韋小寶在南書房打掃，始終沒有機會找《四十二章經》，悄悄折返後撞上同樣來找書的建寧。小寶一路倉皇逃竄，好不容易逃到河邊，還是被建寧追上，慌亂之間，將建寧推下了水。
小寶每日繼續跟小玄子比武，不但武功突飛猛進，與小玄子的感情也日益增長，小玄子心中愈加視小寶為知己。
小寶又一次在南書房尋找《四十二章經》時，幫小玄子喝退鰲拜，此時他才得知小玄子就是皇上。小寶知道欺瞞皇上的後果，立即向皇上承認錯誤，兩人達成和解，約定有人時是君臣，無人時還像從前一樣。但小寶嘴上答應，實際心中仍有畏懼，再不敢在摔跤時下狠手。
皇上叫來布庫與小寶比試，比武期間，蒙面女又扮作小太監偷襲小寶，被小寶制服，此時小寶才知道那是宮女竟是公主。
皇上與韋小寶刺殺鰲拜之事，小寶雖然心裡害怕，但還是遵照康熙要求回海大富處拿蒙汗藥。海公公對小寶一通嚇唬，讓其深知此次定是凶多吉少，內心搖擺不定。
小寶回到康熙的身邊，說明事情的原委，表達了忠心，與皇帝一起動員多日培養的12個布庫，讓他們共同擒拿鰲拜。
鰲拜覲見，識破小寶在茶中下藥，故意摔碎茶碗，恰好中了皇上以摔茶碗為號的計劃，所有布庫一哄而出，卻沒有一個是鰲拜的對手。情急之下，小寶將香灰撒向鰲拜的眼睛，之後將香爐用力砸向鰲拜，鰲拜大罵著倒地。
經此一事，小寶被皇太后召見，封官六品太監總管，賜黃馬褂，成了宮中人人皆知的紅人。小寶又領命與索額圖共同查抄鰲拜家產，索額圖借此機會，殷勤籠絡小寶，並與他義結金蘭，希望以後宮內宮外兩人相互照應。
侍衛們怎麼都拷問不出刺客的來歷，於是皇上心生一計，讓韋小寶假裝釋放刺客，放虎歸山，這樣就能找到刺客的巢穴。這樣一來小寶既可以還了沐家的人情，也讓皇上又給他記上一功。
小寶按計劃準備救人，張康年早早接到了多隆的指示，在牢房等候，準備配合小寶。小寶取出方怡的手寫書信，取得了三人的信任。正當小寶準備讓侍衛喝下迷藥的時候，太后派出的公公恰好出現在牢房，請小寶趕緊去面見太后。小寶不慌不忙威逼曹公公的人喝下摻進迷藥的酒，於是四個公公和所有監獄的看守，全都倒地。小寶不慌不忙地讓三名刺客換上侍衛和太監的衣服，帶他們出宮。
放走沐王府的人之後，小寶用水淋醒張康年，開導張康年，讓其幫手圓了殺死曹公公的謊。小寶放走劉一舟等人後，向方怡邀功，故意說劉一舟膽小如鼠，只顧自己逃命不顧方怡。方怡聽信小寶的話，放聲大哭。
韋小寶重新回到住處，沐劍屏鬧著要回家，先是被建寧扮的鬼嚇了回來，又跟太后扮的鬼周旋，還好小寶識破，在床上放了匕首，讓太后不但沒抓到小寶，反而誤傷自己。
太后沒有得逞，反而誤傷了重返回來嚇唬小寶的建寧。小寶將受傷的建寧抬到有侍衛巡邏的地方，自己在屋裡心驚膽戰地等到天亮，趕緊去皇上處準備揭發太后，可小寶還沒向皇上告密，就被太后及時趕來打斷。太后為了防止他揭發自己，打算讓他永遠收聲，還好小寶機靈，讓太后不敢輕舉妄動，暫時先將他關了起來。
建寧躡手躡腳地來皇后處換她偷拿的衣服，小寶趁著柳燕睡著，跟建寧打賭，讓她把燕子窩捅下來。憑此調虎離山之計，小寶逃了出來。
皇上為前一晚之事，召見韋小寶，小寶胡亂編了一通，說了些不相關的話，又順便表達了自己對皇上派人保護自己之事，深受感動。
皇上為前一晚刺客的事情，召見小寶，詢問怎麼看待刺客的事件。小寶的分析恰好跟皇上所想一致，甚至比索額圖和多隆的分析更加接近真相，令皇上不得不感嘆小寶果然機敏，於是皇上特意將一份美差交給了小寶──用刺客手裡印有吳三桂的劍去敲詐吳應熊。方怡因為擔心師兄劉一舟的安危，懇求小寶幫手打聽劉師兄的下落，小寶調笑方怡，嘴上說著不願意，實則對方怡的請求默默在內心開始盤算。
小寶回覆皇上去見吳應熊的事情，皇上對他大加讚賞。小寶將吳應熊賄賂自己的錢，以皇上的名義分給多隆，並趁機打聽了一下劉一舟等人的下落。
自小在麗春院長大的韋小寶在這裡當跑堂，今日正趕上黑龍鞭史松前來捉拿茅十八。小寶用石灰襄助茅十八，成功制服史松。
雖勝之不武，但畢竟小寶是因為茅十八殺死了朝廷官員，落下被通緝的後果。茅十八只好帶上小寶趕赴京城。在京城的一間小館，韋小寶因出言不遜，引起了宮中公公海大富的注意，並因其小聰明讓海公公覺得其可為己用，因此命布庫的武士，將茅十八和韋小寶強行帶回宮中。
