名偵探柯南：紺碧之棺

開場由警官驅車追捕兩個搶超市的罪犯，佐藤美和子警官用高超的駕駛技術迫使罪犯的汽車翻車，當問及作案動機時，罪犯吐出在神海島上有「Jolly Roger」。 而柯南他們前往位於太平洋中的美麗小島「神海島」渡假。這座島嶼自古流傳著一則有關於沉沒在海底的古代遺跡「海底宮殿」，以及300年前實際存在的女海盜「安·寶尼」、「瑪麗·麗德」所遺留下來的寶藏傳說。 在毛利小五郎的帶領下，小五郎、小蘭、園子、阿笠博士、少年偵探團一行人來到神海島。小蘭與園子在海底宮殿附近海底潛水，少年偵探團則在玩神海島觀光安排的尋寶遊戲，小五郎則在酒吧喝酒。 正在享受潛水樂趣的小蘭和園子，意外遇到了一羣正在尋找寶物的寶藏獵人，不料其中一名獵人田山資悅突然遭到鯊魚羣的攻擊，小蘭和園子雖然幸運逃離，但該名獵人最後還是不幸身亡，聞訊趕來的柯南發現這名獵人的死因相當詭異，於是便與灰原一起展開調查該名獵人的死因。柯南發現死者的潛水服附有破裂的裝有魚血的薄膠袋，斷定這是一起謀殺。 柯南等人一邊尋找著行蹤詭異的獵人下落，一邊試圖解開那則疑似為整個事件起因的寶藏傳說，以及罪案現場海底宮殿的謎題。 經過一番調查之後，他們找到了一個神祕的名詞「JOLLY ROGER（海盜旗）」，正當柯南就快要將整個傳說的謎題解開之際，原本被發現的部分寶藏卻突然遭獵人松本光次和伊豆山太郎奪走。這些獵人的魔掌，更挾持小蘭和園子身上。 而柯南在美馬和男的幫助下，獨自前往營救小蘭……