在前往賽場的路上，巨鴨奇兵們被困在一個小鎮，此時怪事開始接連發生。鴨子們一個接一個神秘消失，直到他們發現鎮上的居民都被一個瘋狂科學家的複製機械人取而代之，他誓要用我們英雄的基因來製造超級基因生物！
正當巨鴨奇兵考慮放棄對抗龍老總時，牠們被傳送到未來世界，在那裡龍老總已征服地球！我們的英雄必須面對野蠻的異變人和巨蛇，才能回到現在時空，並阻止這糟糕未來的發生！
Alvin Yazbek一直想做超級英雄，直至龍老總給他超能力將他變成Mond-Man！因對巨鴨名氣不滿，Mondo-Man獨個兒向巨鴨宣戰， 決心證明他才是史上最強的超級英雄！
龍老總使用他的維度閘道產生器將我們的英雄送到另一個阿納海姆——一個由魔法取代物理法則實行統治的地方。在那裡，他們遇到一位急需幫助，並正在與邪惡巫師激戰的英雄。
鴨子們必須面對機械人博士，他用機械人零件取代超過90%的身體構造，同時正在製造超級機械人來接管世界。在戰鬥過程中，博士射擊了諾迪、塔尼婭和格連，導致他們的身體開始縮小。
當機械人B.R.A.W.N（機械賞金獵人和武器談判專家）來到地球尋找龍老總時，狡猾的霸主設法重編程序，讓它去追蹤巨鴨奇兵。
龍老總派了一個臭名昭著的間諜悄悄潛入了巨鴨奇兵內部。坦雅是唯一一個能從冰球世界中把她辨認出的人，於是間諜立即令坦雅失去能力。然後，間諜說服其他鴨子讀取電路晶片，好讓她把晶片交給龍老總，為他的武器提供動力。現在就要由坦雅拯救其他隊員，並阻止蜥蜴人。
被困在阿納海姆的陌生新世界裡，巨鴨奇兵找到了一位經理（菲爾），並得到了冰上曲棍球隊特許經營權，在阿納海姆池塘底部建立了一個超級神秘的總部——當它們發現龍老總和他的邪惡手下也被困在地球上時，差點壞了事。
斯坦利斯特拉津斯基是冰上曲棍球界最不擇手段的球員之一，也是冰上的恐怖分子。斯坦利在一場比賽中被鴨子打敗後，便同意與龍老總合作——將斯坦利基因改造成一個超強怪物。在冰上曲棍球大師塔伊誇克杜的教導下，格連回想起自己過去經歷的種種憤怒，並堅持認為任何冰上曲棍球運動員都必須有善良的心。當斯坦利出現在池塘邊，一心想消滅巨鴨奇兵時，他的信仰受到挑戰。
龍老總利用先進技術令恐龍（他的遠房蜥蜴表親）復活。 當霸王龍、地震龍尾和翼龍在城市中橫衝直撞時，鴨子們必須與恐龍戰鬥，阻止龍老總在美麗的阿納海姆中心引爆火山!