小寶與茅十八被綁在海公公處，接受審問。海公公突然病情發作，吃過藥後又渾身燥熱需要泡冰水，審問中斷。趁著海公公泡澡的時候，小寶和茅十八配合，將一整瓶藥劑全部倒進了海公公的茶碗裡。由於過量用藥，致使海公公雙目失明，推倒小桂子，使其頭部磕在桌子上一命嗚呼。得知小桂子已死後，海公公要留下小寶陪自己。
皇上得知韋小寶是被鰲拜同黨劫走，於是立刻派人端了他們巢穴，挖出鰲拜屍首。為了方便跟天地會的人時常見面，小寶向皇上主動申請便裝出宮，時刻留意鰲拜餘黨。
小寶為了防著太后做出甚麼對他和皇上不利的舉動，利用建寧每日請安的機會，從她口中刺探太后的一舉一動。
幾日無事，小寶在酒樓喝茶聽曲的時候，被風際中急匆匆地請到一間藥鋪的暗室，暗室床上竟躺著奄奄一息的徐天川。小寶詳細了解了徐天川受傷跟沐王府白家有關後，帶領天地會的兄弟們，前往白家討個說法。可到了沐王府才得知徐三哥雖然身受重傷，可白家老大卻因他而死。雙方險些動手，還好有聖手居士蘇大俠從中調解，雙方暫時和解。
韋小寶如廁的過程中，恰巧聽見兩人準備竊取王府內的《四十二章經》，可卻被小寶乘機偷走經書。
小寶回到住處不久，就聽見屋外傳來打鬥聲，侍衛高喊著抓刺客。小寶與沐劍屏正心驚膽戰躲在屋裡，門外刺客闖了進來，卻發現此人正是沐劍屏的師姐方怡。在沐劍屏再三懇求下，小寶才答應救下受傷的方怡，將她抬到自己的床上休息。多隆奉命保護小寶，查看他無恙後，留下兩個下屬在屋外守衛。
太后下決心今晚一定要剷除小寶，先是派出柳燕，可是門都沒進去就被值守的兩個侍衛攔了下來，太后又派出御前侍衛總管瑞棟，並囑咐他千萬不能跟小寶有任何交流。
海公公對韋小寶坦言，自己每天都在他喝的湯裡下毒，如果想要解藥，須帶他夜闖太后寢宮，小寶心中雖然不願，但為了活命不得不從。將海公公送到後，小寶躲在門後偷聽，得知太后原為武功高手，深藏不露，害死了皇帝親生母親以及董鄂妃等一系列秘密，並親眼看太后與海大富交手，並雙雙受傷倒地。為了在海大富臨死前拿到解藥，小寶偷偷靠近。皇后命他殺死海大富。小寶還沒來得及動手，海大富就先斷了氣。
打鬥聲引來了侍衛，皇后讓小寶趕緊扶自己進屋。到了屋內，皇后恩威並施，小寶發誓絕不對外透露此事。
次日，小寶醒來正好有人前來報喜，說太后升任小寶為太監副總管。
皇上見小寶在太后處又立新功，對他稱讚不絕，但因鰲拜在牢房沒日沒夜地胡言亂語，而面露愁容。小寶主動請纓前去康親王府刺殺鰲拜，替皇上分憂。
建寧以丫鬟的身份，將沐劍屏和方怡騙去自己的寢宮，拷問身份，卻反被方怡二人綁回韋小寶的住處。
皇上離去，太后留下小寶，讓其交出瑞棟的經書，並派柳燕隨他回房去取。小寶故意拖延時間，趁柳燕不備，聯合沐劍屏和方怡將她一劍刺死。被綁起來的建寧醒過來，引起了小寶的注意。沐劍屏和方怡說出了綁架公主的經過，並想要殺死這韃子公主，被小寶攔下。可是雙方都不依不饒，小寶只好兩頭騙，才將建寧哄走，準備好行囊，帶方怡和沐劍屏出宮。
小寶送兩人出宮的路上，方怡發現劉一舟送給自己的手鐲不見了，臉現憂思，小寶見了不忍，自己冒著風險回去幫她尋找。回屋內尋找手鐲的時候，他發現了柳燕留下來的一雙鞋，準備拿這雙鞋去嚇唬太后。
雙方糾纏期間，胖頭陀發現了韋小寶身上的《四十二章經》，硬是搶了過來。恰好清涼寺的師兄弟和十八羅漢下山，將胖頭陀團團圍住，為自保的胖頭陀將小寶挾持為人質。
雙方僵持，小寶謊稱身邊石碑上面寫著八本《四十二章經》藏在何處，還說上面寫著「洪教主仙福永享，壽與天齊 」。胖頭陀聽見之後欣喜若狂，小寶趁機讓十八羅漢擒住他，拿回自己的經書。小寶等人走後，胖頭陀將碑文拓了下來，準備帶回神龍島獻給洪教主。
有侍衛看見小寶進了京城，等到多隆下城樓迎接的時候，卻因為小寶拐進一間客棧，失去了他的行蹤。皇上下令趕緊全城搜索，找到客棧的時候，小寶誤以為是太后的人，帶著雙兒趕緊乘馬車離開，沒想到被神龍教的人暗算。小寶醒來時雙兒不在身邊，遇到了聽命神龍教的方怡。
