銀魔怎麼都不習慣地球的生活，讓超級英雄聯盟的小夥伴們十分苦惱。銀魔傷心地獨自出門，末日博士趁機抓住了他。末日博士發現自己可以吸出銀魔的力量，用這股力量結合分形，創造一把無限匕首。然而銀魔竟然十分開心地在折磨抓住自己的人（惡煞和魔多客）。幸好雷神及時集結英雄聯盟，全面進攻惡人城，救出了朋友。
超級英雄聯盟有重任在身，他們要從末日博士手中救下分形。飛隼急於證明自己不是菜鳥，但他的隊友都不看好他。與此同時，末日博士利用噁心又討厭的鼴鼠人先找到了分形，但鼴鼠人發現，自己一碰到分形就會獲得奇特的超能力，於是鼴鼠人決定利用小怪物來征服超級英雄城!
Reptil是一個拉丁裔的少年超級英雄，對於能成為Squad的實習生，感到很興奮。 狼人不情願地成為了他的導師。 執行第一個任務時，Reptil與敵人惡煞和Wrecking Crew一同陷入困境，但當狼人遭到Lethal Legion伏擊，並需要他協助時，Reptil必須奮戰到底。
在和格羅與尖叫咪咪的混戰中，分形利用宇宙之力將綠色的變形俠醫變成了灰色變形俠醫。 飛隼和黃蜂女一同照顧這個聰明又討人厭的變形俠醫，超級英雄聯盟奮力追趕致命軍團，只為保護超級英雄城。
一系列超自然的怪事令整座城市（和超級英雄聯盟）陷入一片混亂。 超級英雄聯盟向神秘的奇異博士求助，但博士把他們騙去和可怕的多瑪暮作戰。 一個分形困在了阿戈摩托之眼裏，英雄們能否同時拯救被分形迷惑的奇異博士、打敗多瑪暮，並且從無腦巨人手中救下自己的城市呢？
飛行航母被砸得稀爛，超級英雄聯盟必須尋找降落地點。不管是在史達工業、懲罰者的戰車上抑或是百變龍的房間裏，超級英雄聯盟都不太受歡迎，幸好奇異博士收留了他們。但今晚大家要在可怕的聖堂裏過夜。而多虧了魅惑魔女，他們要面臨的混亂比想像中的要多得多。
新出現的神秘反派蠍子人智取了超級英雄聯盟，並與末日博士結盟。很快地，蠍子人引領一幫壞人前往竊取史達最強大的科技。但超級英雄們和壞人們都不知道， 蠍子人其實就是神盾局的神秘領袖費尼克。
莫道男爵逃出了黑暗維度，附身到鐵甲奇俠身上，把他變成了「鐵人」！在輕鬆擊敗致命軍團和超級英雄聯盟成員後，鐵人似乎有意統治地球。但變形俠醫、銀魔、奇異博士和女武神聯手，創建了捍衛者聯盟，勢要打敗莫道男爵。
一個名叫黑寡婦的新女英雄加入了超級英雄聯盟，她向男生們展示女生的武功比他們還厲害。但沒多久就被發現她其實是會變形的妖后，是末日博士派來臥底盜取分形的。 妖后差點就成功把超級英雄聯盟隊員們帶進了致命軍團的伏擊之中。但尖叫咪咪隨後自揭臥底身份，她其實是費尼克派來的神盾局臥底歌姬，來幫助隊員們對抗敵人。
狡猾的魅惑魔女設下佈局讓雷神托爾愛上她，讓嫉妒的史各之非常憤怒。 但愛情魔咒出了問題，導致Ms Marvel無法自拔地愛上魔多客。魔多客對自己的幸運難以置信，而超級英雄聯盟眾人也不敢相信自己的眼睛！兩人之間又有趣又奇怪的愛情給英雄和反派帶來大混亂。在鎮上的另一邊，雷神托爾和史各之戰鬥，拯救可愛的女武神！
超級英雄聯盟為神奇4俠伸出援手，幫助對抗伏擊他們的外星斯克魯爾族和超級斯克魯爾族，兩個超級團隊強強聯手。 此時，末日博士和神秘的宇宙反派魁隆達成了一項邪惡的交易。 巴氏大樓內部和外太空的戰鬥越演越烈，英雄們發現兩個危機之間其實有關聯，他們可能要作出抉擇才能拯救地球！
一次分形事故終於給了魔多客一個推翻末日博士的機會。 但洛基的操縱讓魔多客越來越頭大，他對所有反派和整個城市造成了嚴重的威脅。 就連有黑豹幫助的超級英雄聯盟都無法戰勝魔多客。 但也許鐵甲奇俠能鼓勵末日博士找回自信，對抗魔多客。