瘋狂的機械天才Dr. Droid回來了，他決心要把地球上所有的人類細菌都通通消滅乾淨，這樣一來，他和他的機器兄弟們就可以統治世界了。他的新超級電腦能夠控制城市裡的每台機器，而鴨子們發現自己現在不得不忙於與失控的傳真機、殺手雪櫃和狂暴的健身機器進行對決。
巨鴨奇兵隊的經理菲爾講述了鴨子隊如何來到人類世界的故事。他們來自的星冰球世界已被陰險邪惡的蜥蜴霸主龍老總佔領。傳說中的守門員面具揭開了蜥蜴人的隱藏堡壘，一小隊叛軍在這一面具的幫助下，為擺脫星球的威脅而英勇搏殺。當龍老總逃離時，鴨子們對他窮追不捨，途中失足陷入一個維度裂縫中，導致它們最終被困在地球上。
當雄鷹被一對被困的外星人綁架時，其他巨鴨奇兵成員都以為他們的隊長已經離隊！每隻鴨子都嘗試替補雄鷹的位置（並戴上他的神秘面具），帶領團隊抵禦龍老總釋放出來的巨大外星植物，保衞自己的城市。
龍老總釋放出一種能控制電子裝置的能量生物，在接管星球計劃中，這種生物一旦受到攻擊就可大量繁殖。坦雅和格連必須說服一位已經放棄社會的著名科學家，叫科學家幫助他們拯救阿納海姆。
游魂用魔法控制了巨鴨奇兵的經理，並帶領我們的英雄公開進行一連串極度刺激的絕技表演！鴨子們離開後，龍老總又計劃偷取一枚新火箭，並使用火箭引擎為超級星艦猛禽重新注入動力！
兩個冷血外星人降落在地球上，用他們的氣象機凍結了南加州，讓南加州成為更有利自己生存的環境。鴨子們成功擊敗了外星人，但他們的麻煩才剛剛開始，因為現在龍老總得到了氣象機，他開始在城市裡釋放閃電、巨石大小的冰雹和龍捲風。
邪惡巫師Asteroth離開自己所在的時空，並帶著他的超自然生化武器入侵了我們的Anaheim！巨鴨奇兵必須在Anaheim的街道上與魔像、惡魔、牛頭人和龍戰鬥，以阻止Asteroth將我們的世界拉入Dark Zone。
當鴨子們因為一系列珠寶搶劫案而遭受誣陷時，諾迪和格連便決定要成為臥底與黑幫一起，解開公事包之謎，以洗脫隊友罪名。
鴨子們遇到了他們的頭號粉絲，一個十二歲名為Buzz Blitzman的怪誕男孩，這個男孩有著寶貴又豐富的知識，不擇手段的龍老總企圖從Buzz Blitzman的頭腦中把這些知識提取出來。
在一連串明目張膽的珠寶搶劫案件發生後，其他鴨子開始懷疑它們的Duke是整個事件背後的始作俑者，他曾經是冰球世界最臭名昭著的小偷，後來改邪歸正。當Duke意識到這些搶劫案是他的前犯罪拍檔法爾科內所為時，Duke必須假裝與法爾科內合作，向世人揭露龍老總意圖消滅地球上所有人類思想的邪惡計劃!
龍老總安排鴨子們去尋找到一隻外星蛋。當它成功孵化後，可愛的外星小動物立即與諾迪建立了深厚關係，把諾迪當祚自己爸爸。但寶寶的可愛並沒有維持多久，它很快就長成了體型巨大的狂暴怪物，威脅著整個城市的安全。
鴨子們被運離地球，參加這場險象環生的太空冰上曲棍球比賽，這場比賽可以說是牠們所愛遊戲的高危版本。為捍衞自己的生命，我們的英雄們必須不斷滑冰，因為牠們的對手是殘忍至極外星人，會使用各種高科技武器武裝自己。
因變異的比特尼克汽車製造者Daddy O'Cool想得到鴨子們的車，把他們全都捉起來。爸爸奧酷計劃用鴨子們的車把裝滿誘變劑的罐車運入阿納海姆的供水系統中，企圖把市內居民變成異變人。
鴨子們被困在馮利希滕斯坦普男爵的小島上，他打算把獵殺我們的英雄作為終極運動。鴨子們必須在險惡的叢林和男爵高科技武器的雙重威脅下生存下來，否則就會成為男爵牆上的戰利品!
當龍老總的手下接管了巨鴨奇兵位於阿納海姆池塘下的總部時，為了阻止龍老總利用奇兵們的超級電腦獲取軍用導彈發射代碼去統治世界，雄鷹和克萊格霍恩隊長必須與奇兵們的防線鬥爭。
最後龍老總在亞特蘭蒂斯的失落之島上發現了貝勒里姆水晶的礦脈（用來驅動猛禽並征服世界所需的稀有元素）！當變色龍擅離職守時，龍老總綁架了鴨子，並迫使雄鷹使用面具把他的手下帶到島上。巨鴨奇兵們必須儘快擊敗蜥蜴人，才能進入斯坦利杯總決賽。