韋小寶和沐王府的人一同上路，偶遇大雨，與章老三的人擠進一個鬧鬼的屋子。聚在前廳的眾人無事閒聊，章老三問起眾人有沒有看見小太監桂公公。劉一舟看章老三是衝著小寶來的，趕緊指認小寶。蘇岡看劉一舟出賣恩公，抬手就打，這讓章老三有了可乘之機，將眾人用蒙汗藥迷倒。小寶醒來之後，發現自己被章老三用繩子捆在籠子裡。章老三乃是神龍教的人，此行就是為了找尋《四十二章經》的下落。問話問到一半，章老三被奇怪的聲音引出去之後，就沒了動靜。小寶覺得自己難逃此劫，沒想到一個漂亮的姑娘將自己鬆綁。
眾女鬼確認小寶即為殺死鰲拜的恩公之後，三少奶奶叫來所有女眷跪拜小寶，並讓雙兒隨身照顧小寶，侍候他前往五台山。
皇上帶韋小寶來看望太后，而小寶發現扮作宮女的男人不知去向，留下的是一個宮女和一個太監的屍體。皇上心急如焚，想要懲戒失職的侍衛，並叫太醫為太后診斷，可是都被太后拒絕了。
從太后宮裡出來，小寶經過內心激烈的鬥爭之後，終於將自己不是小桂子，而是一個真正的男人，老皇上並未駕崩而是在五台山出家，以及太后在宮中藏匿男人等事，一一向皇上坦白。皇上聽到這些消息，一時難以接受。他派趙齊賢去太后寢宮，搜查到死去男人的屍首，才最終確認了小寶所言。
冷靜下來後的皇上，決定公開小寶的男人身份，並委派他前去五台山，尋找老皇上的下落。
讓韋小寶沒有想到的是，教主夫人如此年輕貌美，而教主卻是頭髮和鬍鬚花白的老頭。更加沒讓他想到的是，神龍教眾弟子之間，竟然出現了方怡和沐劍屏的身影。
教主夫人質問黑龍使為何遲遲不能交出《四十二章經》，黑龍使推脫說皇宮中有一個小桂子經常妨礙他們的計劃，柳燕也為此而死，小寶趕緊上前污衊柳燕，説她跟自己的舅舅勾結在一起。黑龍使遲遲不拿出經書，就是故意蔑視教主，要賜他一死。
黑龍使見教主不念舊情，於是帶著眾老臣一起造反，挾持教主夫人。小寶趕緊從中調和，讓雙方和解。教主為感謝小寶，封他為白龍使。
教主和夫人召集神龍使集會，商議尋找《四十二章經》之事，小寶自告奮勇，願前往京城替教主尋找經書。教主和夫人欣然答應，還賜給三人豹胎易筋丸服下，經陸高軒二人解說，才知道這是毒藥。
皇上承諾會牢記皇阿瑪「永不加賦」的囑託，他想起遠在五台山受苦的皇阿瑪，傷心地淚流滿面，韋小寶也在一旁痛哭流涕。皇上看見小寶比自己哭得傷心，更加覺得自己對不起父皇，於是決定派小寶去清涼寺出家。
小寶雖不情願，但皇命難違。小寶從皇上那裡出來，就被公主拉進自己的房間，卻被太后撞破兩人的好事。太后與小寶打鬥期間，洪教主賞賜的令牌掉了出來，太后趕緊擊暈建寧，跪拜洪教主。
太后得知小寶為白龍使之後，趕緊叩頭並獻上雪參玉蟾丸，一番殷勤討好。
小寶對太后的奉承十分享受，正要繼續閒聊一下，皇上派來的宮女前來宣小桂子覲見，嚇得小寶和太后趕緊恢復了主子和臣子的身份 。
韋小寶趕緊安慰，六個女人為此打成一團，眼看自己喜歡的女人一個個都嫌棄自己，小寶賭氣地放阿珂離開，讓她跟鄭克塽私奔，又放走方怡，讓她去找她的師兄劉一舟。
洪教主求見，用桑結和葛爾丹兩個人換一個洪夫人。小寶雖不願意，但洪夫人願意做這個交易，成全小寶，於是主動跟陸高軒離開。
吳之榮為了拍小寶的馬屁，找來黃宗羲等人做的反詩和與吳六奇通傳的書信交給小寶，讓他交給皇上，立上一功。於是小寶叫來天地會的兄弟，把吳之榮抓起來的三位老先生送到麗春院裡安頓下來。
多隆陪著韋小寶喝酒消磨時光，小寶又是一番花言巧語，想要哄多隆陪自己出宮，但多隆也放下狠話，今晚無論如何，小寶都別想出宮。
徐天川帶著雙兒在街市茶肆等著小寶回來，實則是皇上安排保護雙兒的方式。
小寶幾次想要藉著多隆喝醉酒逃出去，可是都被攔了下來。小寶被逼無奈，只好趁其不備，在多隆背後捅了一刀，正愁如何逃出宮的時候，建寧恰好來找小寶。陶紅英也赴小寶之約，前來與他會合，助他出宮。
陳近南收到密信，歸家三口已經斃命宮中，而且自己所在的爵爺府被官兵團團圍住。
小寶假扮太監，隨著公主的轎子出宮，在宮門處遇到趙齊賢和張康年阻攔，於是小寶暴露身份，哄騙兩人隨自己出宮，立功行賞。
監斬前夜，天地會眾人找來跟茅十八身形相像的屍體，準備偷天換日，換走真正的茅十八。
