城市警察在電視直播中召喚其他神的候選人，邀請他們一起討論應該由誰成為下一屆的神。黃色天使與藍色天使雙雙現身，表達了對城市警察的不信任。一場激烈的大戰於神保球場上演，其他天使應該點做？Mirai與Saki在觀眾席上忐忑不安⋯⋯ 他們在如此絕望的處境下作了一個終極決定。
A女孩是個中學生，也是個從監獄逃走出來的殺人犯。Mirai等人推測城市警察賦予了她「天使之翼」和「天使之箭」來協助她逃獄，籍此引其他神的候選人現身。Mirai鄙視城市警察為求做下屆神的種種卑鄙行為。首名受害者被發現在東京一棟大廈遇害，Mirai等人立即行動制止A女孩殺更多人。
Kakehashi Mirai對人生感到絕望，決定要在初中畢業那天自殺，被一個名為Nasse的天使突然出現救起，更送他「天使之翼」和「天使之箭」，讓他有繼續活下去的意志。Mirai本來要拒絕天使Nasse，但「天使之翼」逐漸讓他重見活下去的希望，Nasse亦告訴他一個驚人消息... Mirai必須與養大他的姑姐見面查明真相。
一位新的神之候選人設計陷害架橋明日等人。前野智昭是位披着長髮的英俊男士，拍着天使之翼的他總是拿着弓箭與配劍。他曾經歷不堪童年，仰慕生流奏擁有一切他自己沒有的特質，所以只想當個忠僕，更去了某地追擊架橋明日。
一位兼為神之候選人的小學生結糸向，在電視上談到了「神的選擇」，全球人類隨即開始尋找神的候選人。架橋明日和花籠咲之間的關係逐漸緊張起來，但他們沒有再遭到全球追捕，而且身份也沒有暴露。一天放學後，一位自稱星的都市警察局警探接觸了架橋明日。
架橋明日和花籠咲幫助都市警察局的星和由紀尋找其他神的候選人。架橋明日懷疑中學生中海兄弟中的一位是神的候選人，因為他們周圍的人接二連三地死去。架橋明日去找中海修滋一家途中，遇上意想不到的一幕。架橋明日想說服弟弟中海修滋，但對方固執地一意孤行。幸福是什麼？架橋明日必須再次思考這個問題。
化身都市奇俠的生流奏，與架橋明日長期戰鬥後最終隕落了。生命如斯逝去，但只有架橋明日知道發生過什麼。究竟是誰在暗中動手腳用紅箭頭刺傷生流奏？都市警察全力調查誰才是真正的神明候選人，因為其中一位候選人已開始展開部署。
神的候選人開完第一次全體會議後分成兩派，並各由架橋明日和米田領導，而米田則與破壞天使合作。隨著米田逐漸顯露出真實性格，天國發生了一件事倩，讓一切逐漸終結。
「我什麼也做不到...」Mirai與Saki離開神保球場時感到很無助，更認為自己沒法應付城市警察的深謀遠慮。 但他們遇上另一位神的候選人Mukaido Nanato對他說：「城市警察絕不能成為下一位神。」 他建議三人聯手與城市警察決鬥阻止這件事發生。
路百列被提升為一級天使，花籠咲獲得了她的翅膀。她趕往戰場，成功以紅箭刺穿了底谷一，紅箭的力量讓底谷一首次認識到愛。在激烈衝突後，他選擇以自己的方式回應。生流奏坐擁一道秘密武器，勝負難料的拉鋸戰因此展開。
遊樂園廢墟上的戰鬥愈演愈烈，雙方陣營接連有人倒下，最終更變成明日的紅箭，決戰生流奏的白箭。隨著激烈的決鬥開展，生流奏的真實意圖逐漸顯露出來，更向明日講述了他對理想世界的憧憬。
架橋明日、花籠咲、結糸向和中海修滋已明確地道出了他們的意向，現在只剩下兩個人了。當中的一人被軟禁，架橋明日和其他人便試圖營救。五位神的候選人開會後，推測了誰是第六位也就是最後一位神的候選人。
