蜘蛛俠受不了持續的新基因突變,只好向X教授求助。他在場遇到X-Men,失望得知X教授並不能「醫好」突變,只能協助天生有超能力的人接受和控制能力。後來,藍獸建議蜘蛛俠去找正在研究治療變種人的Herbert Landon博士。蜘蛛俠走後藍獸被Landon的手下綁架了。在Landon的說明會上,Hobgoblin為了報復Landon曾試圖殺害自己,與在場的蜘蛛俠打起來搞到天花板都塌下來了。
狼人追上蜘蛛俠迫切想擒拿綁架Hank McCoy(藍獸)的人。Hobgoblin偷了Herbert Landon博士為皇霸準備的基因突變技術,蜘蛛俠和狼人緊隨其後找到藍獸,更揭發要消滅所有變種人的陰謀。兩人聯手拯救藍獸免他成為Landon首個實驗品。Landon自己卻不小心成為實驗的受害者,變成了一隻以電能維生的巨型怪物。X-Men和蜘蛛俠再次聯手打敗Landon和Hobgoblin。於本集結尾,蜘蛛俠向Mariah Crawford博士求助,希望對方能醫好他的新基因突變。
Mariah Crawford博士雖然已研究出可以醫好蜘蛛俠的方法,卻不願意將未經測試的血清交給蜘蛛俠,因為這可能會導致他永久喪失能力甚至產生更不良的後果。蜘蛛俠大發脾氣,Crawford博士只好將血清交出來。彼得在帝國州立大學的實驗室接受魔比煞的秘密觀察,他在彼得晚上離開後偷走被感染的血液樣本,再用借來的設備獨自在校園鐘樓進行研究,最後卻因為意外事故變成一隻吸血鬼。於本集尾聲,蜘蛛俠的新基因突變惡化令他生出六隻手臂。
可怕的基因突變讓情況完全失控,蜘蛛俠竟然變成了一隻人型蜘蛛。Mariah Crawford博士召來Sergi Kravenoff(他更為人熟識的稱號是「獵人克雷文」)幫她追蹤蜘蛛俠,並用新研究出來的解毒劑幫他醫好突變。不幸的是懲罰者要摧毀這隻「怪物」。後來克雷文成功將解藥交到蜘蛛俠手上讓他恢復正常。
14. 新基因的噩夢,第十四章:最後的噩夢
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蜘蛛俠請康納斯博士幫助逆轉禿鷹人的老化效應。禿鷹人汲取蜘蛛俠的青春和基因後,突變成人型蜘蛛。蠍子捉走Farley Stillwell博士為自己的突變尋找治療方法。蜘蛛俠最終回復青春,並制止了禿鷹人和蠍子。
蜘蛛俠飲下血清後生了四隻手臂出來!Marvel「反英雄」懲罰者認為蜘蛛俠是個騙子,於是四處展開追捕。蜘蛛俠發現魔比煞變成吸血鬼而且在喝人的血漿。蜘蛛俠雖然想幫魔比煞,但懲罰者卻現身要撃敗他。同一時間,J約拿詹姆森想吹捧懲罰者為「英雄」,但他的編輯告訴他懲罰者只是個被幾個人在追捕的歹徒。紐約市民將魔比煞犯下的罪行都歸咎蜘蛛俠。
9. 新基因的噩夢,第九章:吸血鬼獵人之刃
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吸血鬼獵人刀鋒來到紐約要獵殺魔比煞,但蜘蛛俠想幫魔比煞回復人形。當蜘蛛俠講出魔比煞其實是新基因重組實驗意外的受害者時,刀鋒決定摧毀設備;但在他動手前魔比煞卻偷走設備。
2. 新基因的噩夢,第二章:陰險六人組之戰
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蜘蛛俠竟然真的踏進貨倉的陷阱,六個超級反派感到難以置信!蜘蛛俠試圖抵抗他們但因不敵被捉住綁在椅子上,更被「陰險六人組」揭開面罩。彼得設法說服他們,讓他們以為自己只是個騙子,還答應他們只要放了梅姨,就會帶他們去找真的蜘蛛俠。與此同時,Silvermane和那些大佬會愈來愈不滿皇霸甚至想踢他出局。皇霸於是綁架扮成無辜有錢佬的Silvermane,利用「陰險六人組」與其他大佬會開戰。彼得最後成功脫逃再以蜘蛛俠的身份擊敗「陰險六人組」救出Silvermane。
10. 新基因的噩夢,第十章:不朽的吸血鬼
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魔比煞打算用「新基因重組器」將所有人都變成吸血鬼。蜘蛛俠和刀鋒幸好制止了他,但魔比煞自己的突變卻惡化了。魔比煞綁架Felicia Hardy要將她轉化為吸血鬼。刀鋒和蜘蛛俠發現魔比煞的藏身所在,成功拖延時間讓Felicia迫他放棄計劃。
12. 新基因的噩夢,第十二章:時間的蹂躪
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Silvermane獲得「時間之碑」後如願回復年輕,可是他的年紀卻不斷變小,最後更變回一個嬰兒。Hammerhead最後將「時間之碑」交給了Adrian Toomes(禿鷹人)。
3. 新基因的噩夢,第三章:Hydro-Man
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Hydro-Man偷走一條在水缸展出、價值兩百萬美元的頸鏈。守衛按下警鐘,蜘蛛俠隨之出現。蜘蛛俠追捕Hydro-Man卻反被丟入水缸。當其他守衛到場時,大家都認定是蜘蛛俠偷走頸鏈,蜘蛛俠只好綁起守衛走為上著了。
13. 新基因的噩夢,第十三章:禿鷹尖叫
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諾曼奧斯本本來想接管禿鷹人父親的Toomes航空公司時,禿鷹人使用「時間之碑」從任何他碰過的人身上竊取青春,並以「禿鷹人」的身份摧毀諾曼奧斯本。禿鷹人又從蜘蛛俠身上汲取青春,將他變成了一個老人。
皇霸為了幫Silvermane徹底剷除蜘蛛俠,從蜘蛛俠的敵人中請了六個最可惡的反派來對付他,這六個惡棍分別是:犀牛、變色龍、章魚博士、蠍子、震動人和神秘客。除了他們以外,更麻煩的威脅是Farley Stillwell博士發明的新基因技術正在削弱蜘蛛俠的力量。蜘蛛俠因血液內產生的化學作用而無法掌握自己不穩定的力量。為了要引蜘蛛俠墜入皇霸其中一個陷阱,章魚博士向彼得帕加的梅姨謊稱自己是醫生,騙她彼得在診所附近街上暈倒再綁架她。
11. 新基因的噩夢,第十一章:時間之碑
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皇霸和Silvermane分別在看同一則新聞報導,報導指出:只要「時間之碑」用法恰當,使用者就可以長春不老,帝國州立大學為此會研究石碑。另外,有收藏家出價五千萬美元卻被拒絕。皇霸看完新聞後決心一定要擁有石碑。另一邊的Silvermane看完新聞後拿起電話對一個神秘人說他「一定」要拿到石碑。彼得意會到所有罪犯都會打這個寶物的主意。