多隆陪著韋小寶監斬，並沒有看出破綻，實則真正的茅十八已被換走。行刑完畢，小寶趕緊進宮接自己的夫人出宮，可皇上卻遲遲不放人，讓小寶調查馮錫範失蹤一案，小寶只好講大話，暫時答應。
天地會將茅十八送出京城之後，前來跟小寶商量刺殺皇帝事宜，小寶絕不答應，苦言相勸，始終不能說服天地會的人。小寶被皇上和天地會兩邊苦苦相逼，只好裝病謝客。
皇上派索額圖帶著太醫前來探病，太醫也查不出病症，趕緊回去跟皇上覆命。剛剛送走皇上的人，天地會的人又來探病，徐天川把脈也沒有診斷出小寶的病症。
建寧使喚九難扮的嬤嬤，不但使喚不動她，還被打了臉。受了委屈的建寧，跑到小寶那裡 告狀。小寶連哄帶騙，將建寧哄回去跟九難學習規矩，又對九難一番勸說，總算說服九難扮演管教嬤嬤，教授建寧行走坐臥的規矩。
建寧迫於九難的淫威，不得已跟著她學習走路、刺繡、端茶倒水。一天下來，腰酸腿痛，建寧不肯再學，自己溜了出去。正好碰見正在小解的胖頭陀，建寧指派他去將九難殺死，提頭來見，胖頭陀不知如何是好，再加上憋尿憋得心急，一拳將建寧打進了茅草垛裡。
小寶夜間來看建寧學習成果，得知她竟溜了出去後，趕緊四處尋找。被打暈在草垛裡的建寧醒了過來，聽見小寶對阿珂說的話，氣憤兩人關係不一般，把小寶叫到自己屋裡又是一頓折磨。好在雙兒及時出現，制止了建寧，將小寶救出。
天地會的人抓來向吳三桂告密的盧一峰，探出蒙古來的罕帖摩身上有著事關重大的秘密，於是韋小寶又請天地會的人將罕帖摩綁來。小寶故意讓他以為自己是吳應熊，從而和盤托出蒙古、新疆和神龍島要一起出兵造反之事。天地會的人給罕帖摩用了蒙汗藥，並把他關了起來。
小寶決定勇闖平西王府，刺殺吳三桂。
小寶和雙兒來聽說書，但是說書人講的卻是前朝之事，雙兒勸說小寶回揚州，不問世事，不要再去平西王府，但小寶卻說還希望自己可以流芳百世。
小寶來到平西王府，見到吳三桂，談話間兩人話裡有話，互探虛實。
在與吳三桂的吃飯的席間，陸高軒來給小寶送解藥。小寶怪陸高軒來得不夠及時，兩人大吵了一架。
小寶讓雙兒把藍綢子縫在其中一本經書的布包上，並告訴雙兒，他要再次勇闖平西王府了。小寶來到平西王府，用假的《四十二章經》換走了吳三桂真的那一本。
韋小寶和皇上獨處，小寶把從吳三桂那裡得來的一本《四十二章經》獻給了皇上。皇上順勢讓小寶去攻打神龍島，剿滅神龍教，順便將假太后抓回。皇上又給小寶加官進爵，攻打神龍教的事對外保密，對外宣稱小寶去長白山祭祀。
家中，小寶正愁，雙兒把《四十二章經》中地圖拼好拿給他看，小寶心疼雙兒的辛勞，要犒賞雙兒，雙兒提出想與小寶一起去鹿鼎山。
索額圖向小寶引薦水師提督施琅，兩人解除之前誤會。
小寶向皇上進言，施琅擅打水仗，皇上遂決定讓小寶帶其一起去攻打神龍島，順便測試施琅的水準。皇上召見施琅，派其與小寶同行。索額圖提醒他，記住皇上的話，遵行小寶的指揮。
小寶帶著雙兒與施琅一起出發，前去攻打神龍島，小寶告訴施琅為了確保萬無一失，特意準備了十門大炮供其使用，施琅向小寶介紹攻打戰術。
韋小寶覺得畢竟吳應熊是因為自己的緣故，才有機會逃出吳府，為了讓皇上不計前嫌並且給他記上一功，於是用泥巴塗了滿臉黑。小寶興高采烈地跟皇上報喜，恰巧建寧也在，並且兩人關係緩和了不少。兄妹二人同桌飲酒同桌吃飯，可喝著喝著建寧就開始放肆起來，坐到小寶的身上。皇上對兩人關係早就有所懷疑，看破卻不說破。他悄悄派出線眼，看見小寶進了公主的寢宮，半天不出。
皇上讓小寶奉旨聽戲三天，天地會的兄弟扮作戲子，將小寶帶到後台說話。眾兄弟多日未見，一起敘舊、表功和訴苦。
小寶跟天地會的兄弟探討給史可法建忠烈祠的事情，雖是好事，但難在皇上讓他順便剿滅了王屋山。王屋山是反清復明的一支隊伍，剿也不是不剿也不是，眾人商議不如先行通報王屋山眾人，然後再上山。
韋小寶交給韋春花五萬兩銀子，韋春花不敢相信，小寶只好用自己賭博的技能掩飾，才勉強騙過韋春花。小寶磕過三個響頭之後，依依不捨地離開。
