雲之彼端，約定的地方

住在青森的中學三年級生「浩紀」與「拓也」，夢想着能夠到「神祕巨塔」所在的海峽對岸去。於是兩個人為了實現夢想而開始製造名為「貝勒斯拉」（Velaciela，音近維拉切拉，意為白色之翼）的飛機。 兩人的同班同學「澤渡佐由理」在因緣牽絆下遇見了浩紀與拓也兩人，並對於他們要在暑假搭乘貝勒斯拉到神祕巨塔的計劃非常的寄予厚望，也和浩紀許下一起搭乘貝勒斯拉到海峽對岸去的約定；佐由理因此成為了浩紀與拓也兩人完成夢想不可或缺的女孩。 在此之後，佐由理在沒告知兩人的情況下就突然地轉學並從此下落不明。受到此一打擊的兩人便停止貝勒斯拉的計劃；為了忘記曾經存在的夢想，浩紀進入東京的高中就讀，而拓也則是就讀青森當地的高中。 三年後的1999年，聯邦國與美國之間的軍事衝突即將一觸即發，神祕巨塔的祕密也日漸趨於明朗化。另一方面，佐由理的行蹤也因神祕巨塔的解密而曝光。佐由理是從中學三年級的夏天開始的三年內，因不明原因所引發的疾病而持續睡眠，並在發病的那年夏天即轉往東京的醫院住院觀察。 在得知神祕巨塔與佐由理有着重大關係的衝擊祕密後，浩紀與拓也兩人便再次完成中學當年所無法實現的夢想。而浩紀在謹記着當時的約定下，載着佐由理飛往那雲之彼端、約定的地方……