狼人是個獨行俠，無法和Squad緊密合作，於是他向美國隊長申請調職。 很快，狼人加入了All-Captains Squad，更被迫穿上Captain Canada的制服，遠赴亞馬遜。與此同時，Squad的隊員在馬戲團經歷一場尷尬的不期而遇，卻獨缺狼人。狼人只想遠離怪異的All-Captains Squad，重回舊隊伍中。
一個頑劣的3歲小女孩戴上一頂破碎的皇冠，獲得了超現實的可怕力量。不論正邪兩派，都會變得一片混亂。 Heroes For Hire協助Squad尋找小女孩的父親，阻止末日博士趁混亂出擊。
末日博士的盟友蛋頭人打算把自己縮小到昆蟲一般的大小，好去偷走飛行航母上的一個分形。幸好超級英雄聯盟可以請蟻俠幫他們追擊縮小的壞蛋。 但變小也令他們常常陷進難堪的境地，例如是變形俠醫的鼻孔裏。
銀河王來到超級英雄城以吞噬地球！ 地球的命運危在旦夕，但在全能的銀河王面前，超級英雄聯盟亦顯得缺乏力量。超級英雄聯盟作最後一次嘗試擊敗敵人，奮力組裝無限聖劍，不過需要末日博士的合作。末日博士會出手相助嗎？為什麽百變龍是拯救地球的關鍵？哪位隊員會為了拯救地球作出巨大犧牲呢？
末日博士佔領了Chthon的神秘空間，釋放母親Coco Von Doom。雖然末日博士獲得了Chthon的邪惡力量，但他亦要應付媽媽嚴苛的指責。當末日博士躲藏在Chthon的領域， Coco卻在Villainville及Super Hero City造成破壞。奇異博士幫忙Squad的一半成員對付擁有超級異能的末日博士，另一半的Squad成員則對付超級討厭的Coco。同時，雷神被父親奧丁命令返回聖域界，執行他那少得可憐的職責。
隊長發現狼人從來都沒有取得學校的文憑，於是把狼人送回X學院，讓他讀完剩餘的學分。 百變龍跟隨狼人回到學校，但馬戲團團長把所有變種特攻都催眠了，百變龍這才發現高中生活並不輕鬆！他能在訓練室的食物爭奪戰中存活下來嗎？ 有人會發現食堂的工作人員其實是馬戲團團長偽裝的嗎？狼人可以成功畢業嗎？
洛基的計謀讓超級英雄們經歷了一波三折，成員們來到了惡人城可怕的市中心，還去到了神秘的聖域。 但洛基和雷神之間愚蠢的兄弟之爭，很可能會摧毀聖域和中土。
為了讓手下看看真正的反派，末日博士解凍了二戰時期臭名昭著的紅骷髏。但美國隊長對於舊敵再次現身，感到擔憂。末日博士對自負的紅骷髏也感到不滿。The Squad和Lethal Legion發現，從前的恩怨和征服世界的邪惡陰謀永遠不會消失。
末日博士計劃摧毀鐵甲奇俠，緋紅機甲也參與其中。 幸好鐵甲奇俠的摯友占士洛德準備好要上場幫忙了。與此同時，狼人和百變龍陷入了一場可怕的高爾夫比賽，要對抗惡煞和魔多客。
新反派磁力王來了！ 他不惜把自己的孩子納入陰謀詭計中，幫助末日博士偷取分形。 但紅女巫和快銀會聽從爸爸的命令，還是會幫助飛隼拯救世界呢？
銀魔過去為銀河王爪牙的身分暴露了，因為他遇到另一個前同袍星塵。但末日博士對星塵和她的老板另有計劃。此時，英雄們也在瘋狂地做好準備，迎戰來吞噬星球的銀河王。
一隻劍齒虎來到了超級英雄城，叢林戰士卡札爾前來尋找。 但致命軍團對劍齒虎另有圖謀。 超級英雄聯盟被捲入這場混亂的搜索行動，末日博士又有了一個邪惡的計劃：要佔領全宇宙。「來吧，小貓！」
市長的連任出現了大問題，蛋頭人居然贏得了選舉（因為他控制了大家的大腦）。 蛋頭人對城市的統治讓超級英雄城的人們痛苦不堪，英雄們和反派們都不堪其擾。 狼人和市長要對抗每一位英雄和反派，極力想讓大家擺脫蛋頭人的控制，阻止壞人入侵。
末日博士派「惡毒隊」（火狂、陷阱人和薩克斯）前去融化極地的冰帽。扁平俠和百變龍正在講解全球變暖的危害，突然之間冰雪消融，雪水即將淹沒整個世界！ 暴躁的冰人成為了地球唯一的希望，但鐵甲奇俠必須得先說服他。