在去莊家路上，恰好碰到歸辛樹和歸二娘一家，在路邊與天地會的人大打出手，小寶停下詢問，才知道是歸辛樹一家誤殺了天地會香主吳六奇。在小寶調解之下，歸辛樹表露出自己誤殺之悔恨，因此徐天川提議，不如先行在小寶的爵爺府集合，共商大計。
回京之前，小寶還要完成最後一件事，就是將吳之榮交給莊家女眷，終於讓她們手刃了仇人。歸辛樹一家執意要先進宮殺死韃子皇帝，陳近南見他們執意如此，於是命小寶畫一幅宮中的地圖。小寶藉著畫地圖的工夫，畫了一幅書信，交給皇上，讓他警惕進宮刺殺的刺客。
皇上下令，讓韋小寶務必將歸家三個刺客捉拿歸案。一邊是要命的刺客，一邊是皇命，小寶左右為難。小寶將刺客引進南書房，動用火槍手將刺客全部擊斃。
處理完刺客，皇上出現，揭穿小寶韋香主的身份。小寶連聲辯解，皇上命他剷除天地會，以表忠心。可是小寶並不願出賣天地會的眾兄弟，皇上氣憤之餘，又不能殺他，落下殺害忠臣之名。
皇上以為告訴小寶，陳近南早就準備好殺他，就可以說服小寶答應背叛天地會。可是小寶寧死不肯背叛陳近南，皇上氣急敗壞動手打了小寶，小寶也心中委屈，還手發洩。兩個人又像是昔日的孩子一樣，打作一團。心中的不滿發洩完之後。皇上實話告訴小寶，就算他不出賣逆賊，他們也活不過今晚。小寶絕望地被多隆帶下去，說是保護，其實就是看管。
建寧火葬假皇后和瘦頭陀，小寶和多隆站在一旁侍候。
韋小寶一路逃，一路被官兵追捕，趙良棟發現小寶蹤跡，不但沒有捉人，反而放下銀兩，告知逃亡路線。小寶剛逃出官兵的追捕，又落入神龍教的手裡。正在小寶花言巧語時，王進寶尋了過來，小寶為了逃離神龍教的人，想要王進寶救自己，可是王進寶為了小寶 ，不但不捉人，反而留下銀兩和馬匹，結果小寶又被囚禁起來，被帶回了神龍島。洪教主想讓尚存的教徒奔赴四方，重振神龍教，可是眾人臨行前逼問教主，想要拿到解藥。
教主在眾人的逼宮下，交出豹胎易筋丸解藥，但又暗中混入了毒藥，只有陸高軒發現，偷偷藏於手中。教主識破之後，陸高軒不得不說出自己不吃的原因。一再追究下，牽引出教主夫人已有身孕的事實。洪教主一怒之下，謀殺眾教徒，一時間眾叛親離。洪夫人帶著小寶和眾女子逃出山洞，洪教主追出，又跟教徒們一陣打鬥，最終死在島上。
清兵追上岸，鄭家與清兵對打，陳近南氣節不改，寧死保鄭家二公子周全，拿下施琅。
陳近南刻意放走施琅，激怒馮錫範。最終陳近南死在馮錫範和鄭克塽的劍下。
陳近南臨死前，一再囑咐韋小寶千萬不能替自己報仇，殺死鄭克塽。小寶心中極不情願，但為了達成師父遺願，小寶放過鄭克塽，想出其他方法折磨他。兩人鬥嘴的時候，無意中傷害到了阿珂，阿珂生氣跳海。
建寧揪住小寶的耳朵，告訴小寶阿珂懷了孕，不能讓她跳海，小寶聽聞趕緊追向海中，向阿珂深情表白，無論孩子是誰的，都由他撫養。阿珂雖然表面痛心，但被感動，說出自己腹中孩子就是小寶的，小寶欣喜若狂。
韋小寶來到後院，看見皇上在陪著自己的孩子玩耍。小寶趕緊跪拜，皇上羨慕小寶可以陪伴孩子左右，而自己只要多抱一會，就會被太后教育不能專寵，心中感到很苦悶。七個老婆覺得皇上甚是可憐，小寶趕緊制止她們胡說。皇上與小寶一家度過了歡樂的一晚。
皇上召小寶覲見，商議北邊戰事，命小寶只許勝不許敗。
皇上封小寶三等鹿鼎公、撫遠大將軍，前去北面，領兵作戰。小寶提出要帶雙兒和從台灣帶回來的將領一同前往。其他夫人知道小寶僅帶雙兒一人，全來質問，小寶只好搪塞說此乃皇上聖旨，不敢違抗，因此才不再說甚麼。
韋小寶有意放走反賊，並與曾柔結緣。
小寶到少林寺宣讀聖旨，卻沒想到聖旨中寫到小寶代替皇上出家為僧，小寶心中有苦說不出。一日，小寶下山，遇到美貌的阿珂，動了情。小寶命人將阿珂抬回自己房間綁起來，誓死要娶其為妻。阿珂卻極力反抗，以死相逼，小寶終是不忍，讓人將阿珂放走。
小寶得知吳三桂下屬、眾喇嘛和蒙古王子闖入寺中鬧事，前去應付。多虧楊溢之站出來調解，才說服蒙古王子離去。
皇上讓張康年傳來聖旨，讓小寶去清涼寺接任住持，於是小寶吩咐張康年留意蒙古王子一行人。
小寶接任清涼寺的方丈，喇嘛前來鬧事。經過小寶與眾僧人的商議，決定還是應該規勸一下行癡大師，先行離開躲避災亂。
吳應熊進了公主的房間，畢恭畢敬，可是建寧卻大喊大叫，讓門外的夏國相和韋小寶聽到的均是吳應熊非禮她。