Nasse告訴Mirai他已經成為神的候選人。十三位神的候選人當中，只有一位能當選成為下個時代的神。儘管Mirai覺得一切都難以置信，但他仍然嘗試去過幸福的人生。他某日發現另一位神的候選人的死充滿疑點；還有一位叫做「城市警察」的神之候選人，竟然被閉路電視拍下在銀行劫案的現場出現。
妻女被前野智昭捉走當人質，六階堂七斗出手相救卻無法從陷阱脫身，架橋明日衝去救大家。花籠咲只有「紅箭」，因無力戰鬥而留家，縱使缺了雙翼，她仍要解救架橋明日等人。路百列天使接受花籠咲的無能為力...她流淚了。
生流奏手下冬子是生化武器研究員，她威脅說：「我們將播毒進行無差別恐襲，若你們接受新藥測試，我們便停手。」生流奏提議先測試明日，七斗和花籠咲阻止，明日不想白白犧牲，便與冬子決鬥。一支針筒逼近，明日危在旦夕。
架橋明日和其他神的候選人上電視作出邀約，希望將最後一位神的候選人帶到談判桌上。自衛隊令局勢緊張起來，促使諾貝爾獎得主兼大學教授米田我工現身，他分享了自己關於上帝的理論。得知他加入後，全世界人民都群情洶湧。
架橋明日將要射出白箭，娜絲則準備變身左右戰局。這場大戰局勢不斷變化，而候選人間的漫長戰爭快要終結了，誰能成為神即將塵埃落定。
Mirai與Mukaido以天使之翼趕到案發現場，但大樓現場等待他們的卻是一個邪惡的陷阱。他們的宿敵城市警察在煙霧中現身，與他正面交鋒，詆毀他是「缺乏勇氣戰鬥的小人」。被逼到絕境的Mirai下了一個重要決定，若他冒死射出一發天使之箭，到底會發生什麼事？
全日本市民和警察都在觀看架橋明日決鬥生流奏的直播。架橋明日和生流奏二人皆命懸一線，要麼紅箭帶來幸福的願望，要麼白箭使願望成真。
大決戰在新國家體育館拉開序幕。米田我工向架橋明日和其他人，分享了他對人類命運的看法。花籠咲、手球由理、中海修滋和由美子離開了，因此只有架橋明日、米田我工和人類觀察者星留下來。米田我工公開他設計的人類未來宏圖，架橋明日必須在舉世面前阻止他。
Mirai於四月入學成為高中生。就在開學禮那天，他看見有位天使在他頭上出現，而這位天使把紅色「天使之箭」，交給了Mirai的青梅竹馬朋友Saki Hanakago，她竟以箭射向Mirai。Mirai被天使Revel暗算，決定不惜犧牲自己也要保護Saki。他甚至要押上性命去對抗另一位神的候選人。同時，另一位帶上面具的候選人城市警察另有陰謀。
首場激戰在大樓爆發，令架橋明日等人蒙上陰影。花籠咲不能獨自參與戰事，她看來深受煎熬，還請求架橋明日「殺了我」。為何一位心地善良的平凡女孩花籠咲，會被選為神的候選人？架橋明日得知真相後，他要花籠咲作出抉擇。同時本名生流奏，真正身份是名校高中生的都市警察，已部署好另一次攻擊。
架橋明日和米田我工為將來的決戰悄悄做準備。米田透過媒體，將決戰時刻和地點告知架橋明日等人。神之候選人間的大決戰即將降臨，架橋明日和花籠咲開始備戰。米田究竟有何企圖？
在天使的陪同下，下一位神的當選人進入天堂，登上神的寶座。得知天國不同的秘密後，眾人大為震驚。架橋明日、花籠咲和其他倖存者最終重獲自由。架橋明日一生致力於尋找幸福，他看來終於有所得著。
