能理解「鞏固中路」的確切意思，他覺得自己不該待在這個位置，為此煩惱不已。
葦人被福田要求改踢後衛，他怎麼樣都無法接受。發表升上A隊的成員名單時葦人不在場，這讓隊員們覺得奇怪，當他們得知發表的內容後內心更是動搖。橘、大友、富樫、黑田和朝利都出去找葦人，卻一直找不到他。當葦人獨自在巴士站垂頭喪氣時，花出現在他面前。
在歷經成京高中戰後的慶功宴，燒烤店的電視播放著Esperion青年隊的栗林在J1踢球的模樣。在比賽中表現精彩的栗林結束賽後訪問時，壬生接到伊達打來的電話。他說由於A隊的義經肌肉拉傷，因此要將幾名A隊與B隊的前線選手互換。在關係到能否升上A隊的比賽中，葦人雖有活躍的表現…。
Esperion的B隊在東京都聯賽對上多摩體育大學附屬高中。由於義經表現活躍，B隊以一分領先的狀態結束上半場，但是在下半場開始不久後, 卻因為富樫與竹島的配合失誤而被追成同分。再加上一色受傷退場，B隊因此改變隊形，富樫與葦人收到向前場移動的指示。對於伊達所說的「將你在防守上學到的東西活用在進攻上」這句話，葦人將如何付諸行動？
17. 東京都聯賽第七輪 多摩體育大學附屬高中戰
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葦人等人和曾一起參加過入隊選拔的金田、中野不期而遇。金田與中野雖然在Esperion入隊選拔時落選，但他們加入了橘的前東家——東京都聯賽排名第一的東京武藏野足球團青年隊。相對於因重逢而高興的中野，金田卻露出敵意，他認為自己在入隊選拔時落選的敗因是當時和葦人他們打成一片。
B隊結束了與多摩體育大學附屬高中的對戰。而他們下一輪的對手是橘之前的球隊——東京都聯賽排名第一的武藏野。但是橘因為在賽場上沒有活躍的表現而失去信心，他請求伊達在對上武藏野時不要派自己上場。葦人等人得知此事後，以近乎強迫的方式帶橘去看武藏野的比賽。過去曾與葦人他們一起參加入隊選拔的金田與中野所屬的武藏野展現出令人驚訝的足球踢法。
葦人在竹島與杏里建議他研究栗林的動作後，便一直觀察栗林上場的J1比賽轉播。將栗林過往賽事的影像都翻出來看的葦人注意到栗林經常做「擺頭」的動作。葦人立刻將「擺頭」動作放入練習中，但因不習慣而變得更加混亂。而且葦人這副模樣在隊友眼中就像是因為改踢邊後衛而失去幹勁。
表現逐漸好轉的Esperion B隊將在下一輪對上至今尚未吃過敗仗的武藏野。雖然現下全隊必須團結一致，迎戰強敵，但身為隊伍中防守關鍵球員的竹島和富樫之間卻因激烈的爭吵而互毆。橘已下定決心，為了贏得下一場比賽，無論甚麼事情他都願意做。他為了得知富樫和竹島他們的過往而去拜訪遊馬。
21. 東京都聯賽第八輪 東京武藏野足球團青年隊戰
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Esperion B隊終於迎來東京都聯賽高潮的武藏野戰。在當天儘管有事先想好對策，隊伍中的氣氛卻依然緊繃，多數選手從賽前熱身就流露出不安的神色。在那樣的情況下，明明比賽即將開始，原本在更衣室的竹島卻帶著他的女友多惠消失無蹤。
Esperion B隊被武藏野的指揮官武藤率先踢入令人懊悔的一分。在讓對手先佔優勢情況下，2年級的菅原提議應多加活用短傳，回歸Esperion本來的風格，但是橘、富樫和竹島則抱持反對意見，認為該繼續維持為了應對武藏野戰所反覆練習至今的直擊型進攻足球。伊達面對坐立難安的隊員們罕見地從教練席發出具體指示。
決定東京都聯賽命運的Esperion與武藏野的對決上演。富樫和竹島這對中後衛之間的配合成為對手攻擊的目標，使武藏野的王牌・金田因此領先得分。而且在上半場即將結束之際，展現出堅毅防守意志的黑田受了傷，被擔架抬離賽場。中場休息時，隊員們無法隱藏內心的動搖，朝利責備造成失分的兩位中後衛，但教練伊達卻袒護富樫和竹島。雖然富樫長期對竹島抱持不滿…。
葦人因能充分運用「俯瞰視野」的能力而踢出了好表現，使Esperion B隊成功突破武藏野銅牆鐵壁般的防守，入球追平比分。相較於一心贏過敵方隊伍、氣勢逐漸高漲的Esperion，武藏野的十一名球員因葦人靈活的動作陷入混亂。身為前鋒的金田見識到葦人的活躍與成長後，無法藏住焦躁情緒。Esperion向位於東京都聯賽頂點的武藏野發起挑戰，兩方隊伍歷經死鬥後究竟會迎來甚麼結果？