小寶覺得大事不妙，不顧阻攔衝進公主的房間，發現了躺在地上被公主閹割的吳應熊。公主哭訴吳應熊想要強姦自己。小寶本想捉拿吳應熊，在夏國相再三請求下才帶走吳應熊。吳三桂來到建寧公主所在的雲南府邸，親自向公主請罪。
九難派阿珂去刺殺吳三桂，行刺之前，阿珂來見小寶，但小寶不在。吳三桂剛從公主府中出來，就遭遇阿珂刺殺。阿珂功夫不濟，還未近身就被拿下。
建寧要與小寶做夫妻，小寶為難，就在此時，手下來報，吳三桂遇刺，行刺的正是公主身邊的宮女「王可兒」。小寶讓手下的人，拿著自己的名帖去救阿珂。小寶趕緊向九難報信，說阿珂被抓，但九難卻說那是自己的命令，也不會去救阿珂，並趕走了小寶。
小寶親自來到平西王府，看望吳三桂，吳三桂假意受傷騙小寶，聽著小寶胡說八道，恨不得一槍殺了他。
康熙派韋小寶回揚州省親，同時安排了另外一個任務，在回揚州的路上剷除王屋派。
小寶找來施琅手下的副將趙良棟，升其為總兵，為攻打王屋山出謀劃策。而此時，吳應熊發來請帖，請小寶前往府上，小寶攜趙良棟同往。
在吳府，吳應熊與小寶密談，請小寶幫手向皇上請命，收回撤藩決定。小寶假意應承。吳應熊與小寶參見建寧，建寧趕走吳應熊及丫鬟，獨留下小寶在房中陪她喝酒。喝酒時，建寧透露了吳應熊從雲南運來很多木頭，說是要給她蓋個戲樓，這個消息引起了小寶的懷疑。
康熙也知道吳應熊運木頭進京蓋戲樓的事情。小寶懷疑吳將兵器藏在木頭中，意圖在京城謀反。
小寶帶人假借工部幫手查看搭戲樓的木料，前往吳府查探，故意將木頭說得品質奇差，借此由頭將木頭全部鋸開查驗。
韋小寶莽撞查了吳應熊府中的木頭，卻發現並無問題，眼看無法收場，小寶換了說法，開始安撫吳應熊。正當兩人表面講和之時， 趙良棟和王進寶前來覲見，在韋爵爺面前，對自己的滇馬讚不絕口，說其耐力持久，適合長途趕路。
小寶見王進寶將滇馬說得如此之好，想要將牠與自己的玉花驄相比如何。相了玉花驄，王進寶仍舊堅持自己的滇馬勝在耐力。吳應熊提議，既然這樣，可以將兩匹馬放到一起比試比試。
建寧自從回宮，無論是皇上還是太后都不願見她，即使建寧在慈寧宮跪地乞求，也沒有換來太后的一句安慰。建寧把這種被親人嫌棄的痛苦，全都歸咎於吳應熊，於是計劃下毒殺他，替皇帝解除心腹之患。
韋小寶將刺客如何與吳三桂勾結，境遇如何危險跟皇上一一稟報，還將自己刀槍不入的馬甲送給皇上，但皇上早就知情。小寶見皇上揭穿自己，趕緊認錯，皇上一如既往大度，將馬甲重新賞賜給小寶。小寶心中覺得皇上還是從前那個對自己無比信任的皇上，而皇上這次總是欲言又止，對小寶的話將信將疑，處處防備。小寶與皇上飲酒到天亮，刺客仍未出現。
建寧因為假太后和瘦頭陀的出現，徹底知道自己的身世，但她一時無法接受，喊著這個世界上，只有小寶對自己好，無論在哪裡，小寶都會找到她。
皇上派張康年和趙齊賢兩人接韋小寶進宮，小寶買下一套破爛衣服，才進宮見皇上。正好趕上皇上午睡，小寶也不敢叫醒，守在一旁給他搧風，驚醒了皇上。皇上一時沒有認出小寶，厲聲呵斥，讓小寶滾出去。當他意識到眼前人就是小寶的時候，興奮得難以置信。
相見的興奮之後，皇上開始敘舊，詢問小寶家中情況。皇上看著台灣民眾獻給小寶的萬民傘，感慨萬分，終於鬆口，不用小寶鏟平天地會。小寶退下去領皇上給他的禮物，出門碰到了多隆，嚇得小寶以為是前來跟自己討命的鬼魂，倉皇逃竄。經多隆解釋，才知道皇上替小寶開脫，釋除了多隆對小寶的懷疑。
韋小寶想找鄭克塽對質，但還沒等來鄭克塽，卻等來了多隆帶著官兵前來捉人。小寶只好講大話，但多隆並不信，派人將茅十八搜了出來。
小寶想要跟著進宮，但被多隆攔下，他也無可奈何，任由官兵將人帶進了宮中。小寶一籌莫展的時候，皇上召小寶進宮，小寶趁機試探皇上口風，發現皇上不但沒有鬆口，還讓他擔任茅十八的監斬官。除了茅十八的事情，皇上又重提他向鄭克塽討債之事，將小寶痛罵一頓，讓他將錢財全部還回去。小寶滿口答應，出門碰見在門口等候多時的多隆。多隆將討來的債，全部交給小寶，並有意跟他疏遠。
是夜，雙兒潛入救出韋小寶。逃跑過程中被發現，洪安通派瘦頭陀前去追拿。瘦頭陀追上小寶與雙兒，小寶告訴他自己已與建寧相好，並保證會珍惜建寧一生一世，於是瘦頭陀為了女兒，私放二人。
大營中施琅因找不到小寶，無法回京復命而大發雷霆，正在吵鬧之際，守衛來報說小寶安然回營，施琅大喜。
小寶回京，康熙大喜。康熙告訴小寶，尚可喜、耿精忠、吳三桂上奏摺請求撤藩。君臣兩人商議，先發兵雲南攻打吳三桂。
康熙在朝堂上徵求眾大臣發兵攻打吳三桂的意見，多數大臣都反對撤藩，皇帝一怒之下退朝。回到府中，小寶察覺到皇帝的異樣，深感不安。此時，建寧得知小寶回京，追至府中耍鬧。小寶從建寧口中得知，吳應熊要給黃侍郎辦壽宴。
皇上心繫韋小寶，痛罵大臣如此多時日仍舊沒有找到人的下落，而小寶悄悄地回到了宮中，皇上欣喜若狂，噓寒問暖，詳細詢問他如何逃脫。
皇上詳細詢問他如何逃脫。小寶說到九難打自己打得樹都折了時，皇上心痛不已，小寶趕緊借機表忠心，說自己完全是因為想著皇上，才撐到現在。皇上聽後十分高興。
小寶向皇上匯報太后的真實身份，氣憤之情株連到公主，讓侍衛將她帶了下去。冷靜之後，他讓建寧把太后請出來。可沒想到，當晚正是太后與情人私會的日子，就連建寧去也沒能將太后請出宮。於是，皇上和小寶兩人決心親自去慈寧宮一探究竟。
夜訪慈寧宮的皇上，差點被太后安排下的守衛傷害，還好小寶準備周全，將宮女守衛統統清理，硬闖進太后的臥室。眼看奸情暴露，太后與情夫拼死一搏，闖出房間。小寶引路，帶著皇上救出了真太后。
韋春花知道韋小寶在酒裡動了手腳，於是假裝睡著，實則跟著小寶，恰好看見小寶對鄭克塽動手腳，堅持說小寶在偷錢，並讓小寶將銀兩還回去。
小寶回到麗春院想要處理一下暈倒的鄭克塽，卻發現他跟暈倒的阿珂一起躺在床上。生氣的小寶想把鄭克塽挪開，順便拿回自己的錢。沒想到葛爾丹、桑結和阿琪出現在他身後，小寶趕緊獻上自己拿回的錢，想要裝糊塗溜走，卻被葛爾丹控制得牢牢的。曾柔和雙兒衝進來救小寶，可還未出招，就被擊暈。
小寶叫阿琪師姐拉攏關係，他先是用皇上想要起兵攻打蒙古和西藏，來威脅二人，為了顯得此事真實，他還提到失蹤的罕帖摩，說他正是被皇上所用，已經知道了蒙古的所有秘密，而且與他們聯手的吳三桂，很快也會成為皇上的手下敗將。
韋小寶進宮被天地會眾人攔下，要隨他進宮，刺殺皇上。走到城門口的時候，小寶發現皇上早有準備，為了不讓他們喪命於此，只能大呼與天地會恩斷義絕，將他們勸退。
小寶覲見聖上，發現自己的一舉一動果然都在皇上掌控之中，皇上反省自己雖不是樣樣做得都好，但人非聖賢孰能無過。既然小寶願意跟天地會決裂，那他就昭告天下，讓小寶忠心耿耿地待在自己身邊。但皇上也能看出來小寶並非心甘情願背叛天地會。
為了宣洩，小寶和皇上又在練武場拳腳相見。小寶臨走前，皇上特意囑咐他明日記得來上早朝。小寶回家跟眾老婆商量，自己以後開始讀書寫字做文章，所有人都不信，嘲笑小寶。只有蘇荃一語道破，小寶其實是想辭官離開。
小寶將建寧將她送回住處，沒想到假太后在此等候建寧，並打暈了所有的宮女。
假太后決定帶建寧出宮，逃離這個是非之地，可是韋小寶勸說，這樣更加會毀了公主，她一生的幸福很可能因此就斷送。假太后實在無奈，將建寧交託給小寶照顧。
小寶得知經書的秘密之後，決心將放在棺材裡的經書一起拿回來，於是編了個理由，重新將棺材蓋打開。他剛剛拿到經書，就聽著外面有動靜，馮錫範和鄭克塽闖了進來。小寶躲在棺材裡不敢出來。陳近南經過，被馮錫範用劍抵住，小寶在棺材裡聽著他們對師父的質問，撒了一把石灰，救下師父。
馮錫範逃脫，留下鄭克塽。小寶將鄭克塽釘進棺材。陳近南稍作休息，想起被小寶關進棺材的鄭克塽，帶他們來找，卻發現躺在棺材裡的是已經斃命的關二哥。
在韋小寶的煽風點火下，夏國相受慫恿放了沐劍屏。
回府途中小寶詢問沐劍屏為何會到雲南，沐劍屏表示是洪夫人讓她來的，為讓小寶一心為神龍教辦事，但就在到雲南的那天，沐劍屏看到沐王府的暗號，遂跟哥哥一起要刺殺建寧公主。小寶一下子得知自己還是被吳三桂騙了，略輸了一籌。
小寶讓手下、神龍教、天地會的各路人馬打探平西王府內的情況，從而想營救沐王府的人和阿珂，但是所有人都不願出力。
陳圓圓向小寶送信，稱阿珂有難，小寶來見陳圓圓，得知了陳圓圓的真實身份以及陳圓圓、闖王李自成與阿珂的關系。就在這時，吳三桂綁著阿珂趕來。陳圓圓當著阿珂的面承認其是自己與闖王的女兒。
吳三桂惱怒，與李自成打起來，並用阿珂威脅，危難之時，小寶挺身而出，將刀架在吳三桂頸上，奈何吳三桂的人也抓了小寶的手下，小寶與吳三桂談條件，救下大家。
小寶機智救下阿珂，故陳圓圓同意將女兒許給小寶。
太后與九難交手，中招倒地。為了活命，太后不得不說出自己的真實身份，她其實是毛文龍的女兒，建寧是自己與漢人所生之女，而真太后則被囚禁。九難決定放假太后一馬，與陶紅英告別，帶著小寶離開了皇宮。
九難拿到太后貢獻出來的經書，發現經書中設有夾層，夾層中的地圖就是找到龍脈秘密所在的關鍵。
韋小寶一路跟隨九難，前去前明皇帝的墓前跪拜。阿珂見到師傅前來，趕緊出來迎接，卻發現師傅身邊的小寶，於是大打出手，求師傅替自己做主，沒想到師傅一味袒護小寶。
小寶為了留下，對九難更加細心照顧並拜其為師，幫助她們找尋阿琪師姐。
路上遇到了鄭克塽，他邀請九難一行跟自己前往殺龜大會，商議刺殺吳三桂。九難覺得反正順路，願意一同前往。
韋小寶到達雲南城外，平西王吳三桂參見建寧公主，不料建寧公主已在花轎中睡得四仰八叉，韋小寶見狀只得上前與吳三桂寒暄一二。小寶從吳三桂迎接的陣仗中，看出了其十足的野心。
吳三桂宴客，韋小寶喧賓奪主，任其慌亂失色。吳三桂忍耐許久，終於提及婚事，韋小寶猶豫不決，繞著彎子一拖再拖。
建寧公主提及婚事大怒，令小寶宰掉吳應熊，否則就誹謗宣稱小寶非禮自己。
韋小寶在茶樓等候楊溢之赴約，但嗑瓜子嗑到上顎起泡，始終沒與楊溢之會面。小寶起疑，派侍衛去跟吳三桂父子手下的侍衛賭錢，只准輸不許贏，從而打聽到楊溢之並未被派去西藏，而是被關了起來。
韋小寶帶著昏迷的建寧躲在一間破屋裡，正好被馮錫範和鄭克塽遇上。
鄭克塽和馮錫範要殺小寶，雙兒和天地會的人出來保護，馮錫範一劍刺向小寶，幸得小寶有寶衣護體，並未被其所傷。此時一個乞丐挺身而出，眾人一起擒住了馮錫範和鄭克塽二人。原來出手相助的乞丐是天地會的兄弟吳六奇，大家相認。
大家商量要如何處置馮錫範和鄭克塽二人，小寶提議將其二人殺死，吳六奇反對，並告知陳近南馬上就要來了，眾人 決定馮錫範和鄭克塽二人由陳近南來處置。
小寶來看建寧公主，公主撒嬌，小寶安撫後離開。
吳六奇留書離開，並讓其好自為之。
小寶關押了馮錫範和鄭克塽二人，並對二人拳打腳踢，憤怒之時，下人來報，陳近南到了。小寶前去迎接，陳近南詢問馮錫範和鄭克塽二人，並讓小寶放了他們，小寶遵師命。小寶告訴師父藏寶圖之事，並將其交給師父，但師父讓小寶好好保管，師徒二人談話，陳近南離開，小寶不捨。
阿珂、建寧和蘇荃一同生孩子，小寶給老大起名虎頭、老二起名銅錘，給女兒起名雙雙。蘇荃思慮周全，提醒他島上人多，食物稀少，即使要走，一條船也坐不下，小寶也動了回中原的念頭，真的就盼來了皇上派來的人。小寶一再暗示自己想隨著他回中原，但來人傳達皇上的旨意──若他想回去輔佐皇上剿滅吳三桂，就先要滅掉天地會。小寶聽後還是打消了回中原的念頭。大臣回京將小寶的話據實稟告，皇上賭氣讓小寶一輩子不要回來。
三年後，皇上召集大臣商議如何處理攻打下來的台灣土地及子民。眾說紛紜，皇上決定派人去安撫台灣子民，但想來想去也不知道何人去合適，最後派施琅去島上宣旨，告知小寶，並封其通吃侯。
康熙躊躇半天進入房間，跪在阿瑪面前，乞求老皇上跟隨自己回京，可不想卻得到一個殘忍的回覆──此生永不相見。雖然難以接受，但為了顧全大局，康熙再次跪拜退出了房間。
按照老皇上請求，皇上決定讓韋小寶還俗，隨自己回京，並再次封官。獨臂神尼突然出現刺殺皇上，刺殺不成，卻擄走了小寶。九難聽小寶胡說八道，心生憐憫決定放走小寶。可是小寶想到九難可能隨時回去刺殺皇上，於是決定跟在她身邊，阻止她行刺。
小寶一路上將九難伺候得十分開心，打消了九難對他的敵意，竟帶著他走一條密道進了皇宮。小寶一路跟著，試探著報出陶紅英時，九難停住腳步，讓小寶趕緊找她前來。
